Но тут обнаружилось, что решительно против планов Шефера был настроен Гремер, который всячески пытался повилять на решение Ламмерса. Он предполагал отложить решение данного вопроса до окончания войны и возвращения Фильхнера. Но тут Шефера выручило то, что глава имперской канцелярии был приятелем Гиммлера. Но ликвидация фонда значила бы для главы имперской канцелярии, особенно после возвращения Фильхнера, возникновение множества проблем. Поэтому он как бы охранял фонд от поползновений различных структур. Но, перейдя дорогу Шеферу и Гиммлеру, Ламмерс сам рисковал попасть весьма щекотливую ситуацию.

Только принимая во внимание эти обстоятельства можно понять суть ответа, который Ламмерс дал на предложение Шефера. Для начала он обратился за поддержкой к советнику имперского кабинета министров фон Штуттерхайму, — который должен был стать посредником в ведении данных переговоров. Тот же передал Шеферу, что Ламмерс с удовольствием поддержал бы его начинания, однако при этом надо было учитывать и интересы «Фонда Фильхнера».

Ламмерс сообщил Гремеру об ответе, но тот посчитал, что это была не любезность имперской канцелярии, а открытое ущемление интересов фонда. По этой причине в июне 1942 года он предпочел встретиться в имперской канцелярии с Штуттер-хаймом. В ходе этой встречи Гремер заявил, что подобные действия являются «полным неуважением клйчности Фильхнера». В итоге Штуттерхайм предложил компромиссное решение, которое было предложено Максом Ильгнером после встречи в Шефером. Он предложил основать «Германский институт исследования Центральной Азии», которым бы руководил Шефер, обязанный тесно сотрудничать с «Фондом Фильхнера». При этом сам бы Гремер занимал в институте должность начальника отдела. При этом у Шефера не было бы полноты власти. Свой президентский пост он делил бы с почетным президентом института Свеном Хедином. Но Гремер отверг этот план — он понимал, что затерялся бы на фоне таких выдающихся научных мужей. Не менее негативную реакцию высказал и ученик Фильхнера Фанзелау. Но он мыслил свою карьеру в рамках традиционных научных учреждений, а потому едва ли мог понять серьезность положения, в которое он попадал, противясь возникновению нового института, патронируемого СС. В дальнейшем разговоре Штуттерхайм рекомендовал Гремеру все-таки пойти на компромисс. Он недвусмысленно намекнул, что противиться любимцу Гиммлера было не самым безопасным занятием. А потому новую форму сотрудничества с Шефером надо было найти в форме общего рабочего комитета, что могло позволить не «переносить» Имперский институт в Мюнхен. Да и сам институт не должен был быть Имперским. Смысл этого предложения был предельно простым. Новая форма научных заведений, практикуемая национал-социалистами — «имперские институты», пользовалась по сравнению с классическими университетами большими привилегиями. Они финансировались за счет государства. Ламмерс не был заинтересован в возникновении еще одного подобного института. В итоге Гремер стал тесно сотрудничать с Штуттерхаймом, который весьма неодобрительно относился к появлению в Германии Свена Хедина.

Штуттерхайм предложил, чтобы Ламмерс с Гиммлером встретились с глазу на глаз и обсудили все насущные проблемы. Два дня спустя после беседы с Гремером эта встреча состоялась. Судя по всему, решение было найдено без проблем. Гиммлер согласился с предложением отказаться от приставки «имперский» в наименовании будущего мюнхенского института.

