После 3 декабря 1905 г., когда был арестован исполнительный комитет Петербургского совета рабочих депутатов, началось следствие по делу всех, кто имел отношение к Совету. Ещё в момент ареста, как вспоминал один из его участников, офицер В. Карпов, один жандарм шептал начальнику отряда, который сопровождал арестованных в Кресты: «Ваше высокоблагородие! Чего нам из-за них мучиться? Скинем под мост». Такое предложение в ночной и тихой обстановке, писал Карпов, делало образ жандарма «сатанинским»[301]. Политическое уголовное дело вряд ли могло вестись беспристрастно: подследственные вспоминали, что следователи не давали подписывать протоколы, держали на допросах по 8–10 часов подряд, не получив ответа, давали на подпись якобы показания, а допрашиваемые отказывались говорить и подписывать что-либо[302]. Разделились и позиции тех, кто находился под следствием: одни говорили о том, что Совет своей деятельностью готовился к вооружённому восстанию, другие (включая, например, Г.С. Хрусталёва-Носаря и ряд меньшевиков) отрицали это. Начались разногласия. Л.Д. Троцкий во время нахождения в тюрьме получил указание от ЦК РСДРП о том, что надо отрицать подготовку вооружённого восстания, поскольку от этого зависит их дальнейшая судьба, тяжесть обвинения и приговора; на суде же Троцкий займёт двойственную позицию в отношении подготовки Советом восстания.

Как и многие судебные процессы над деятелями освободительного движения XIX века, процесс над Петербургским советом вызвал мощный резонанс в среде общественности. Это, разумеется, не могло не повлиять на сохранение памяти о Советах 1905 г. в общественном сознании.

1 июня 1906 г. обвиняемым по делу Петербургского совета рабочих депутатов был оглашён обвинительный акт. Формулировка обвинения заключалась в том, что поименованные в акте лица (прежде всего члены исполнительного комитета Совета) осуществляли в Совете деятельность, направленную на «насильственное посягательство на изменение установленного в России основными законами образа правления и замену его демократической республикой», подготавливали вооружённое восстание и стремились к ослаблению финансового хозяйства страны. Данные деяния, по мнению прокурора, охватывались статьями 101 и 102 Уголовного уложения Российской империи[303].

Однако реакция на обвинительный акт была крайне неоднозначной. Газета «Курьер» (редактор-издатель – С.И. Цедербаум) ещё 6 июня 1906 г. опубликовала письмо бывшего члена Петербургского совета, некого «Павла», который указывал, что правительство судом над Советом желает «убедить рабочих в том, что они искусственно создали С. Р. Д., вопреки воле и желанию рабочих». Он призывал рабочих открыто заявить о том, чем был для них Совет рабочих депутатов, что не именно он заставил рабочих бороться с правительством, а «само бюрократическое правит. [правительство] толкает рабочих на борьбу за освобождение от гнёта абсолютизма, за полную свободу (самодерж. народа) [самодержавие народа], необходимую для дальнейшей борьбы»[304].

В связи с судебным процессом Петербургский совет рабочих депутатов привлекал внимание многих представителей партий, общественности, поскольку его влияние на жизнь столицы было колоссальным, отдельные сведения о его деятельности доходили до провинций. Социал-демократ Г. Алексинский писал в номере газеты «Эхо» (редактор-издатель – Е.С. Миланова) от 22 июня 1906 г., что стихийное появление Советов в народных массах ознаменовало «суд народа над его угнетателями, приговор, вынесенный им старому порядку»[305]. «Старый порядок» запрещал собрания и митинги, закрывал газеты, а Совет разрешал собрания и собственным примером, печатая «Известия Совета», продемонстрировал свободу печати; когда правительство заключало заём с другим государством, Совет показывал банкротство, несостоятельность этой власти. Совет, тем самым, «судил» власть. Депутатов Совета Алексинский, возлагавший надежды на новый революционный подъём, назвал «избранниками передового отряда новой освобождающейся России»[306].

В. Базилевич в статье «Дни суда», помещённой в газете «Обрыв», прямо писал: «В октябрьские дни народ считал совет рабочих депутатов законным выразителем своих желаний, веры и настроений….И даже власти того времени считались с советом рабочих депутатов как с законной народной организацией»[307]. Автор скептически оценивал то обстоятельство, что авторы обвинительного акта по делу Совета назвали его членов «мятежниками», считая, что, по сути, власть намерена их судить за «преступление той части русского народа, которая выступила на путь освобождения всего народа»[308]. Несмотря на то, что осуждение членов Совета приговором суда было понятным исходом всего процесса, Базилевич считал, что «новое освободительное движение всего народа должно оправдать их»[309].

Политический обозреватель газеты «Голос труда» (редактор-издатель – М.П. Свечина) в июне 1906 г. писал, что Совет рабочих депутатов был «самым цельным и, пока он действовал, самым крупным проявлением “дней свободы”», что Совет был не просто «рабочим парламентом», как его называли сами представители пролетариата, но учреждением «более совершенного в своём роде типа, чем парламент, типа, переходного к прямому народному законодательству»[310]. Совет стал, по мнению автора статьи, первой массовой организацией рабочего класса, «вписавшей такую блестящую страницу в его историю»[311].

Понимание Совета рабочих депутатов как органа народной власти в 1905–1907 гг. имело место и в среде пролетариата. Об этом свидетельствуют материалы о собраниях рабочих на заводах и фабриках в связи с судом над Петербургским советом в 1906 г., опубликованные в периодической печати. Так, 20 июня рабочие фабрики и типографии Кана устроили митинг, на котором оратор предложил собравшимся выразить протест правительству по поводу суда над рабочими депутатами, поскольку оно «выставляет выборных от петербургского пролетариата как заговорщиков»[312]. 21 июня на Пироксилиновом заводе состоялась массовка, на которой один оратор-большевик заявил, что суд над Советом – это не просто суд над пролетариатом Петербурга: «лакеи самодержавия пытаются судить всё русское революционное движение в лице этого Совета», а Совет «создал народ в своём натиске»[313]. Рабочие типографии Клобукова на своём собрании также осудили представителей властей за суд над Петербургским советом, поскольку его депутаты «были исполнителями воли рабочих, выбравших их для защиты интересов всего рабочего класса»[314]. На собрании правления союза рабочих по обработке волокнистых веществ говорилось о том, что «суд над Советом Рабочих Депутатов превратится в новое поражение самодержавного правительства, в новое торжество пролетариата, из которого он выйдет обновлённым и окрепнет для новой борьбы»[315]. Автор статьи писал, что Совет «в своём поражении нанёс старому режиму сильнейший удар»[316]. «С. С.» считает, что каждый революционный подъём теперь вызывает идею создания Советов, надеется на то, что Совет появится вновь.