Об изменениях при великокняжеском дворе можно судить по подписям под духовными грамотами великих князей. Грамоту Василия II из светских лиц подписали только два боярина и дьяк.

Духовную грамоту Ивана III подписали три боярина, казначей и дьяк. Кроме того, в тексте грамоты упомянуты следующие официальные лица: большой московский наместник, наместник на бывшем дворе Владимира Андреевича, князья служебные, бояре, дети боярские, дворяне, дворцовые люди, конюший, дворецкий, ясельничий, казначей постельный, печатник, дворцовые дьяки, дьяк ямской, тверской дворецкий, тверские дьяки, приказчики, дворецкий, казначей и дьяки в Новгороде, тиуны, посельские.

Подобного перечня придворных и государственных чинов и должностей нет ни в одной духовной грамоте XIV–XV вв. Это говорит о том, что число лиц, окружавших Ивана III, существенно возросло. Возможно, в этом была заслуга и Софьи Палеолог, знакомой с двором отца в Морее. Хорошо известно, что у самих византийских императоров количество придворных было очень велико, и субординация между ними четко соблюдалась. Эти же черты появляются и при дворе великого князя Ивана Васильевича к началу XVI в.

До этого число придворных у московских великих князей было невелико, и в их число входили не самые знатные люди. Тот же Берсень Беклемишев не принадлежал к высшей титулованной знати, которая со времени Ивана III стала теснить невысокородных придворных. Свидетельством новшеств являются подробные разрядные записи о военных походах. В середине XV в. такие записи делались редко и без перечня всех воевод, участвовавших в них.

Но с 80-х гг. эти записи становятся все подробнее. В них указываются не только все полки, участвовавшие в походах, но и перечисляются имена всех воевод, которые их возглавляли. Примерами являются рейды на Казань в 1484 г., на Тверь в 1486 г., на Вятку в 1489 г. С 1493 г. указываются воеводы, исполняющие пограничную службу на Берегу, т.е. на берегу Оки. Ранее такой службы, возможно, вообще не было.

Во время поездки Ивана III с внуком Дмитрием в Новгород в 1495 г. их сопровождали бояре, окольничие, дворецкий, ясельничий, постельничий и дьяки, а также князья и дети боярские. У Василия II никогда такого пышного сопровождения не было.

Кроме того, при Иване III была организована ямская гоньба и установлены пункты смены лошадей во время езды по дорогам. Это значительно облегчило передвижение путешественников по русским дорогам.

Все эти новшества появились в период брака Ивана III с византийской царевной, поэтому напрашивается предположение, что они были введены не без ее участия. Ведь воспитанная в Италии Софья наверняка знала, какими были дворы европейских монархов, как охранялись границы их стран, как осуществлялось передвижение по европейским дорогам и многое другое. Своими знаниями она могла поделиться с супругом. Поэтому существенные изменения в Русском государстве начали происходить именно при Иване III, а не при его предшественниках. Много сведений об европейских странах могли сообщить великому князю и лица из окружения византийской царевны.

Оценив образованность греков и итальянцев, Иван III стал использовать их в качестве своих послов не только в Италии, но и в Дании (в 1493 г. туда ездил родственник Софьи Дмитрий Ралев), и в Священной Римской империи. Например, туда неоднократно ездил грек Юрий Траханиот. Другой грек — Мануил Ангелов — посетил в 1493 г. Милан и Венецию и привез оттуда новых мастеров. По этому поводу А.А. Зимин заметил, что активные контакты России с Италией в конце XV в. принесли стране обильные плоды в области культуры.

Имея пять сыновей, Софья Фоминична наверняка задумывалась об их судьбе. Она видела, что у великого князя складывались напряженные отношения не только с различными родственниками, но и с братьями. Если те по каким-либо причинам вызывали у него неудовольствие, то он жестоко расправлялся с ними. Например, в 1482/83 г. в Вологде умер в заточении дядя Ивана III боровско-серпуховской князь Василий Ярославич. На него по непонятной причине разгневался еще Василий II, но Иван III не захотел простить родственника и на свободу не выпустил. Его обширные земельные владения он присоединил к своим.

Великая княгиня прекрасно помнила, как после инцидента с украшениями Марии Тверянки вынужден был отказаться от родовых земель двоюродный дядя Ивана III Михаил Андреевич Верейский, а сын его с ее племянницей бежали в Литву.

В 1491 г. за отказ выполнять приказ Ивана III был схвачен его родной брат Андрей Васильевич Углицкий вместе с сыновьями. В 1493 г. Андрей скончался в тюрьме, сыновьям же его пришлось провести в заточении долгие годы.

Софья понимала, что участь ее сыновей будет не менее печальной, поскольку на престол после отца взойдет его старший сын Иван Молодой, уже имевший наследника сына Дмитрия. Но в начале 1490 г. произошло невероятное событие. Иван Иванович тяжело заболел. Его ноги покрыла красная сыпь, называемая камчугой. Эта болезнь считается разновидностью проказы и была распространена раньше в Крыму, поэтому ее иногда называли крымкой.

Некоторые современные исследователи (Л.В. Столярова и П.В. Белоусов) почему-то решили, что Иван страдал от подагры, но его лечили неправильно.

В летописях сообщалось, что великий князь приказал лекарю Леону осмотреть сына и определить степень опасности его заболевания. Иностранец, видимо, не был знаком с его болезнью, поэтому смело заявил, что излечит княжича. В случае неудачи он даже готов был умереть.

Летописец подробно написал о том, как проходило лечение: «Зелие даст питии ему и жещи скляницами по телу его, вливати я горючюю воду». Но от такого лечения Ивану Молодому стало хуже, и 7 марта 1490 г. он умер. Разгневанный Иван III приказал схватить горе-лекаря, и на сороковой день после кончины сына казнил его.

В трудах современных историков высказывается предположение о том, что именно Софья Фоминична организовала заговор против Ивана Молодого для его устранения, поскольку Леон прибыл в Москву вместе с ее братом Андреем. Но, вероятнее всего, обвинения в ее адрес беспочвенны. Ведь великая княгиня в это время в очередной раз была беременна и старалась держаться как можно дальше от больного княжича.

К тому же в то время не умели лечить камчугу, поэтому заболевшие ею люди часто умирали. Например, от нее скончались сосланные в 1601 г. на Белоозеро князь Б.К. Черкасский и его супруга из рода Романовых.

Можно предположить, что безвременная кончина Ивана Молодого в очередной раз рассорила Софью Фоминичну с супругом. После рождения 5 августа 1490 г. сына Андрея у нее больше не было детей. Правда, к этому времени великой княгине было уже за 40 лет, а Ивану III и того больше — 50 лет. По меркам того времени он уже считался стариком.

Можно предположить, что, перестав рожать детей, Софья Фоминична начала больше внимания уделять благоустройству великокняжеского дворца, занялась рукоделием и благотворительностью.

К 1493 г. отдельные постройки каменного дворца были уже возведены. Поэтому Софья и Иван III смогли переехать в свои новые покои. Когда весной 1493 г. огромный пожар уничтожил почти все здания в Кремле, их двор за Архангельским собором уцелел. Однако казна великой княгини, находившаяся в подвалах одного из соборов, выгорела.