состоялось 24 февраля 1891 года. На торжество съехалось шестнадцать японских священников и несколько тысяч христиан. В предыдущие несколько дней в Токио было ненастно, а на 24 февраля погода исправилась, что дало возможность совершить крестный ход с большой торжественностью. Вместе с владыкой Николаем служило девятнадцать священников и четыре диакона. Пел хор из семинаристов и учениц женской школы. Впоследствии, еще во время земной жизни святителя, этот храм в народе прозвали «Николай-до» — то есть «храм Николая».

Проповедь Православия в Японии шла успешно. Новообращенные японцы являли собой пример горячей христианской веры. Равноапостольный Предстоятель Японской Церкви святой Николай пользовался всеобщим уважением. Однако, к началу XX века в его дневниках появляются тревожные строки — святителя сильно беспокоило ухудшение отношений России и Японии. Сам он придерживался того мнения, что политические амбиции правительств обеих стран рано или поздно приведут их к краху, что лучше и России и Японии направить свои усилия не на расширение внешнего влияния, а на внутреннее устроение стран, на просвещение, на упорядочение народной жизни.

Но конфронтация России и Японии из-за влияния в Китае и Корее продолжалась, что не могло не отразиться на положении Японской Церкви и ее Предстоятеля. Началась травля в прессе, владыку Николая обвиняли в шпионаже в пользу России, православных японцев называли пособниками враждебной державы. В этих обстоятельствах вся Японская Церковь во главе со святым Николаем молилась о предотвращении конфликта.

Но в 1904 году война между Россией и Японией все-таки разразилась. После официального объявления Японией о разрыве дипломатических отношений с Россией всем подданным Российской Империи было предложено покинуть Японию. Перед владыкой Николаем встал тяжелый выбор — оставить свою паству и уехать на Родину или же остаться в Японии. Он принял решение остаться со своей паствой, но удалиться от общественного богослужения, оставив себе лишь административные дела и перевод богослужебных книг. Всю войну он неукоснительно следовал этому решению.

Когда же в Японии появились русские военнопленные, святой Николай сделал все чтобы облегчить их участь. Он устроил Общество духовного утешения военнопленных, и, не имея возможность посещать пленников, обращался к ним письменно. В лагеря для военнопленных были посланы японские священники, получившие образование в России. Они проводили богослужения и привозили военнопленным гуманитарную помощь. Впоследствии император Николай благодарил святителя и японских священников за заботу о русских пленных. Японские власти также по достоинству оценили позицию святителя.

Но окончание войны принесло Японской Церкви новые трудности. Под влиянием ложного патриотизма частные пожертвования из России практически прекратились. Святейший Синод также сократил дотации Русской Миссии в Японии. Однако, были в этот период и радостные события — из России в Японию приехал епископ Сергий (Тихомиров), дабы стать помощником святого Николая.

Постепенно жизнь Японской Церкви налаживалась, но святитель стал заметно отходить от дел, все чаще поручая их владыке Сергию.

Так, сначала он оставил поездки по Японии, затем преподавание, стал реже участвовать в общественном богослужении. Сам он говорил, что в последние годы жизни ему хотелось бы основать в Японии православный монастырь и удалиться туда в затвор, дабы посвятить все свое время переводам. Но он так и не оставил свою кафедру — в 1911 году владыка Николай заболел и уже не оправился. Он скончался 16 февраля 1912 года.

Похороны святого стали беспрецедентным торжеством. Православные со всей Японии собрались, дабы проводить в последний путь своего просветителя. Не остались в стороне и язычники — в день похорон власти Токио перекрыли все постороннее движение от Духовной Миссии в Суругадае до кладбища Янака, чтобы все желающие могли проститься со святым. На улицах выстроились толпы народа и даже сам японский император прислал венок в знак почтения к почившему.

Японская Церковь при владыке Сергии (Тихомирове)

Преемником святителя Николая Японского стал епископ Сергий (Тихомиров), с 1908 года служивший помощником начальника Духовной Миссии. Епископ Сергий (Тихомиров) родился 3 июня 1871 года в селе Гузи Новгородской губернии, в семье протоиерея Алексея Тихомирова. Окончил Новгородскую семинарию и поступил в Санкт-Петербургскую Духовную Академию, в которой затем был преподавателем. В 1895 году был пострижен в монашество с именем Сергий и рукоположен во иеромонаха. В 1899 году — возведен в сан архимандрита и назначен на должность ректора Санкт-Петербургской Духовной Семинарии. В 1905 году удостоен степени магистра богословия и назначен ректором Санкт-Петербургской Духовной Академии. 6 ноября 1905 года в Александро-Невской Лавре состоялась его хиротония во епископа Ямбургского, викария Санкт-Петербургской епархии. После того как епископ Андроник (Никольский) был вынужден отказаться от поста помощника начальника Российской Духовной Миссии в Японии, святителя Николая (Касаткина), Святейший Синод избрал епископа Сергия для этого служения. 21 марта 1908 года владыка был назначен епископом Киотоским, викарием Токийской кафедры, и прибыл в Токио в июне 1908 года. Он сразу принялся изучать японский язык. Уже через год отец Сергий мог поучать и проповедовать на японском. Владыка Сергий выразил перед святителем Николаем свою решимость отдать себя служению Миссии. После смерти архиепископа Николая в 1912 году епископ Сергий стал главой Российской Духовной Миссии — Японской Православной Церкви.

Владыка Сергий придерживался традиций, заложенных его предшественником, — ежегодный созыв церковных Соборов, объезды приходов, обучение новых катехизаторов. Поначалу труд его был весьма успешен. На 1912 год число сотрудников миссии составляло 179 человек; среди них 30 священников, 10 диаконов, 100 катехизаторов. В ведении миссии находились Суругадайская духовная семинария, две женских школы, более 100 молитвенных домов; выходили два журнала. За 1912 год было крещено 1009 человек.

Благополучие Российской Духовной Миссии было прервано революцией. Из России перестали приходить денежные дотации, служившие основным источником дохода. Владыке Сергию пришлось закрыть любимые детища святителя Николая — Духовную семинарию, женскую школу. Некоторые приходы ЯПЦ умудрялись существовать самостоятельно, на пожертвования своих прихожан. Бо́льшая же часть приходов постепенно приходила в упадок.

Однако, владыка Сергий во время образования РПЦЗ (Русской Православной Церкви за границей) предпочел остаться в юрисдикции Московского Патриархата. В 1921 году он был возведен Святейшим Патриархом Тихоном в сан архиепископа.

В сентябре 1922 года владыка Сергий принимал участие в архиерейском совещании, прошедшем в Никольске-Уссурийском, на котором было решено провести во Владивостоке 22 октября 1922 года Дальневосточный Поместный Церковный Собор, а на нем — создать Временное Высшее Церковное Управление Дальнего Востока.

Однако, в связи с изменившейся политической ситуацией, Дальневосточный Собор не состоялся. Владыка Сергий помог многим русским беженцам, включая духовенство, обеспечив им на время приют в Японии — так, епископ Владивостокский и Приморский Михаил (Богданов) жил при Токийском Воскресенском соборе с 1922 по 1923