Фатимиды быстро распространили свою власть на Палестину, Сирию и Аравию и на какое-то время существенно превзошли по могуществу и влиянию суннитских халифов в Багдаде. Вершина эпохи Фатимидов в Египте приходится на правление халифа Аль-Мустансира (1036–1094), при котором Фатимидская империя включала в себя всю Северную Африку, Сицилию, Египет, Сирию и Западную Аравию. В 1056–1057 годах профатимидски настроенному военачальнику удалось захватить даже Багдад и во всеуслышание провозгласить верховную власть фатимидских халифов в аббасидской столице. Однако в следующем году его выгнали оттуда, и с тех пор власть Фатимидов постепенно пошла на убыль. Упадок впервые проявился в гражданской администрации и привел к подъему целого ряда военных диктаторов, которые захватывали власть в Каире, как их коллеги – в Багдаде уже в течение некоторого времени. Лишенные своей огромной власти и сведенные к положению бессильных марионеток аристократов и полководцев, часто суннитов, которые и были настоящими правителями империи, халифы Фатимидов постепенно утратил поддержку исмаилитов, и их режим окончательно упразднен Салах ад-Дином, который вернул Египет в лоно ортодоксального ислама.

Режим Фатимидов в Египте в своем зените отличался по ряду признаков от своих предшественников. На его вершине стоял непогрешимый имам, абсолютный монарх, обладающий властью по наследственному праву, которым наделила его божественная воля через принадлежность к богоизбранному семейству. У него было централизованное, иерархически устроенное правительство, разделенное на три ветви: религиозную, военную и бюрократическую. Две последние находились в ведении визиря, гражданского чиновника в подчинении у халифа. Религиозная власть состояла из иерархии миссионеров нескольких разрядов, подчинявшихся главному миссионеру, который был весьма влиятельной политической фигурой. Эта ветвь отвечала за высшие школы и пропагандистскую организацию секты исмаилитов. Пропагандистская ветвь управляла сетью эмиссаров во всех восточных провинциях, которые все еще номинально находились под властью аббасидского халифа в Багдаде.

Эффективность этой пропаганды проявлялась разными способами. Мятежи, вспыхивавшие неоднократно от Ирака до границ Индии, свидетельствовали о деятельности исмаилитских агентов, а интеллектуальная жизнь средневекового ислама отражает соблазнительную привлекательность исмаилизма для интеллигенции. Поэты Аль-Мутанабби (ум. 965) и Абуль-Ала аль-Маарри (ум. 1057), два из числа самых выдающихся в арабской литературе, находились под сильным влиянием исмаилитских идей. В Ираке группа, называемая «Басрийские братья чистоты», организовала сообщество энциклопедистов. Они опубликовали серию из пятидесяти одного послания, которые охватывали все отрасли знаний, признанных на тот момент, с сильным исмаилитским уклоном. Послания «братьев» читали от Индии до Испании, и они оказали определенное влияние на более поздних авторов. Их распространению способствовала организация полусекретных исследовательских групп под руководством членов братства.

Правление Фатимидов было также эпохой грандиозного коммерческого и промышленного расцвета. За исключением редких периодов голода по причине недостаточного разлива Нила или военных клик, эта эпоха отмечена процветанием. С самых первых дней правители Фатимидов осознавали важность торговли для благоденствия империи и расширения своего влияния. Якуб ибн Киллис положил начало коммерческому росту, который затем поддержали последующие правители. До Фатимидов внешняя торговля Египта были скудной и ограниченной. Фатимиды создали в Египте плантации и отрасли производства и начали большую экспортную торговлю египетскими товарами. Кроме того, они наладили коммерческие отношения по многим направлениям, особенно с Европой и Индией. На Западе, начиная с первых тунисских дней, они установили тесную связь с итальянскими городами-республиками, в частности с Амальфи, Пизой и Венецией. Между Египтом и Западом велась активная морская торговля, и египетские корабли и купцы доплывали до самой Испании. Двумя главными портами при Фатимидах были Александрия и сирийский Триполи, оба рынки мирового значения. Фатимидские флотилии контролировали Восточное Средиземноморье.

На Востоке Фатимиды наладили контакт с Индией, постепенно расширяя свою власть на юг по обоим берегам Красного моря. Им удалось сместить индийскую торговлю на Ближнем Востоке с Персидского залива на Красное море и особенно в свой великий порт Айзаб на суданском побережье. Также они торговали с Византией и суннитскими мусульманскими государствами. Везде, где проходил египетский купец, недалеко от него мы видим исмаилитского миссионера, и вскоре такое же брожение идей начинается среди мусульман Испании и Индии.

С упадком Фатимидского халифата в Египте связи между династией и сектой становились все слабее и в конечном итоге прервались. Фатимидский халифат продержался некоторое время в качестве марионеточной египетской династии, но в конце концов был упразднен, но в восточных землях халифата, попавших под власть турок-сельджуков, проповедь радикального исмаилизма получила новую жизнь.

Арабы доисламских времен были знакомы с морем. В течение многих столетий до возникновения ислама народы Южной Аравии строили корабли и активно бороздили воды Красного моря и Индийского океана. Но северные арабы, особенно арабы из Хиджаза, а также сирийского и иракского пограничья, были прежде всего сухопутным народом, малознакомым с морем и морской навигацией. И это одна из самых поразительных особенностей великих исламских завоеваний, что арабам удалось так быстро приспособиться к этому новому для них виду деятельности. Всего за несколько лет после оккупации сирийских и египетских берегов народ, запертый в аравийских пустынях без выхода к морю, при помощи местных корабелов и моряков построил и спустил на воду крупный военный флот, способный встретиться и победить в бою мощные и опытные военно-морские силы Византии и обеспечить халифату важную предпосылку его безопасности и расширения – морской контроль над Средиземноморьем.

Завоевание Сирии и Египта дало арабам власть над длинной полосой средиземноморского побережья с большим количеством портов и жителей-мореходов. Арабы, которые до той поры сталкивались только с византийскими армиями, теперь встретились и с их военно-морским флотом, когда Византия снова, хотя и ненадолго, заняла Александрию с моря в 645 году, они рано осознали важность морской мощи и быстро отреагировали на это. Честь создания мусульманского флота принадлежит в первую очередь халифу Муавии и наместнику Египта Абдаллаху ибн Саду ибн Абу Сарху. И в Александрии, и в портах сирийского побережья мусульмане оснастили и укомплектовали военные флоты, которые вскоре начали одерживать такие же яркие победы, как и победы мусульманских сухопутных армий. Первое крупное морское сражение произошло в 655 году, когда мусульманский флот из, как сообщается, двухсот кораблей нанес сокрушительное поражение превосходящему византийскому флоту у анатолийского побережья.

Когда Аббасиды перенесли столицу халифата из Сирии в Багдад, интерес центрального правительства к Средиземному морю ослабел, но независимые мусульманские правители Египта и Северной Африки долго сохраняли флоты, которые господствовали на Средиземном море от берега до берега. Египетские халифы Фатимиды, как говорят источники, в один период имели в своем распоряжении не менее 5 тысяч капитанов морских кораблей. В IX веке все больший объем торгового судоходства связывал порты мусульманских побережий Средиземного моря друг с другом и с христианскими портами на севере.