Дальнейшее плавание было очень сложным, ведь «Индевор» находился в районе Большого Барьерного рифа, однако недавнее несчастье заставило всех удвоить осторожность. Капитану понадобилась целая неделя, чтобы провести корабль через особенно трудный участок, который он окрестил Лабиринтом. Ночью плыть вообще было невозможно, а в течение дня впереди «Индевора» шел катер, постоянно делая промеры глубины. В это время сам Кук руководил движением корабля с верхушки мачты. Уйти из этих опасных вод слишком далеко в море он позволить себе не мог, так как рисковал пропустить пролив, отделяющий Австралию от Новой Гвинеи.

Когда Кук достиг наконец северной оконечности австралийского континента, он объявил всю эту землю владением британской короны, а ее северо-восточная часть получила название Новый Южный Уэльс. Прежде чем покинуть эти воды, Кук проверил ширину пролива, отделяющего Австралию от Новой Гвинеи, а затем взял курс на Батавию. В этот принадлежащий голландцам порт он прибыл в начале октября. Это был первый цивилизованный город, который команда «Индевора» увидела за два года, после того как покинула Рио-де-Жанейро. И так случилось, что именно здесь команду «Индевора» постигло страшное несчастье.

Батавия была построена в низколежащей долине и снабжена многочисленными каналами. Так принято было строить города в Голландии – почти вдоль каждой большой улицы протекал канал. Но климат на Яве очень отличался от голландского, поэтому каналы были невероятно грязны, полны отбросов и нечистот и оказались идеальным рассадником москитов, бактерий и вирусов. Ничего удивительного, что город стал очагом малярии и дизентерии. Из каждой сотни военнослужащих, которые приплывали из Голландии на службу в гарнизоне, пятьдесят умирали к концу года, двадцать пять находились в госпиталях и только не больше десяти были полностью пригодны для несения службы. Когда «Индевор» прибыл в Батавию, вся его команда была здорова, что составляло немалую гордость его капитана. Голландские моряки сказали Куку, что он может считать себя счастливчиком, если половина его команды не умрет здесь. Когда, закончив ремонт, сразу после Рождества «Индевор» отплыл из Батавии, судно уже потеряло семерых членов команды, в том числе судового врача, и более сорока были настолько серьезно больны, что не могли принимать участия в работе на корабле.

Во время десятинедельного перехода из Батавии в Кейптаун на корабле умерло 23 человека, включая астронома Грина и рисовальщика-натуралиста Паркинсона. Когда 14 марта «Индевор» пришел в Кейптаун, Кук был вынужден нанять новую команду. Многие из тех, кто остался жив, все равно были не в состоянии выполнять тяжелую корабельную работу. 12 июля 1771 года, через два года и одиннадцать месяцев плавания, первая кругосветная экспедиция Кука возвратилась в Англию.

Немедленно после возвращения Кук получил повышение и стал командором. Под его начало поступило судно Его Королевского Величества «Скорпион». В планы Адмиралтейства, однако, не входило, чтобы Кук долго оставался его капитаном. Это было просто временное назначение, средство, с помощью которого он содержался на полном окладе. На повестке дня стояла подготовка второй экспедиции. Несмотря на то что «Индевор» добрался до сороковой параллели и не нашел Южного континента, лорды Адмиралтейства и члены Королевского общества продолжали верить в его существование. Как рассказывал сопровождавший Кука во втором путешествии Георг Форстер, «многие еще продолжали говорить о существовании в Южном море обширного материка, который простирается до 30° южной широты. Поскольку эти края благодатные, материк мог представлять большой интерес для европейских держав. Правда, первое плавание капитана Кука, когда он дошел до 40°, не встретив никакого материка, нанесло подобным взглядам опасный удар. Но кое-кому это показалось все еще недостаточным доказательством. Возможно, именно там, говорили они, материк не простирался так далеко к северу; возможно, капитан Кук просто попал в большой залив, а возьми он градусов на десять в сторону, то увидел бы землю. Вообще море вокруг Южного полюса всюду до 50°, а в некоторых местах до 40° широты все еще оставалось неисследованным, здесь никто еще никогда не плавал!»

