В конце 1540-х годов Корнберт и его окружение разрабатывали основанную на Библии набожность, не имеющую догм и фокусирующуюся на индивидуальных духовных стремлениях и попытках обрести спасение, обходящуюся без организованной религии. Одним из главных методов пропаганды мистического эразмовского христианства Корнхерта были многочисленные печатные издания, которые он помогал создавать и публиковать, включая известную серию, выпущенную в 1550 году совместно с ван Хемскерком (1498–1574 гг.), где отражались стадии, проходя которые, человек достигает искупления.

Интернализация Реформации расцветала по мере того, как усиливались репрессии против ереси. В 1545 году недовольный текущими результатами император решил создать сеть региональных трибуналов инквизиции, которые бы могли сами инициировать большое число казней, как в Испании. Недостаток персонала и ресурсов и нежелание провинциальных и городских властей совместно работать означало, что эта сеть в Нидерландах создавалась медленно, шаг за шагом, и к 1550-м годам лишь в нескольких провинциях инквизиция была активно занята борьбой с ересью. В апреле 1550 года для прояснения юридического положения монарх издал «Вечный указ», устанавливавший смертную казнь и конфискацию имущества за ересь и распространение еретической литературы. Согласно этому постановлению люди, признавшиеся в ереси, должны были быть обезглавлены, а женщины сожжены заживо; те, кто упрямо не желал сознаваться, также сжигались заживо.

Самый активный трибунал, начиная с конца 1540-х и вплоть до кризиса 1565–1566 годов, находился во Фландрии, где с 1545 года главным инквизитором был Питер Тительман (1501–72 гг.). Он был ярым противником ереси и неустанно пытался усилить репрессии, несмотря на малое количество персонала и ограниченность ресурсов. Он регулярно объезжал провинцию, а также районы Лилля, Турне и Дуэ, собирал информацию, арестовывал подозреваемых, допрашивал свидетелей и организовывал судебные процессы. Его стратегией было выделение ключевых групп населения, особенно книготорговцев, членов ораторских кружков и анабаптистских сообществ. В период с 1550 по 1559 год Тительман провел 494 судебных процесса о ереси и был ответственным за больше половины от общего числа казней за ересь — 105 из 200, — приведенных в исполнение во Фландрии. Он показал, каких результатов могла достичь инквизиция, но, как признавал Сонний, надежда на проведение таких же мероприятий на севере, в таких провинциях, как Голландия, Гелдерланд и Фрисландия, была мала, учитывая политические и юридические преграды. Казни сильно волновали общественность, и люди стали бояться инквизиции даже там, где она не была активной, например, во Фрисландии или Гронингене, не говоря уж о местах, находившихся под ее сильным влиянием. Она стала настолько непопулярной, что иногда разозленная толпа силой освобождала заключенных, нападая на инквизиторов и солдат, которые их сопровождали. Кроме того, инквизиция рассматривалась многими как нарушение привилегий провинций и городов. Принцип, согласно которому осужденные еретики теряли всю свою собственность, что наказывало также и их семьи, шокировал как регентов, так и общественность, но он был уже введен правительством через провинциальные высшие суды в 1530-х годах. Но инквизиция пошла дальше, забрав право на преследования у городских магистратов, и зачастую увозила осужденных из родного города.

Тем, кто нес ответственность за продвижение политики Карла V в Исторических Нидерландах, было ясно, что суровые репрессии не могли ни остановить продвижение протестантской ереси, ни спасти католическую церковь в этом регионе. Всего в период с 1523 по 1565 год в Габсбургских Нидерландах казни подверглись около 1300 человек — чуть больше, чем в последующие годы, в период репрессий Альбы, — но это было лишь верхушкой айсберга. Власти видели, что Нидерландская церковь нуждалась в радикальной реорганизации для ее усиления и блокирования дальнейшего развития протестантизма. Во время второго заседания Совета в Тренте, с мая 1551 по апрель 1552 года, Франциск Сонний, нидерландский делегат, впервые представил всестороннюю схему реорганизации церковной структуры. Сама идея не была новой. Но задумка Сонния, сколько бы ни стоило создание новых епархий и семинарий, должна была финансироваться из перераспределенных доходов монастырей и аббатств, которые будут задействованы в длительном структурном преобразовании. Однако, были и сложности, которые задерживали исполнение задуманного, в частности сильная ссора Карла V с папой Юлием III и влияние войны с Францией. Но Филипп II оказался более энергичным сторонником идеи, чем его отец, так что с 1556 года в обстановке строжайшей секретности в Брюсселе был составлен план по реализации схемы Сонния, а в апреле 1559 года он получил одобрение от папства.

Чувство крайней необходимости новых правительственных предложений о епархиях появилось в связи с пониманием к концу 1550-х годов, что официальная Церковь разрушалась не только изнутри, но и снаружи. Духовный кризис Нидерландов поднялся на новый уровень: растущее бойкотирование официальной Церкви. Были доказательства значительного снижения посещаемости обрядов причащения в Амстердаме. Вильгельм Линданус, главный инквизитор, сообщил в 1559 году, что число прихожан, исполнивших свои пасхальные обязательства в Леувардене в тот год, было на тысячи меньше, чем несколько лет назад. По оценкам, в Снеке регулярное посещение церкви сократилось на четверть в сравнении с предыдущими годами. В Доккуме приходы сократились вдвое. Брюссельское правительство стало уделять больше внимания методам привлечения населения в церковь. Голландские Провинциальные Штаты были шокированы предложением правительства в апреле 1564 года, согласно которому правонарушители, замеченные в регулярных пропусках церковной службы на протяжении более четырех месяцев подряд, «должны быть изгнаны с территории Голландии с конфискацией всего имущества». Это предложение не могло осуществляться принудительно, но оно стало знаком непоколебимой решимости Филиппа.

До 1550-х годов кальвинизм являлся незначительным фактором в нидерландской Реформации, за исключением нескольких валлонских городов, в частности Валенсьена и Турне, где кальвинизм появился и укоренился уже в середине 1540-х годов. Историки долгое время считали, что преимущественно кальвинистский характер поздней нидерландской Реформации был связан с этим ранним его продвижением в Валлонии, и полагали в связи с этим, что кальвинизм пришел на нидерландоговорящие территории главным образом из Франции. Однако последние исследования показывают, что это было не так и что интеллектуальное и религиозное взаимодействие между двумя языковыми территориями было сравнительно небольшим. Даже в нидерландоязычных частях Фландрии, которые непосредственно граничили с Валлонским регионом, основной импульс, помогший реформатской церкви стать центром нидерландской Реформации, исходил не из валлонских городов, а от нидерландоязычных церквей для беженцев в Лондоне и Германии. В Лондоне распространение кальвинизма среди нидерландских беженцев прервалось в 1553 году, когда на трон взошла Мария Тюдор, принеся с собой католичество. Но это лишь усилило рост влияния кальвинизма среди немецких церквей для беженцев, куда теперь приходили ведущие лондонские изгнанники. Кальвинизм в немецких церквях изгнанников — в Эмдене, Везеле, Дуйсбурге, Франкфурте и Франкентале — был частью ранней традиции Реформации, смесью влияния Буцера и Цвингли, которое по-прежнему было важной частью нидерландских, немецких и швейцарских реформационных традиций. Реформационное движение в Нидерландах не было полностью кальвинистским по происхождению и на начальных стадиях почти не имело прямой связи с Кальвином, Женевой или французским протестантизмом.