Во время отступления осенью 1919 – зимой 1920 годов остатки морской дивизии находились в арьергарде, влившись в колонны генерал-лейтенанта В. О. Каппеля, и прошли с его войсками весь Сибирский ледовый поход. Отступление было крайне тяжелым. Многие в ходе него погибли, разбежались, остались в госпиталях (особенно много морских стрелков осталось в госпиталях Читы). До Байкала в конце февраля 1920 года из четырех тысяч дошли только 300 морских стрелков. На этом дивизия прекратила свое существование.

Добравшиеся до Владивостока полторы сотни морских стрелков сведены в отдельную роту морских стрелков, которая стала личной гвардией командующего Сибирской флотилией контр-адмирала Г. К. Старка и председателя Временного Приамурского правительства С. Д. Меркулова. При этом оставшиеся морские стрелки (в большей своей части вчерашние гимназисты) были переодеты в матросскую форму – бушлаты, брюки и сапоги. На их бескозырках теперь значилось: «Сибирская флотилия».

В июне 1922 года морские стрелки участвовали в военно-политическом перевороте во Владивостоке и приведении к власти контр-адмирала Г. К. Старка. Морские стрелки Старка поддерживали порядок в городе. Впоследствии некоторая часть морских стрелков ушла на кораблях Сибирской флотилии в эмиграцию, остальные разошлись по домам.

Возможно, наиболее удачной задумкой адмирала А. В. Колчака был образованный в июле 1919 года морской учебный батальон численностью в полторы тысячи человек. Возглавил батальон выдающийся офицер капитан 2-го ранга П. В. Тихменев. Батальон считался неофициальной гвардией Колчака. Верховный правитель любил проводить строевые смотры батальона и лично знал практически всех его офицеров.

Личный состав в морской учебный батальон частично набрали в речных флотилиях. Старых матросов и в этом случае не брали, а только гражданских речников. Разумеется, несколькими десятками речников укомплектовать батальон было невозможно. Поэтому по сибирским городам была организована кампания записи добровольцев. Плакаты гласили: «Граждане! Записывайтесь во флот!» Далее описывались условия службы, уровень зарплаты, рекламировалась морская форма, которую получат добровольцы.

В результате в батальон поступило около тысячи студентов и гимназистов, которых также стали именовать морскими стрелками, а не матросами. Вскоре батальон был отправлен на передовую. В сентябре 1919 года у деревни Полойская учебный батальон понес тяжелые потери от артиллерийского огня красных. Спустя пару недель под селом Дубровное стрелки морского учебного батальона пять раз ходили в штыковые атаки, отбивая наступление красных. В ходе этих боев погибло более 350 стрелков, в том числе и командир батальона капитан 2-го ранга П. В. Тихменев. Впоследствии батальон еще несколько раз пополнялся и хорошо дрался в составе 3-й Сибирской армии. В конце концов от батальона осталось каких-то 200 человек.

В Омске остатки батальона стали основой для формируемого учебного морского полка, в состав которого были включен личный состав 3-го Камского дивизиона речных судов и личный состав Обь-Иртышской речной боевой флотилии. Кроме этого снова набрали добровольцев из числа представителей городского среднего класса, зажиточных крестьян, студентов и гимназистов. Любопытно, что в этом случае в полк были принято и некоторое число мобилизованных бывших матросов Балтийского флота (собранных со всей Сибири), насчет которых распорядился лично адмирал А. В. Колчак. Но серьезно повоевать полку уже не довелось, а балтийские братишки доверия не оправдали.

13 ноября 1919 года учебный морской полк вместе с другими отступающими частями колчаковской армии покинул Омск и пешим порядком направился в Новониколаевск (Новосибирск). Переход был исключительно тяжелым, так как морозы достигали 40 градусов. В январе 1920 года батальон полка, куда входили бывшие матросы Балтийского флота, на выходе к Транссибу за Красноярском поднял мятеж. Этот мятеж уже никто не усмирял. Мятежники просто ушли навстречу красным. Продолжавшие отступать батальоны вынуждены были вступать в переговоры с партизанами, выторговывая себе условия прохода через партизанские зоны. Поэтому большая часть морских стрелков сдалась в плен тем же партизанам. Историки Н. В. Дворянов и В. Н. Дворянов пишут: «В селе Коновалове недалеко от Благанска партизаны 2-й Братской дивизии окружили морской полк колчаковцев. Видя, что дальнейшее сопротивление бесполезно, солдаты, перебив часть ненавистных им офицеров, сдались в плен». В Новониколаевске остатки полка вошли в охрану А. В. Колчака и сопровождали его до Верхнеудинска, где и были распущены на все четыре стороны…

Вообще учебный морской батальон, а затем созданный на его основе учебный морской полк, по признанию историков, являлись самой боеспособной частью армии адмирала А. В. Колчака. Этому способствовали добровольческий принцип комплектования и морские традиции, которые были привнесены в батальон, а потом и в полк флотскими офицерами. Уже на исходе Гражданской войны весной – осенью 1922 года морские стрелки Сибирской флотилии роты разгромили базы партизан на побережье севернее Владивостока, оттеснили партизанские отряды от Владивостока до Татарского пролива и установили власть Приамурского правительства на побережье. Однако полностью удержать за собой побережье, как и уничтожить партизан, так и не смогли.

Помимо этих боевых частей, в разное время во Владивостоке существовало несколько различных рот, выполнявших вспомогательные функции. Так, в июне 1918 года во Владивостоке была создана морская рота для борьбы с Амурской речной флотилией красных и захвата ее базы в Хабаровске. Рота имела несколько вооруженных судов. Эта морская рота комплектовалась добровольцами из гардемаринов, сухопутных офицеров и студентов. Было в ее составе и несколько старых матросов, которые уже в июле составили заговор, который был раскрыт. После этого матросы Савченко и Жилка были расстреляны.

Состояние дисциплины как в частях белой флотилии, так и в морской роте лучше всего характеризует приказ командующего Сибирской флотилией Н. И. Черниловского-Сокола от 6 мая 1920 г.: «За последнее время стали безобразно учащаться случаи уклонения от исполнения служебных обязанностей. Находятся люди, которые до того опустились нравственно, что приходят в свою часть, только чтобы поесть и получить деньги». Все это полностью относилось и к комендантской роте, поэтому командир роты обратился с рапортом к командующему Сибирской флотилией с просьбой расформировать роту. Просьба была удовлетворена.

С января 1919 года по апрель 1920 года во Владивостоке существовал отдельный батальон морских стрелков Дальнего Востока. Батальон был укомплектован 52 молодыми призывниками из Благовещенска, новобранцами-крестьянами, а вот 4-я рота батальона была неосмотрительно укомплектована бывшими матросами Амурской флотилии. Ввиду отсутствия походного снаряжения батальон не представлял собой серьезной боевой единицы, поэтому его использовали лишь в нескольких карательных экспедициях в окрестностях Владивостока против мелких групп партизан и хунхузов. Но после волнений в 4-й роте всех бывших матросов раскассировали – отправили поодиночке в армейские части, оставив при батальоне лишь нескольких дефицитных матросов-телеграфистов. Кроме общевойсковой подготовки, новобранцев обучали грамотности, «семафору, принятому на флоте», а также проводили занятия по гребле на 14-весельном катере. В остальное время морские стрелки несли дежурства по гарнизону.