По мере того, как становилось понятно, что в Мюнхене все-таки возникнет новый институт, Шефер все увереннее и увереннее чувствовал себя в Берлине. В то же самое время Гремер видел, что от его фонда фактически ничего не оставалось. За несколько недель до открытия института имени Свена Хедина случился едва ли не открытый конфликт. В первых числах декабря 1942 года Гремер жаловался Ламмерсу, что институт, несмотря на все договоренности, продолжал иметь приставку «имперский». Некоторые претензии были и вовсе смехотворными. Гремер писал: «В присвоении институту имени Свена Хедина я вижу ущемление прав и непочтение к господину В. Фильхнеру. Он как лауреат национальной премии всю свою жизнь посвятил исследованию Азии, а стало быть, институт должен носить только его имя, а не имя иностранца, который, конечно, многое сделал для науки и имеет мировое имя, но не является нашим национальным достоянием. Я полагаю, что подобный шаг не найдет понимания в национально мыслящих кругах». Аргументы про «национальное достояние» и оперирование мнением неких «национально мыслящих кругов» показывают, насколько плачевным было положение Гремера, который сдавал свои позиции одну за другой. Он наивно полагал, что подобные доводы помогут ему вновь заручиться поддержкой государственных структур. Но более молодой по сравнению с Гремером Шефер не собирался отступать. Благодаря заступничеству Гиммлера он получил прекрасный повод не быть призванным в годы войны в действующую армию. К тому же Ламмерс не был готов портить отношения с Гиммлером из-за деятельности какого-то умирающего фонда. Более того, он направил рейхсфюреру СС копию письма Гремера, дабы тот был в курсе всех дел. Как видим, Шефер нарушил все достигнутые договоренности, когда отказался сотрудничать с «Фондом Фильхнера» и сообщил Гремеру о создании именно «имперского института». Он не намеревался ожидать возвращения Фильхнера, чтобы уладить все вопросы (была и такая договоренность). В итоге Ламмерсу импонировала энергичность и настойчивость Шефера. Он согласился содействовать его проекту в финансовом плане, несмотря на то, что как имперский министр продолжал входить в состав попечительского совета «Фонда Фильхнера».

За несколько дней до официального открытия мюнхенского института, которое состоялось 16 января 1943 года, произошла встреча Гиммлера и Ламмерса. Эти два политика должны были снять все возникшие вопросы. Ламмерс рекомендовал отложить открытие института, к которому накопилось очень большое количество претензий. Гиммлер «с уважением отнесся к прозвучавшей просьбе», но заявил, что это невозможно, так как Свен Хедин, который должен был присутствовать на торжественном открытии, уже выехал из Швеции в Германию. Такую мировую величину и уже немолодого по возрасту человека нельзя было заставлять ждать.

Единственное, что мог сделать в данной ситуации Ламмерс, так это удовлетворить просьбу Штутгерхайма, чтобы институт Свена Хедина не имел статуса имперского. Но сделать это надо было в весьма вежливой форме. Так, руководству СС было рекомендовано, чтобы новая структура носила название «Исследовательский институт Центральной Азии имени Свена Хедина». Гиммлер решил пойти на уступки. Именно под таким названием институт и вошел в историю.

Чтобы окончательно вытеснить «Фонд Фильхнера» с «игрового поля», Шефер приложил немало усилий, но при этом, руководствуясь своим честолюбием, не забывал и о научной работе.

Если рассматривать сюжет с возникновением института, то возникает вопрос: была ли вообще договоренность о том, что он не будет носить привилегированную приставку «имперский»? Якобы об этом смогли договориться Гиммлер и Штуттерхайм. Последний в разговоре с штурмфюрером СС Майне возмущался, что в приглашениях на открытие вопреки всем договоренностям значился именно Имперский институт. Впрочем, Гиммлер никогда не уделял внимания подобным мелочам. Скорее всего, приглашения были напечатаны именно таким образом по инициативе самого Шефера. Но в имперской канцелярии не оценили столь дерзкого поступка Шефера. В итоге Гиммлеру пришлось одернуть исследователя, дабы тот дал гарантии, что в будущем «он будет действовать в общенаучных интересах дела исследования Центральной Азии, способствуя сближению двух структур, несмотря на возникавшие ранее противоречия».

Как уже говорилось выше, 16 января 1943 года, «Исследовательский институт Центральной Азии имени Свена Хедина» был открыт при Мюнхенском университете Людвига Максимилиана. Шефер достиг своей заветной цели — после многолетних усилий он получил в свое распоряжение научно-исследовательский институт. Отношения же с «Фондом Вильгельма Фильхнера» и дальше оставались весьма напряженными. Эта история показательна тем, что личные амбиции, которые вылились в споры, а затем в противостояние в очень специфической, если не сказать экзотической, сфере деятельности, едва не привели к столкновению весьма влиятельных политических фигур Третьего рейха. Формально был найден компромисс, но фактически в данной «схватке» победил Шефер. Предполагавшееся изначально сотрудничество с «Фондом Фильхнера» никогда на деле не осуществлялось. Собственно, этого не желали обе стороны. Гремер не хотел работать с молодым карьеристом, каковым он считал Эрнста Шефера.

В итоге даже после открытия деятельность мюнхенского института не была безупречной. Впрочем, иногда противоборствующие стороны проводили формальные встречи, как того требовало навязанное их покровителями соглашение. Но все эти встречи заканчивались ничем. Шефер хотел подчинить себе фонд, а Гремер полагал, что надо было объединиться на паритетных началах и создать новую структуру.

После того как был открыт институт имени Свена Хедина, Гремер попросил Ламмерса в срочном порядке провести очередное заседание попечительского совета. На самом деле совет в полном его составе собирался впервые за все время его существования. Уже одно это обстоятельство показывает, насколько серьезно относились к институту, возглавляемому Эрнстом Шефером. Во время своего выступления Гремер открыто высказался против сотрудничества с Шефером, так как у него имелись все основания в его целесообразности. «Обстановка складывается таким образом, что во время войны и в условиях отсутствия профессора Фильхнера какое-либо продуктивное сотрудничество является невозможным». Против подобных формулировок решительно высказался Макс Ильгнер (ИГ-Фар-бен), который именно в долгосрочном сотрудничестве видел единственную возможность сохранить для общественности доброе имя Вильгельма Фильхнера («что собственно и является главной целью фонда»). К нему присоединился Штуттерхайм. Таким образом, Гремер остался в меньшинстве, ему пришлось смириться с тем, что изредка надо было проводить формальные встречи с «выскочкой» Шефером. Об итогах заседания попечительского совета Ламмерс официально уведомил Генриха Гиммлера.

Далее уже никто не призывал Гремера к тесному сотрудничеству с Шефером. Представители двух организаций встретились в имперской канцелярии 12 января 1944 года. Тогда произошло условное разделение сферы деятельности. «Фонд Фильхнера» должен был заниматься исследованиями в сфере неорганических наук, а Институт — всеми остальными проблемами. Все зарубежные экспедиции должны были планироваться и готовиться совместно. С учетом подобного разделения сфер влияния был сформирован общий рабочий комитет. Казалось, все вопросы были урегулированы. В случае возникновения конфликтных ситуаций в роли третейского судьи выступал сам Ламмерс.