16 июля 1941 г., когда Сталин сообщил о предстоящем осуждении арестованных генералов из штаба Западного фронта и нескольких генералов, попавших в плен, им было принято и решение восстановить в Красной Армии, наряду с «институтом военных комиссаров и политических руководителей», аппарат НКВД, точнее — особые отделы НКВД. Постановление Государственного Комитета Обороны от 17 июля 1941 г. вновь подчинило непосредственно НКВД особые отделы, включенные в состав наркомата обороны в качестве органов 3-го управления НКО лишь в марте 1941 г. — что угодно, но только не чисто административная мера, которую нарком Берия более детально описал в приказе от 18 июля 1941 г. и обосновал «славными чекистскими традициями», то есть большим опытом в осуществлении массового террора.

Показательно, что существование в Красной Армии секретной террористической организации «особые отделы», наделенной неограниченными полномочиями, вплоть до наших дней осталось практически неизвестным, и, например, в западногерманской публицистике речь всегда ведется лишь о так называемых «политических комиссарах» (имея в виду военных комиссаров и политруков). И именно этот филиал НКВД должен был решать в вооруженных силах задачу величайшей важности. Ему была поручена «решительная борьба со шпионажем и предательством в частях… и ликвидация дезертирства непосредственно в прифронтовой полосе», а также «беспощадная борьба против враждебной тайной деятельности трусливых предателей и дезертиров». В соответствии с этим особые отделы всех уровней, вплоть до дивизий (дивизионный особый отдел), получили полномочия в любое время арестовывать дезертиров из числа солдат, сержантов и — в безотлагательных случаях — офицеров и при необходимости расстреливать их на месте. Арест военнослужащих «среднего, высокого и высшего командного состава» сам по себе привязывался к предварительному разрешению особого отдела НКВД соответствующего фронта — конечно, едва ли более, чем формальное препятствие, поскольку, как показал и майор Кононов, это разрешение «в принципе разъяснялось», а в большинстве случаев и запрашивалось лишь после расстрела. На практике дело обстояло так, «что командир дивизии, когда расстреливали одного из его офицеров, получал затем краткое извещение».

Особые отделы НКВД существовали на уровне фронтов, армий, корпусов и дивизий, тогда как в штабе полка находился «уполномоченный» начальника особого отдела дивизии со своими сотрудниками. С целью охраны арестованных и для проведения расстрелов особый отдел дивизии располагал собственной стрелковой командой силой до взвода. Особые отделы, чей персонал, кроме того, имел право «всяческого контроля и просмотра всех документов» и участия по всех служебных совещаниях, являлись организацией, эффективность которой базировалась в первую очередь на системе шпионажа, пронизывавшей все разветвления армии. Приказ № 40 начальника особого отдела НКВД Отдельной 51-й армии, бригадного комиссара Пименова от 25 октября 1941 г. дает представление о том, в каком объеме «советские патриоты» в Красной Армии подвергались слежке и доносам. Ведь Пименов угрожающим тоном сетовал на то, что в 276-й стрелковой дивизии «оперативными» тайными сотрудниками, доверенными лицами и агентами все еще не созданы во исполнение сталинского приказа № 270 и дополнительных приказов НКВД ни «массовая секретная служба», ни «широкомасштабная справочная сеть», ни «густая сеть агентов-осведомителей», ни «работоспособные агентурные ячейки». Хотя в каждую роту, наряду с «резидентом», надлежало внедрить не менее 8 «агентов-осведомителей», в одной роте этой дивизии, как он указывал, на передовой находился только единственный шпик, так что «классово-враждебные», «контрреволюционные», «преступные элементы» могли беспрепятственно вести свою «подрывную работу».

Документальный материал особого отдела НКВД 19-й армии во главе с полковником (госбезопасности) Королевым дает некоторое представление об обычной каждодневной работе НКВД, следившего, между прочим, также за военными комиссарами и политруками: она состояла, коротко говоря, в разоблачении, аресте и ликвидации «предателей». Постоянно приходилось обрабатывать «многие сотни сообщений» ротных доносчиков по поводу солдат. С 25 до 27 июля 1941 г. особый отдел только одной дивизии и его караульная команда арестовали «до 1000 беглецов с фронта». А вот что гласили некоторые случайно подобранные отдельные записи: «Перед строем расстреляны 7 человек… Далее расстреляны без приговора суда 5 человек: 3 дезертира и 2 изменника родины, которые попытались перебежать к противнику. По приговору военного трибунала расстреляны 3 дезертира, самострелов, 2 перебежчика и 2 человека за самовольное оставление поля боя». «29 августа с. г. перед строем был расстрелян командир 3-го батальона 400-го стрелкового полка Юргин Федор, член ВКП(б). Юргин не выполнил приказ командира полка майора Новикова о наступлении».

Каковы были обычные методы, видно и из случайно обнаруженного «спецдонесения» особого отдела НКВД 264-й стрелковой дивизии начальнику особого отдела НКВД 26-й армии майору (госбезопасности) Валисю о первых боевых действиях 1060-го стрелкового полка. Когда молодые солдаты 4-й роты 2-го батальона спасовали, станковые пулеметы открыли по ним огонь и убили не менее 60 из них: «Командир и политрук расстреляли всех, кто попытался сдаться». Согласно письму писателя Ставского «дорогому товарищу Сталину», только в 24-й армии в районе Ельни в течение нескольких дней августа 1941 г., по данным командования и политотдела, было «расстреляно за дезертирство, паникерство и другие преступления» 480–600 солдат. Перед лицом таких цифр документы заполнены также данными о единичных и массовых расстрелах в частях Красной Армии. «Поразительно велико число каждодневных казней за дезертирство и самострелы», — гласило одно немецкое итоговое сообщение. Поэтому не удивительно, что, как сказано в одном месте, уже только существование особых отделов оказывало «на офицеров и солдат парализующее воздействие», или, как признавали перед немцами военнопленные генералы Снегов и Огурцов и другие высокопоставленные офицеры: «Страх перед таинственной властью НКВД был непреодолим», «среди всех офицеров царит сильный страх перед НКВД». Это с готовностью признал 9 августа 1941 г. и командующий 6-й армией генерал-лейтенант Музыченко, который сам по себе мог быть причислен к верным системе офицерам: «НКВД — страшный орган, который может уничтожить каждого из нас в любой момент». Один из тех, кто был близок к событиям, комиссар 176-й стрелковой дивизии Филев, коротко свел функции особых отделов к следующему: «Любая контрреволюционная деятельность тотчас беспощадно подавляется драконовскими мерами».

Далеко идущее ограничение полномочий офицеров в пользу вновь введенных военных комиссаров и политруков и создание независимого от армии секретного аппарата НКВД показались Сталину еще недостаточными, чтобы должным образом держать за горло вооруженные силы, за которыми он следил с недоверием. На основе приказа № 001919 Ставки Верховного Главнокомандования, подписанного 12 сентября 1941 г. Сталиным и маршалом Шапошниковым, в течение пяти дней в каждой дивизии надлежало сформировать так называемые заградительные отряды из «надежных бойцов», из «надежных, стойких, преданных командиров, политруков, младших командиров и солдат», как говорится в другом месте, силой до батальона. Эти хорошо вооруженные, оснащенные также несколькими танками и бронемашинами заградительные отряды получили полномочия препятствовать самовольному отступлению фронтовых частей силой оружия и пристреливать всех впавших в панику солдат, которые хотели уклониться от боя.