В 1832 году пауни впервые были атакованы огромным отрядом конных воинов сиу, которые убили около 100 человек. Битва скорее всего произошла не в деревне, а в охотничьем лагере скиди. 27 июня 1843 года сиу напали на селение пауни, состоявшее из 40 домов, сожгли 20 домов и угнали всех лошадей. В ноябре 1843 года скиди и часть питахауиратов охотились вблизи рукавов Платта, когда огромный отряд сиу, шайенов и арапахов неожиданно атаковал их лагерь. Несколько храбрых мальчиков пауни спасли племенной табун, пригнав лошадей в лагерь, но людям хватило времени лишь на то, чтобы вскочить на коней и бежать. Они потеряли всю утварь, свежее мясо и шкуры. Вернувшись в свое поселение в феврале 1844 года, пауни обнаружили, что все их запасы маиса, бобов и сушеных тыкв, хранившиеся в тайниках, испортились. Этой же зимой сиу атаковали одно из поселений пауни, убили около 80 человек и сожгли 100 жилищ. В результате массированных атак сиу 1842–1846 годов пауни ушли из своих деревень на р. Луп, а затем поселились в новых деревнях к югу от р. Платт, где, как они надеялись, сиу не будут доставлять им беспокойств. Но в январе 1847 года сиу атаковали охотившихся вблизи рукавов Платта скиди. Произошло крупное сражение, в котором погибло 32 пауни. В мае 1847 года огромный военный отряд сиу из 700 или 800 воинов подошел к поселению пауни, единственному оставшемуся на р. Луп, и, обнаружив, что жители отсутствуют, сжег его. Они уже сжигали это поселение в 1846 году, а теперь докончили работу. Затем они наткнулись на лагерь из 200 пауни и в яростном бою убили 83 человека. 6 июля 1849 года военный отряд из 500 сиу и шайенов приблизился к деревне чауи на южном берегу р. Платт, ниже Грэнд-Айленда. Обнаружив, что в ней никого нет, они сожгли ее. Чауи использовали эту деревню до весны 1849 года, после чего покинули ее и в мае построили себе новую в устье Солт-Крик. 9 июля караван белых людей встретил отряд из 700 воинов пауни, ото и омахов, искавших этот вражеский отряд. Один из белых указал направление, в котором уехали встреченные ими сиу и шайены, и воины бросились в преследование. Никаких сведений о последствиях этой погони нет. В 1849 году в результате нападения сиу скиди лишились практически всех своих лошадей.

Весной – летом 1852 года против пауни выступила огромная экспедиция из представителей пяти племен: шайенов, сиу, арапахов, кайовов и кайова-апачей. Все племя пауни находилось на летней охоте. Произошло крупное сражение, в котором обе стороны понесли большие потери. Эта летняя охота прошла для пауни очень тяжело из-за постоянных нападений врагов. Скиди двинулись вверх по р. Платт, а затем повернули на юг к р. Рипабликэн, где и разбили лагерь всего на одну ночь. На следующий день их атаковали враги, и был серьезный бой. На следующий день скиди двинулись на юг вдоль Бобриного ручья, где встретили три остальных племени пауни: чауи, киткехахки и питахауират. Через день снова появились враги. Бой продолжался приблизительно до 16.00. На пятый день пауни откочевали на юго-восток и разбили лагерь на ночь. На следующее утро появились сиу, и произошел еще один бой, который закончился после полудня. На следующее утро пауни перенесли лагерь, а перед рассветом следующего дня появилось много команчей, которые попытались угнать лошадей, но им это не удалось. Снова начался бой. Люди были встревожены постоянными нападениями различных племен, и утром лагерь снялся, пауни откочевали далеко на юго-восток. Утром следующего дня появился отряд шайенов, арапахов, кайовов и команчей. Бой продолжался все утро. Пауни было очень много, но и военный отряд союзных племен был огромен. Линия боя растянулась на полторы мили. В полдень бой прекратился, но вскоре начался снова. К вечеру враги разъехались. По словам шайенов, это было печальное время, поскольку племя потеряло несколько лучших воинов. Шайены плакали и в скорби резали себя ножами, обрезали волосы и хвосты лошадей.

В 1854 году пауни снова постигло несчастье. Превосходящими силами шайенов и кайовов была вырезана их община, состоявшая из 113 человек.

24 сентября 1857 года вожди пауни подписали договор с правительством США, согласно которому они уступили свои последние земли в обмен на маленькую резервацию на р. Луп и правительственную помощь. Впервые в договоре было записано обещание активной защиты пауни от нападений сиу. Но в августе 1858 года 2500 охотников пауни – мужчин, женщин и детей – бежали на восток после битвы с сиу, в которой потери были с обеих сторон и сиу угнали большую часть лошадей.

Лето 1863 года началось с серьезного нападения, произошедшего 22 июня. Позже, тем же летом, 300 брюле атаковали селения пауни, ранили стрелой капитана, убили одного солдата и много пауни, прежде чем охранявшие их кавалеристы отогнали врагов. Маленькие отряды сиу почти ежедневно убивали работавших на полях женщин, а ночью прокрадывались в селения и уводили лошадей. Рота кавалерии оказалась бесполезной. Белые работники агентства были так испуганы, что прекратили все работы и оставались поближе к строениям, где располагались солдаты.

Вождь Трубки, пауни. 1858 г.

На летнюю охоту 1865 года пауни отправились под охраной роты кавалеристов. Это была лучшая охота за последние много лет. Будучи защищены от сиу, пауни убили 1600 бизонов, получив таким образом очень много мяса и шкур. В 1865 году на резервацию пауни не было совершено ни одного набега сиу и шайенов. Зиму 1864/65 года большинство сиу и шайенов провели на р. Паудер вдали от пауни, и зимняя охота последних прошла хорошо. Сиу появились в мае, но это был маленький набег – сиу пробрались в селение ночью и увели два десятка лошадей. Событие так напугало нового индейского агента Хилера, что он потребовал послать солдат для охраны агентства. Но нападения крупных отрядов продолжались, и пауни теряли своих людей десятками. В 1873 году произошло большое сражение на р. Рипабликэн, когда охотничий отряд из 400 пауни, из которых всего 213 были мужчинами, атаковало около 600 сиу. Погибло 83 пауни.

В 1874 году пауни поехали на юг на Индейскую Территорию и заключили мир с кайовами, команчами, вичитами и южными шайенами. С тех пор войн между южными шайенами и пауни не было, а набеги их северных родичей и сиу продолжались до конца 1870-х годов, но крупных сражений уже не происходило.

Считается, что первым упомянутым пауни был индеец, которому испанцы дали имя Турк. В 1541 году он стал проводником экспедиции Коронадо из Новой Мексики через Равнины в Канзас. Испанцы Новой Мексики уже в XVII веке столкнулись с пауни, нападавшими на их поселения, чтобы захватить лошадей, и в течение двух столетий испанские власти с переменным успехом пытались установить с пауни мирные отношения. Впрочем, не следует забывать, что до начала XIX века испанцы и американцы зачастую путали пауни и вичитов, причем последних часто называли Черными пауни и Татуированными пауни, а потому некоторые атаки на белых людей, приписываемые пауни, были делом рук вичитов.

Поскольку в XVII и XVIII веках деревни пауни располагались далеко от районов, на которые претендовали испанцы и французы, они на время избежали фатального влияния контактов с белой расой. Но во второй половине XVIII века белые люди все чаще стали проникать на земли пауни, и эпидемии новых, неизвестных болезней серьезно сократили их численность, что отразилось на военной мощи племени.