Учителя и студенты динамично развивающихся и имеющих высокую репутацию школ не хотели больше мириться с монополией церкви на образование. Создание Университета было единственным выходом из возникшего кризиса.

Приблизительно в 1207–1208 гг. для отражения нападок населения и местных властей преподаватели и студенты Парижа объединились в корпорацию. В дальнейшем, благодаря поддержке папы, выражавшейся в предоставлении им в 1215 г. уставов и привилегий, расширенных в 1231 г., университету были дарованы освобождение от уплаты налогов, юридическая независимость и широкая автономия по организации учебного процесса и выбору программ. Специальное жюри преподавателей подтверждало разрешение на ведение обучения в университете, по-прежнему выдаваемое канцлером собора Парижской Богоматери. Между 1220 и 1260 г. обучение в университете подверглось специализации: студенты распределялись по «нациям» (землячествам), каждая нация избирала прокуратора, а они, в свою очередь, – ректора, возглавлявшего университет. В университете было четыре факультета: подготовительный (или младший) факультет искусств («семи свободных искусств») и старшие факультеты: теологии, права и медицины, во главе каждого из них стоял декан. Подобная система организации учебного процесса в университетах была принята по всей Северной Европе. Несмотря на протест некоторых светских учителей, как, например, Гильома де Сент-Амура (1252–1256 гг.), для контроля над содержанием образования папа ввел в университете studia (школы) монахов нищенствующих орденов (францисканцев и доминиканцев).

Обучение на факультете искусств диалектике и философии было основано на изучении наследия Аристотеля. Включение его философии в университетскую программу претерпело немало трудностей. Благодаря многократным переводам его трудов с греческого языка на латинский, начиная с 1130 г. и вплоть до XIII столетия (Мишель Скот, Роберт Гроссетест и Гильом де Моэрбек), Средневековье познакомилось с его творчеством. В 1210 г. парижский синод подверг цензуре его книги и запретил преподавание его философии под страхом отлучения от церкви. В 1215 г. это запрещение было частично снято папским легатом Робертом до Курсоном и почти отменено в 1231 г. Папой Григорием IX. Несмотря на запреты, начиная с 1255 г. в университетскую программу было включено изучение почти всего творческого наследия Аристотеля, а также комментарии к его произведениям известного арабского ученого Аверроэса, последователи которого во Франции были сторонниками духовной и организационной автономии факультета искусств, что осуждалось епископом Этьеном Тампье (1277 г.)

Богословский факультет был старшим факультетом. В период обучения студенты изучали книгу «Сентенций» Петра Ломбардского (умер в 1160 г.) и Библию. Первые клирики, прослушавшие курс теологии в школе при соборе Парижской Богоматери, были адептами морального богословия, в то время как последующие поколения, вышедшие из нищенствующих монашеских орденов (после 1245 г.), были приверженцами рациональной теологии, проповедуемой доминиканцами или сторонниками более традиционного учения св. Августина, под знаменем которого выступали францисканцы. К концу XIII столетия богословский факультет в Париже стал для папы Studium generale (т. е. «всеобщая школа») и престижные звания, получаемые студентами по окончании образования, высоко ценились в христианском мире и пользовались заслуженным уважением. Филипп Красивый не принимал ни одного важного политического или религиозного решения, не посоветовавшись со своими духовниками.

Латинский язык для человека Средневековья был, прежде всего, священным языком: на нем была написана Библия, а отцы церкви отправляли религиозный культ. Кроме того, он оставался языком науки (до XVIII столетия) и литературного творчества до 1100 г. Будучи живым языком, он постоянно развивался, и если и сохранил синтаксис (в упрощенной форме) и риторические обороты классической латыни, его словарный состав обогащался, выражая реалии средневекового периода. Первые христианские авторы, не знавшие о лингвистическом пуризме латинских писателей эпохи Империи, стремились сделать латынь доступной пониманию широких масс. И какой бы язык они ни использовали – низкую латынь, на которой говорил и писал Августин, или деревенскую, на которой общались простые жители, например Арля – он должен был соответствовать целям приобщения народа к религии и культуре. В каролингскую эпоху Карл Великий унифицировал и исправил язык, законодательным актом выделив в нем научную латынь и язык неграмотного населения или простонародную латынь (romana lingua rustica), на которой и советовал произносить проповеди (капитулярий от 813 г). После волнений, охвативших Европу в X столетии (набеги венгров, сарацинов и норманнов) литературное творчество на латинском языке развивалось до XII, XIII вв. Возрождению XII столетия способствовали также и переводы на латинский язык (между 1120 и 1180 гг.) произведений греческих и арабских авторов. В основном это были научные труды по философии и квадривиуму (арифметика, геометрия, музыка и астрономия), дополненные произведениями по астрологии и медицине. Иберийский полуостров был центром, очагом переводческой деятельности, где английские и французские интеллектуалы заказывали переводы. Переведенные сочинения циркулировали по всему христианскому миру. В этот период в подражание античным образцам были созданы «Александрия» Готье де Шатильона (около 1176 г.) и «Поликратикус» его друга Иоанна Солсберийского. Но дух средневековья уже утверждался в романтическом настроении произведений Готье Мапа (в «Баснях куртизана» – De nugis curialium) и в богатстве лирических и сатирических образов голиардов («Estuans intresecus», «Dives eram»). Их критические воззрения на современное им общество, на распущенность образа жизни и развращенные нравы много раз подвергались осуждению церковью. В 1227 г. Тревским собором было запрещено исполнение их песен, пародирующих святые для христиан молитвы Sanctus и Agnus Dei, а церковным собором в Руа-не в 1241 г. они были лишены права ношения тонзуры, высшего отличительного знака духовенства.

В XIII столетии развитие латинского языка продолжалась в богословских спекуляциях, в составлении юридических компиляций и научных трактатах. В теологии и философии схоластическая латынь предоставляла широкое поле деятельности, при сохранении строгого синтаксического построения и использовании суффиксов и приставок в ней создавались неологизмы, выражавшие абстрактные понятия в логических и умозрительных заключениях. Впоследствии схоластическая латынь будет осмеяна гуманистами, выступавших за строгое подражание античным образцам.

В средневековый период появился новый тип литераторов (litteratus), хорошо владевших латинским языком, хотя следует признать, что ими использовались различные формы латыни, варьировавшиеся в зависимости от степени образованности авторов и находящиеся под влиянием региональных лингвистических субстратов. Богатство латинского языка заключалось в возможности выражения на нем любых идей и понятий. По словам Ж. -И. Тийе-та, каждое латинское слово «гармонично звучало в стихах Вергилия, максимах Сенеки и молитвах святого Августина», чем и объясняется «живучесть» этого языка в течение средневекового тысячелетия и его претензии на универсальность.