Люди, которые привели реформатскую церковь к успеху в большой части Нидерландов, в основном были беженцами, которые провели долгое время, особенно 1550-е годы, в Германии. Так, например, Питер Датен (1531–88 гг.), один из главных лидеров кальвинизма в Антверпене в 1566 году и кальвинистской революции в Генте в конце 1570-х годов, который стал злейшим врагом церковной политики Вильгельма Молчаливого, в прошлом был монахом-кармелитом. Он сбежал из Фландрии около 1551 года и служил проповедником в реформатской церкви во Франкцурте с 1555 по 1562 год. Именно там он установил связь с реформатскими коммунами по всей Германии и в Женеве. Герман Модед, ключевая фигура в «разжигании» кальвинизма в Антверпене, до 1566 года также был беженцем, бывшим священником. Он принял протестантизм в Эмдене, в, пожалуй, самой важной из всех церквей для беженцев в Германии.

До Реформации Эмден был незначительным городом, где проживало всего около 4 000 человек. Под управлением Энно, графа Восточной Фрисландии (1528–40 гг.), и сам город, и вся Восточная Фрисландия официально приняли лютеранство. Но преемница Энно, графиня Анна, сменила направление и пригласила антилютеранского польского реформатора Яна Лаского взять контроль над восточнофризской церковью. Лаский ввел в Восточной Фрисландии новый вид Реформации путем обращения людей в веру и церковные ордеры традиции Буцера-Цвингли, избавляясь от лютеранской модели. Он выступал против анабаптистов, католиков и лютеран, и после публичной дискуссии с давидйористами (а в 1544 году с самим Менно) добился официального подавления анабаптизма в Восточной Фрисландии. В 1544 году Лаский создал церковный совет, или Kirchenrat, и религию Эмдена, основу для дальнейшего появления консистории, и реформатскую доктрину Нидерландов. Однако продвижение реформатского протестантизма в Восточной Фрисландии было прервано победой Карла V в Шмалькальденской войне 1546–48 годов, которая окончилась договоренностью между императором и лютеранами, ценой дальнейшей Реформации, и которая вынудила графиню Анну обратиться в лютеранство. Лаский и другие лидеры восточнофризской реформатской традиции уехали в Лондон, где они помогали создать церковный порядок в новой церкви для нидерландских беженцев и религию, основанную на женевском опыте и теологии Кальвина. Затем, после 1552 года, церковь в Восточной Фрисландии вновь вернулась в реформатский лагерь, а после начала действия католических реакционных сил в Англии под руководством королевы Марии, Лаский и его помощники вернулись туда, откуда начали — в Эмден. В течение 1550-х годов сообщества нидерландских беженцев в Германии были оплотом Реформации для всей нидерландоговорящей части Нидерландов. По мере того, как религиозная позиция восточнофризской реформатской церкви становилась всё более определенной, ее отношение стало менее терпимым: оставшиеся католические священники были изгнаны в 1557 году, а лидер спиритуалистов Никлаэс — в 1560 году. В то же время в городе увеличивалось население и росла его торговая значимость, благодаря большому наплыву торговцев и моряков, а также религиозных беженцев из Габсбургских Нидерландов, что укрепляло и так прочные связи между Эмденом и нидерландским побережьем.

Если же говорить о доктрине, сила кальвинизма, которая к 1550-м годам превзошла (но и впитала) буцеранское и цвинглианское течения Реформации в северной Европе, исходила из его прозрачного и систематического описания, в особенности в великой работе Кальвина «Наставление» (Institutes); из способности дать ту стабильную и упорядоченную структуру догм и организации, которая была необходима для противостояния дроблению и распространению теологических тенденций, что было так характерно для ранней нидерландской Реформации. Те, кто был напуган распространением Реформации вокруг, нашли в кальвинизме спасение, в котором нуждались. Таким образом, кальвинизм был создан на базе бесструктурного протестантизма, который в течение десятилетий пронизывал все уголки Исторических Нидерландов, и впитал в себя большую его часть. Но в сельской местности, которая не была затронута производственной деятельностью, мореплаванием и рыболовством, деревни, полностью занятые земледелием, встречались тут и там во Фландрии, Брабанте и Валлонии, и еще чаще в Люксембурге, восточном Оверэйсселе и Дренте. В этих местах гуманизм не оказал практически никакого влияния, и кальвинизм по большей своей части также не смог укорениться.

Тем не менее видимый успех кальвинизма в Нидерландах в 1550-х годах был по-прежнему ограничен церквями для беженцев за границей. Тенденция к строгому набору дисциплин и стабильной организации сильно зависела от успешного создания консисторий, состоящих из старших, имевших сан проповедников. Это было одновременно и опасным, и сложным мероприятием на территории Габсбургских Нидерландов и в епархии Льеж. В конце 1550-х годов организованные собрания кальвинистов, которые общались между собой, и церкви для беженцев в Германии — или с французским протестантизмом в случае Валлонии — существовали в нескольких валлонских городах, в том числе Антверпене, но едва ли где-то еще.

После 1559 года кальвинизм в Исторических Нидерландах получил новый толчок от быстрого продвижения кальвинизма во Франции, Британии и Германии и от ослабления габсбургского влияния внутри страны. В начале 1560-х годов стали появляться организованные секретные собрания во Фландрии: в Генте, Остенде, Хюлсте, Ауденарде, Ондскоте и Брюгге; в Брабанте: в Брюсселе, Мехелене и Бреде, Мидделбурге и Флашинге; и предположительно в Голландии: в Амстердаме, Энкхаузене и Алкмаре. Очевидно, что подъем кальвинизма до 1565 года был гораздо менее заметен на севере, чем во Фландрии, Антверпене и Валлонии. Тем не менее поскольку на нидерландоговорящей территории и вокруг нее работало большое количество обученных проповедников, которые были привязаны доктриной к реформатскому протестантизму, на севере неизбежно стал преобладать кальвинизм. По мере ослабления хватки габсбургского правительства в 1560-х годах, протестантское проповедование и прочая активность могли выйти на свет, как и произошло в 1566 году, и было очевидно, что кальвинизм сыграет главную роль.

Вместе с распространением консисторий кальвинизм начал расширять своё влияние в Нидерландах и всё больше усиливать единство доктрин. В начале 1560-х годов было созвано несколько тайных синодов, главным образом в Антверпене. Особое значение приобрело составление документа, названного «Бельгийским исповеданием» (Confessio Belgica) от 1561 года под авторством Ги де Бре, проповедника кальвинистского сообщества Валенсьена, и его быстрое принятие как символа веры реформатских сообществ на всей территории Нидерландов. Текст оказывал мощное влияние не только в период раннего подъема кальвинизма в Нидерландах, но и, будучи культурным и образовательным орудием, в течение всей истории нидерландского протестантизма. Первое нидерландское издание было напечатано в Эмдене в начале 1562 года и стало ярким доказательством центральной роли Восточной Фрисландии в зарождении нидерландской реформации.

В конце 1550-х годов кальвинизм стал наиболее сильным течением нидерландского протестантизма. Его ясные доктрины и четкая структура сделали возможным становление протестантизма как более мощного движения, чем раньше. И хотя протестантизм частично впитал более свободные, разобщенные тенденции прошлого, он, несомненно, полностью заменил их, создав глубокое напряжение между четко контролируемыми и «распущенными» стремлениями, которое сохранилось в центре нидерландского протестантизма вплоть до Нового времени.