На фоне сложившегося положения и мрачных слухов часть отряда стала предлагать прорыв из окружения к побережью для поиска спасения и соединения с оставшимися силами в тех местах. Но братья Писарро и ряд офицеров решительно возражали, утверждая, что выход из главного города страны будет означать бесчестную капитуляцию и поражение испанцев, но что далее такое решение было невозможно, поскольку все пути были перекрыты, а противник прекрасно знал местность и располагал неисчислимым преимуществом в людях. После проведенных обсуждений все решили продолжать оборону, рассчитывая, что со временем придет помощь с побережья или из самой Испании.

Сейчас перед Фернандо Писарро стояла в первую очередь задача облегчить положение своих людей. С этой целью он принял решение, поддержанное офицерами, нанести по лагерю осаждавших такой сокрушительный удар, который отобьет у них желание продолжать выбранную ими тактику. Неожиданное нападение трех отрядов испанской конницы при поддержке огнестрельного оружия пехоты на сосредоточение сил индейцев столкнулось с их бешеным сопротивлением, но эта жестокая боевая схватка увенчалась очевидным успехом гарнизона Писарро при больших потерях осаждавших.

Вслед за этим на очередь встал захват возвышавшейся над площадью неприступной крепости, единственным входом в которую были ворота с противоположной от площади стороны гор. Поскольку инки ночью не вели боевых действий и не выставляли часовых, Фернандо направил своего брата Хуана во главе небольшого отряда конницы под покровом темноты в противоположную от крепости сторону, якобы за очередным поиском продовольствия. Обманный маневр удался, и испанцы после невероятно тяжелого боя смогли захватить столь важный военный объект, но и сами понесли потери, главной из которых оказался тяжело раненный камнем в голову Хуан Писарро. Он умер через две недели к великой горечи его братьев и всего гарнизона, люди которого любили его как прекрасного командира и отзывчивого человека Фернандо Писарро успешно продолжил начатое погибшим братом дело и отбил у осаждавших еще несколько крепостей.

Проходили дни и недели, но осада Куско не ослабевала Несмотря на то, что у испанцев с самого начала были солидные запасы провианта, уже некоторое время они испытывали недостаток в продуктах, которые с немалым трудом восполняли за счет остававшихся в соседних домах продуктовых запасов. В таком труднейшем положении осажденные провели уже несколько месяцев не только без какой-либо поддержки извне, но и без каких-либо сообщений от своих соотечественников. Но они продолжали верить, что если губернатор жив, то он не оставит их и, преодолев временные трудности, которые он, видимо, тогда испытывал, вызволит их из мучительного окружения.

Вся страна, а точнее, та ее часть, которая была оккупи­рована испанцами, в этот период действительно восстала против них. Основные города, где находились пришельцы, подверглись осаде, а небольшие их поселения были уни­чтожены вместе с сотнями их обитателей. Лима была окружена большой армией, но ее открытая местность позволяла проводить активные нападения конницы губернатора на осаждавших, вызывая среди них большие потери и оттесняя их на значительное расстояние от города, что, однако, все равно сохраняло невозможность его связи с внутренними провинциями. Франсиско Писарро был больше всего обепокоен судьбой гарнизона в Куско и четыре раз посылал отряды конницы и пехоты в общем числе около 400 человек ему на помощь, но ни один из них не дошел до цели, так как индейцы громили и уничтожали их на горных переходах, и лишь отдельным выжившим воинам удалось вернуться об­ратно в Лиму и рассказать о случившемся.

