Феодор был человек кроткий, слабый здоровьем и характером, более склонный к иноческой жизни, нежели к занятиям государственными делами. Время свое он проводил преимущественно в исполнении религиозных обрядов, а заботы правления возложил на членов верховной Боярской думы. Ближе всех к царю стал хитрый Борис Годунов, брат супруги Феодоровой Ирины; он происходил от одного татарского мурзы, вступившего в московскую службу (в XIV веке).

У Бориса были соперники, принадлежавшие к знатнейшим боярским фамилиям, которые старались помешать его возвышению. Душой враждебной партии сделались князья Шуйские. Вместе с митрополитом Дионисием они от лица всего народа составили челобитную грамоту к царю о том, чтобы он развелся со своею бездетною супругой и женился на другой. Годунов поспешил предупредить опасность: он уговорил Дионисия не подавать челобитной, потом устроил так, что Шуйские были обвинены в измене и вместе со своими друзьями отправлены в дальние города на заточение. Митрополит Дионисий вскоре низвержен, а на место его поставлен преданный Годунову ростовский архиепископ Иов. Таким образом Борис удалил всех соперников и, величаясь саном «ближнего великого боярина», один остался правителем государства.

Царствование Феодора отличается вообще мирным характером. Осторожный правитель, не имея сам талантов полководца, избегал больших войн и заботился только о целости русских пределов. При нем была незначительная война со шведами, которая окончилась возвращением отнятых ими городов (Яма, Копорья, Иван-города). Крымский хан Казы-Гирей пытался однажды напасть на Москву врасплох, но встретил под ее стенами сильное войско и после неудачной битвы ушел назад (1591). На южных окраинах Борис усилил оборонительную линию рядом новых засек и крепостей (например, Белгород, Оскол, Валуйки). За Уралом в первый год Феодорова царствования Ермак погиб при нечаянном нападении Кучума; покоренные племена восстали, а казаки ушли назад в Россию, но тут они соединились с царскими воеводами и воротились в Сибирь. Русские потом утвердили свое господство в Сибири построением нескольких крепостей (Тобольск, Пелым, Березов и др.). Борис старался также поддерживать и распространять сношения с европейскими народами, особенно покровительствовал торговле с англичанами; для иностранных купеческих кораблей устроена была на Белом море Архангельская пристань.

Из правительственных распоряжений Годунова самой важной мерой почитается прикрепление к земле крестьянского сословия. Мы знаем, что во время удельно-вечевой России крестьяне не сделались поземельными собственниками, по крайней мере они оставались сословием вольных земледельцев, т. е. имели право переходить с одного места на другое и селиться там, где находили для себя более выгоды. Уничтожение уделов благоприятствовало переходу, потому что границы княжеств служили для него главным препятствием. Но правительство мало-помалу начало стеснять подобные переходы: во-первых, они были ограничены известным сроком в году, именно, по Судебнику, для этого назначается время около Юрьева осеннего дня (т. е. после уборки хлеба); во-вторых, монастыри получали иногда право не отпускать крестьян из некоторых сел. Богатые помещики и монастыри обыкновенно разными льготами переманивали к себе крестьян от мелких владельцев, а мелкие помещики (дети боярские), составлявшие главную военную силу государства и обязанные по первому требованию выступать в поход на коне с некоторым числом вооруженных слуг, часто жаловались, что не могут исправно нести военную службу, потому что земли их остаются без крестьян. Подати государственные, которые раскладывались не по числу душ, а по количеству земли, принадлежащей волости, также не могли исправно собираться по причине неоседлости крестьянского населения. Московское правительство, чтобы уничтожить эту неоседлость, продолжало стеснять переходы сельских жителей и наконец рядом указов, запрещавших эти переходы, прикрепило крестьян к тем землям, на которых они находились. Первый из таких указов, дошедших до нас, относится к 1597 году.

В царствование Феодора глава нашего духовенства переменил сан митрополита на высший сан патриарха.

С тех пор как Византия была завоевана турками и сношения с Греческой Церковью сделались весьма затруднительны, зависимость русского духовенства от константинопольского патриарха прекратилась. Когда патриарх Иеремия случайно приехал в Москву, ему предложили остаться в России, быть патриархом всероссийским и жить во Владимире. Иеремия отказался и по желанию Годунова посвятил в этот сан московского митрополита Иова (1589). Вместе с тем некоторые архиепископы получили сан митрополита, а некоторые епископы возведены в архиепископы.

Между тем царевич Димитрий был удален в Углич, который был назначен ему в удел отцом. Тут он воспитывался под надзором своей матери Марии Нагой, и народ уже привык смотреть на него как на преемника бездетному Феодору. Но вдруг разнеслась весть, что девятилетний царевич погиб от руки убийц (Битяговского, Качалова и Волохова), которые немедленно были растерзаны народом, сбежавшимся по звону набатного колокола (1591). Для исследования этого дела царь (или собственно Годунов) послал в Углич Крутицкого митрополита Геласия, князя Василия Ивановича Шуйского и окольничего Клешнина. Следователи воротились и донесли царю, что Димитрий в припадке падучей болезни сам заколол себя ножом. Тогда жителей Углича жестоко наказали за самоуправство: некоторых казнили и многих сослали в Сибирь, а царицу Марию постригли в монахини. Не многие, однако, поверили донесению следователей, и молва народная приписала смерть царевича Годунову, который, по всей вероятности, сильно желал устранить Димитрия от престола.

В январе 1598 года скончался последний царь из династии Владимира Великого. Рассказывают, что на вопрос патриарха и бояр, кому он поручает царство, умирающий Феодор отвечал: «Предоставляю все на волю Божию».

По кончине Феодора Москва немедленно присягнула его супруге Ирине, но она уехала в Новодевичий монастырь и там постриглась в монахини. Когда же думный дьяк Щелкалов вышел к народу и предложил присягнуть на имя Боярской думы, народ не хотел и слышать о боярском правлении. Годунов вслед за сестрою также удалился в Новодевичий монастырь, а между тем многочисленные приверженцы и клевреты усердно действовали в его пользу. Патриарх Иов, оставшись тогда главным лицом в государстве, прямо указал народу на Бориса как на мужа самого достойного занять престол; вместе с духовенством, боярами и московскими гражданами он отправился к Годунову и предложил ему корону. Но дальновидный Борис отказался: он ожидал выборных людей из других городов, которые должны были съехаться в столицу для избрания царя. Земский собор подтвердил избрание патриарха. После торжественных неоднократных просьб духовенства и народа правитель наконец согласился возложить на свою голову венец Мономаха.