Но в начале июля 1942 года данное сотрудничество дало трещину. Шефер сам подлил масла в огонь, когда направил Ламмерсу письмо, в котором сообщал, что планы геофизика Фильхнера никак не вписывались в сферу деятельности нового института. Но это было отнюдь не оскорбление. Более того, Шефер хотел заручиться поддержкой Ламмерса. Он перечислил в своем письме 13 отделов, которые должны были существовать в институте Центральной Азии. Шефер хотел ввести некие новшества, которые, по его мнению, должны были в перспективе стать определяющими для национал-социалистической науки. В его «имперском институте» должны были быть устранены четкие границы между различными научными дисциплинами. В письме Шефер сформулировал эту мысль следующим образом: «Задача института состоит в том, чтобы выйти за рамки работ Фильхнера и Хедина. Должна появиться всеобщность исследований, чего еще никогда не было в нашей германской науке. Пожалуй, подобные попытки можно было обнаружить у великого Александра фон Гумбольдта, но 100 лет назад научные дисциплины были не настолько развиты, как сейчас». В данной ситуации 32-летний Шефер планировал выступить как реформатор германской науки. Он осознанно противопоставлял себя Фильхнеру и Хедину, как представителям науки прошлого века, которые во многом были связаны только с одной научной дисциплиной. Узкопрофессиональные исследования, по его мнению, оставляли за бортом много интересного материала. К тому же Шефер полагал, что в годы войны наука должна была быть предельно рационализирована.

В данной ситуации бросается в глаза, что дела по созданию института постепенно переходили от Штутгерхайма к Шеферу. После написания данного письма Шефер был приглашен в имперскую канцелярию, чтобы 13 июля 1942 года с ним был проведен целый ряд консультаций. С ним намеревались договориться о том, что в Мюнхене должен был возникнуть Институт научных исследований Центральной Азии, который бы не обладал привилегиями имперского института. До этого Шефер встретился с Гремером и поинтересовался, мог ли он рассчитывать на средства Ламмерса, если Баварское министерство по делам религии и образования откажется финансировать новый институт. Он уже столкнулся с ситуацией, когда ему запретили перекрестное финансирование при создании азиатской библиотеки. Поэтому Шеферу были нужны гарантий.

Теперь Шефер оказался более сговорчивым. Он оказался готовым сотрудничать не только с Гремером, но и с Фанзелау, и даже благодарил Штутгерхайма за оказанную помощь в улаживании вопросов. Подобная благожелательность была вызвана тем, что Шефер не был уверен, что осенью 1942 года Баварское министерство по делам религии и образования включило бы в бюджет финансирование института Центральной Азии в полном объеме, как того хотел Шефер. Именно бедственное положение позволяет понять, почему Шефер вновь вернулся к идее попечительского совета, в который должны были войти и Гиммлер, и Ламмерс. С этих же позиций можно объяснить его внезапный порыв ввести в Ламмерса в состав почетного Сената Мюнхенского университета. Он планировал, что имперский министр помог бы ему «выбить» деньги на исследования. Кроме этого он любезно интересовался мнением Ламмерса, не был ли тот против, чтобы новый институт носил имя шведского исследователя Свена Хедина, «который сделал неоценимый вклад в науку».

Неделей позже Шефер сообщил в имперскую канцелярию, что Генрих Гиммлер принял окончательное решение, что институт будет носить имя Свена Хедина. Предполагалось, что он будет называться «Имперским институтом исследований Центральной Азии имени Свена Хедина. Теперь очень многое зависело от решения Ламмерса, которому предлагалось войти в состав почетного Сената. Раздумья Ламмерса, возможно, были вызваны тем, что Гитлер в 1940 году запретил на время войны присваивать звания «почтенных горожан». Вообще, столь рискованную игру с могущественным руководителем имперской канцелярии мог затеять только такой ученый, как Эрнст Шефер, за спиной которого стоял не менее, а даже более могущественный Генрих Гиммлер. После того как стало ясно, что выяснение отношений шло на уровне Гиммлер — Ламмерс, Шефер мог не без язвительного сарказма писать в письме Штуттерхайму: «Очень жаль, что между нашими исследовательскими структурами так и не наладились хорошие связи. Я с уважением отношусь к изысканиям, как они видятся Фильхнеру и Хедину, но полагаю, что на данном поприще мы не продвинемся ни на шаг вперед, пока лауреат национальной премии находится за границей».