На этот раз капитан, видимо, не получил никаких специальных секретных инструкций, только общие указания. По словам все того же Форстера: «Капитану Куку было рекомендовано использовать летние месяцы для открытий близ Южного полюса; когда же наступит холодное, бурное, туманное и ненадежное время года, ему надлежало вернуться к тропикам и там с помощью имевшихся у нас теперь астрономических инструментов произвести новые расчеты и более точно определить положение открытых прежде островов. Если большой материк так и не будет обнаружен, капитану Куку следовало пройти как можно ближе к полюсу, двигаясь на восток, покуда он не обойдет земной шар». Следуя пожеланиям Адмиралтейства, Кук проутюжил южные широты с истинно британской дотошностью.

Решили, что новый корабль Кука должен быть больше «Индевора», а для безопасности, удобства и взаимной поддержки в экспедицию должно быть отправлено второе судно. Адмиралтейство закупило еще два «угольщика»: «Маркиз де Гранби» водоизмещением 462 тонны и штатом 118 матросов и «Маркиз де Рокинхем» водоизмещением 350 тонн и штатом 83 человека. При передаче военно-морскому флоту им поменяли имена. Сначала корабли хотели назвать «Дрейк» и «Рэли», но передумали, потому что эти имена очень раздражали испанцев, а на тот момент с испанцами ссориться не хотели. Поэтому корабли Кука получили имена «Резолюшн» («Решение») и «Адвенчер» («Приключение»). Капитаном «Адвенчера» стал Тобиас Фюрно, очень опытный офицер, который уже плавал вокруг света с Уоллисом. Что до научной группы, то сперва предполагалось, что ее вновь возглавит Джозеф Банкс, но на этот раз его отношения с лордами Адмиралтейства не сложились. По их мнению, ученый выдвинул непомерные требования относительно бытовых условий на корабле. И хотя нет сведений, чтобы Банкс ссорился с капитаном, Кук ушел в плавание без него. Научную группу возглавил знаменитый немецкий натуралист Иоганн Рейнхолд Форстер. С ним был его сын Георг, которому предстояло выполнять функции художника-натуралиста. Последнему мы обязаны прекрасным описанием второго путешествия Кука. Он по справедливости считается родоначальником жанра художественно-научного описания путешествий. Об обстоятельствах своего появления на «Резолюшн» Георг Форстер сообщает следующее: «Банкс и Соландер, принимавшие участие в первом плавании капитана Кука, решили отправиться с ним и на этот раз. Господин Банкс даже затратил немалые суммы, дабы обзавестись всем необходимым. В ботанических и зоологических исследованиях ему должны были, помимо Соландера, помогать двое молодых людей, трех других он собирался взять, чтобы они зарисовывали животных и растения, которые будут им найдены. Сопровождать его собирался даже Цоффани, опытный немецкий художник, которому надлежало зарисовывать всяческие ландшафты, равно как и жителей. Чтобы совершить путешествие с наибольшими удобствами, Банкс потребовал произвести на корабле некоторые перестройки. Однако морской министр не пожелал исполнить требований сего бескорыстного ревнителя науки. Банкс довольно долго, хотя и напрасно, ждал благоприятного решения, наконец за десять дней до отплытия он заявил, что отказывается от путешествия вместе со всеми своими спутниками. Министр был разгневан, он захотел показать, назло Банксу, что наука может обойтись и без него. Из суммы, которую выделил на это путешествие парламент, еще оставались не распределены 4000 фунтов стерлингов. Министру это пришлось как нельзя более кстати. Моему отцу было предложено сопровождать капитана Кука в качестве натуралиста; однако всю интригу, которая предшествовала приглашению, от него тщательно скрыли. Парламент определил ему и мне вышеназванную сумму, присовокупив к ней всякие ненадежные обещания, и мы отправились в путешествие, намереваясь хотя бы отчасти восполнить ущерб, который могла бы претерпеть наука из-за отказа господина Банкса».