У Писарро были самые мрачные предчувствия и отно­сительно судьбы испанцев, оказавшихся в небольших посе­лениях, и он направил письма в ближайшие города с пред­ложением их оставить, а в порт Трухильо им была послана каравелла, чтобы вывезти оттуда поселенцев в Лиму. Однако, как выяснилось, обитатели Трухильо, спасаясь от надвигаю­щейся опасности, захватили находившиеся там парусники и ушли в Панаму. Возмущенный этим бегством губернатор приказал вывести из портов все суда Понимая, что собствен­ными силами его людям невозможно подавить восстание и даже удержать Лиму, не говоря уже о всей стране, Франсиско Писарро отправляяет с задержанными судами срочные пись­ма губернаторам Панамы, Никарагуа, Гватемалы и Мексики с просьбами о скорейшей помощи для спасения Перу.

Прошло более пяти месяцев с начала осады Куско, но армия инков оставалась на месте. Столь длительное пре­бывание огромной армии на боевых позициях истощило ее запасы продовольствия. Наступил август месяц, то есть местный сезон весеннего сева, но без роспуска большей части войска для проведения посевных работ индейцы не могли рассчитывать на получение следующего урожая. Поэтому Инка Манко приказал основной массе воинов вернуться в свои дома на период посевной, а затем присоединиться к остававшимся с ним отрядам, которые он перевел теперь в загородную резиденцию своих королевских предков в Тамбо в южной части реки Юкай, оставив при этом достаточные силы для ведения наблюдения за действиями испанцев.

Осажденные во главе с Фернандо Писарро замечали как редели массы индейского войска. Пользуясь передышками, испанцы совершали в окрестности вылазки. Одна из них оказалась настолько удачной, что испанцы смогли захватить и пригнать в город около 2000 лам, что могло обеспечить их мясом на длительный срок. Рейды теперь стали более регулярными, но каждый из них был сопряжен с боевыми схватками с индейскими воинами или вооруженным на­селением, что вело к потерям убитыми и ранеными среди осажденных. Ободренные улучшением своего положения испанцы решили теперь попробовать захватить Манко в его крепости в Тамбо и тем самым, возможно, положить конец осаде Куско, а может быть, и всему восстанию в стране. Но эта дерзкая попытка ночного нападения окончилась серьез­ной неудачей, и испанцам пришлось быстро отступать перед преследовавшими их инками и вернуться в Куско. Индейцы во главе со своим предводителем Манко торжествовали по­беду, но она оказалась недолгой.

Решающее изменение в положение в Куско совершенно неожиданно внесло возвращение в него отряда Альмагро, который прибыл обратно после очень далекого и трудного похода в Чили. Экспедиция прошла свыше 2000 миль тя­желого пути через горы и пустыни, дойдя до южного конца королевской дороги инков, где начинались владения арау- канос — самых воинственных индейцев Южной Америки, с которыми не удалось справиться даже мощным армиям перуанцев в период расцвета их могущества. Попытки ис­панцев преодолеть невероятное сопротивление смелых и прекрасно организованных арауканос, чтобы пройти в их пределы, на этот раз оказались безуспешными. Эти индейцы не позволяли даже брать себя живыми в плен, предпочитая совершать самоубийство. Но один ночной патруль при­шельцев сумел захватить двух спящих арауканос, которых под пытками заставили ответить на вопрос, что находится за их армией, чтобы защищать с такой самоотверженностью. Арауканос одинаково отвечали: «Чили! Чили!», что на их языке означало «край земли». Именно это название потом закрепилось за их землями и возникшей впоследствии на них страной.

Испытывая страшный голод и страдая от сурового кли­мата, участники экспедиции единодушно решили, что они были жестоко обмануты братьями Писарро. Альмагро и его люди кипели жаждой мщения. Глава отряда, получивший титул аделантадо новых провинций, был твердо убежден, что согласно королевскому указу Куско принадлежал ему, и сейчас он был готов взять то, что ему принадлежало по праву, что бы ни утверждали его соперники. Теперь, остановив­шись на окраинах бывшей имперской столицы, «чилийцы» увидели сами то, о чем до них доходили только неуверенные слухи: инки во главе с Манко вели войну против Куско с на­ходившимся там отрядом под командованием Фернандо Писарро.