Фактически русское вмешательство в дела местных учреждений было весьма ограниченным. В течение продолжительного времени местные и российские власти сосуществовали на весьма свободной основе. Когда российская администрация брала на себя надзор за местными назначениями, система давала сбои. Люди избирались по принципу близости к российским властям и мнимого влияния на них. Быстро развились соглашательство и коррупция. Недостатки такого взаимодействия не замедлили проявиться. Генерал фон Кауфман раньше всех понял, что необходимы реформы. По его мнению, следовало укреплять российскую власть в Туркестанской губернии. С этой целью он составил план, который не был реализован. Губернию сотрясли скандалы, в них были замешаны его ближайшие соратники, такие как генерал Головачев. Преемник фон Кауфмана генерал Черняев попросил правительство послать комиссию по проверке Туркестанской губернии.

Группу дознавателей, прибывшую в Ташкент в конце 1882 года, возглавлял Ф. К. Гирс. Его задачей было проверить работу региональной администрации и предложить план реформ. Комиссия Гирса обнаружила, что на всех уровнях российской администрации имели место вопиющие злоупотребления. Комиссия также подвергла критике сам характер организации Туркестанской губернии, отметив одновременное существование четырех отдельных норм права: Сырдарьинская область управлялась согласно нормам 1867 года; Зеравшанская – временными нормами, выработанными фон Кауфманом в 1868 году; Амударьинская область – временными указами губернии от 1874 года; и, наконец, в Фергане – нормами, предусмотренными планом фон Кауфмана 1873 года. Комиссия Гирса предложила учредить специальный комитет по всеобъемлющему реформированию управления краем, направленному на децентрализацию власти.

Для этого требовались внушительные территориальные корректировки. Дело осложнялось тем, что губернатор Семиречья, генерал Колпаковский, стоял рангом выше Черняева и его нелегко было заставить подчиняться приказам. Степная губерния генерала Колпаковского была структурирована так, что Семиречье было отторгнуто от Туркестанской губернии, а Акмолинск и Семипалатинск – от Восточной Сибири. Туркестанская губерния ограничивалась областями Сырдарьи и Ферганы, а также районом Зеравшана.

Вопрос о реформах получил развитие после того, как генерал Черняев, спровоцировавший ряд инцидентов из-за своего авторитарного правления и неуклюжих маневров в стиле своего предшественника, был заменен генералом Н. О. Розенбахом. В то время как генерал Розенбах принимал новую должность, в Санкт-Петербурге комиссия Игнатьева работала над решениями комиссии Гирса и выдала законодательный акт 1886 года, который подвергался серьезным изменениям вплоть до революции 1917 года. Первейшей целью нового законодательного акта было постепенное включение Туркестанской губернии в состав империи, посредством влияния на политическую и экономическую жизнь местного населения и в то же время некоторого ограничения чрезвычайных полномочий российской власти.

Генерал-губернатор, подчинявшийся военному министру, с 1886 года больше не был единственным вершителем судеб, для помощи ему был создан совет из гражданских и военных чиновников. Исполнительным органом должна была стать канцелярия генерал-губернатора, разделенная на три отдела: первый отдел решал административные проблемы, второй – аграрные, вопросы образования и т. п., третий отдел занимался всеми финансовыми проблемами, статистикой и местными филантропическими учреждениями. Наконец, одной из главных функций канцелярии была дипломатия. С 1899 года дипломатическими вопросами стал заниматься представитель МИДа, специально наделенный ответственностью за отношения с зависимым эмиратом и ханством.

Одной из важных новаций было создание независимой судебной власти по отношению к военному судопроизводству. Члены российской администрации Туркестанской губернии крайне враждебно восприняли законодательный акт 1886 года. Генерал-губернатор и его окружение жаловались на ослабление российской власти, предупреждая, что последствием его могла стать потеря влияния России в регионе. Фактически же власть генерал-губернатора едва ли ограничивалась совещательной ролью.

Снижение авторитета и влияния России на местных жителей происходило, как представляется, не из-за политических или юридических ограничений, но просто из-за скандалов, имевших место во время правления фон Кауфмана, и особенно по вине его преемников, которые не знали, как себя поставить перед лицом своих помощников или подчиненных. В отдаленной колонизированной Туркестанской губернии каждый российский глава имел склонность считать себя князьком с неограниченными полномочиями. Такое поведение провоцировало частые столкновения с мусульманским населением. В последующие годы вновь предлагались проекты реформ, но единственным значимым политическим изменением было то, что внес барон А. В. Вревский, правивший с 1889 по 1898 год. Он предусмотрел для Ташкента особый статус после холерных бунтов 1892 года. На самом деле Вревский рассчитывал на восстановление власти генерал-губернатора в статусе 1867 года. Но на практике его план свелся к упразднению функции главного старейшины Ташкента как главы местной полиции и замене его русским подданным. После восстания 1898 года был восстановлен принцип, по которому все административные кадры из коренного населения больше не избирались, но назначались генерал-губернатором, поскольку Туркестанская губерния объявлялась территорией государственных беспорядков.

В этот период реальными организационными мероприятиями в Туркестанской губернии были территориальные изменения. Закаспийский регион, завоеванный между 1869 и 1885 годами, который подпадал вначале под юрисдикцию генерал-губернатора, был изъят у него и передан в ведение военного министра. В 1898 году организация Туркестанской губернии была полностью пересмотрена, частично, без сомнения, в результате амбициозного стремления генерала Куропаткина видеть себя фактическим наместником. На самом деле этот пост предназначался генералу С. К. Духовскому, и лишь через несколько лет Куропаткин стал наконец генерал-губернатором Туркестанского края. В результате была образована более обширная Туркестанская губерния, включавшая пять регионов: Сырдарьинскую, Ферганскую, Самаркандскую области, Закаспийский регион и Семиречье. Ташкент стал столицей всей губернии и Сырдарьинской области.

Степная губерния вновь была сведена к Акмолинской и Семипалатинской области. Между тем Тургайская и Уральская области управлялись раздельно и подчинялись министру внутренних дел. Наконец, Бухара и Хива сохраняли статус протекторатов. Территориальная реорганизация продолжалась до революции 1917 года, но всегда подразумевала угрозу аннексии Бухары, которая, однако, не реализовывалась.

В период между завоеванием и революцией 1905 года политика России в отношении Средней Азии может показаться неопределенной и нечеткой. Тем не менее в ней прослеживаются определенные принципы. Прежде всего Россия стремилась не сближаться с покоренными народами, но держать их в покорности. Они не были русскими подданными и, как инородцы, не привлекались на военную службу. Другими словами, не допускалось их смешивание с русским населением, даже временно.