Англия немедленно отреагировала на расширение Российской империи. 29 февраля 1884 года британское правительство выразило протест в связи с аннексией Мары. Россия, чтобы избежать, казалось, неизбежного конфликта, предложила в ответ совместное определение границы с Афганистаном, и стороны пришли к согласию. Границу установили от Амударьи до персидского Хорасана в 1887 году. Однако соглашение определило границу лишь до озера Зоркуль. Далее, в направлении Китая ничего не было разграничено, и Англия получила доступ к Памиру. Делимитация границы Памира, отнесшая к России Рушан, Шугнан и часть Вахана, на которые распространялся протекторат Бухары, положила конец экспансии России в Центральной Азии и ознаменовала новые территориальные приобретения империи.

Несмотря на первоначальные тревоги в отношении мощи мусульманских государств и противодействие Англии, азиатское завоевание произошло в конечном счете быстро. В целом оно осуществлялось без чрезмерного кровопролития, как минимум для России, которая, помимо отдельных неудач, легко обращала своих противников в бегство. Верно, что ханства истощали свои силы внутренними конфликтами. Но у них не было ни достаточных войск, ни современного вооружения, и поставленные в невыгодное положение латентным народным недовольством, которое проистекало из отсталой экономики и тяжелого социального положения, они были слабыми противниками для завоевателей. Таким образом, навязать мир и русский порядок покоренным народам оказалось легким делом. Создавалось впечатление, что навечно разрешены также проблемы в «умиротворенных» казахских степях после кровопролитных мятежей, происходивших в период между 1825 и 1865 годами.

Азиатские завоевания имели на первый взгляд весьма важное экономическое значение. Но истина лежит глубже. В 1858 году Игнатьев, русский военный атташе в Лондоне, писал: «В случае конфликта с Англией мы сможем противостоять ей или ослабить ее с какими-либо шансами на успех только в Азии».

Как только русские войска заняли Ташкент, возникла проблема организационных мероприятий на захваченных территориях. С 1866 по 1898 год их статус претерпел много изменений. Некоторые были весьма важными. Колебания и метания российских властей по организационным вопросам объяснялись прежде всего отсутствием знаний о регионе. Точно так же, как русское правительство преувеличивало военную мощь местных правителей, оно часто придавало излишне большое значение влиянию отдельных лиц на местное население. Оно неправильно оценивало чаяния покоренных народов и нередко было вынуждено корректировать свою политику в отношении реального положения дел по мере все большей осведомленности.

Одним из факторов, объясняющих колебания и тяжелое приспосабливание русской политики, был сам характер завоевания. В данном случае русским войскам не предшествовало, как это было, например, в Сибири, нашествие бедных российских крестьян, стремившихся владеть землей. Со времени неудачной попытки казачьего атамана Нечая Старенского в начале XVII века Средняя Азия оставалась относительно огражденной от проникновения русских крестьян. Когда имперские власти захватили регион, то на первых порах сдержанно относились к переселению русских.

На начальном этапе в 1865 году в Степной комиссии под председательством тайного советника Ф. К. Тирса происходили дебаты о двух возможных законоположениях, одном для степного региона, другом – для южного. Временное законоположение действовало с 1865 по 1867 год. Оно предусматривало концентрацию всех полномочий в руках военных властей. Эти полномочия следовало свести к минимуму, чтобы предотвратить вмешательство в жизнь коренного населения. Такую политику следовало проводить и по отношению к местным обычаям, а также в аграрной, юридической и социальной сферах.

План организационных мероприятий на занятых территориях был разработан лишь к 1867 году. Дебаты в Степной комиссии продолжила новая комиссия, которую назвали «специальным комитетом». В нем председательствовал военный министр, который вновь выдвинул на обсуждение и разобрал до мелочей рекомендации 1865 года. С точки зрения территориального деления комитет предложил создание Туркестанской губернии, освобожденной от опеки Оренбурга, и высказался за присоединение южной части Семипалатинской области к ее первоначальным регионам – Семиречью и Сырдарье.

Комиссия выдала две политические рекомендации: сконцентрировать гражданскую и военную власть в руках военных властей, которые должны были нести ответственность за регион, и вернуть местные дела неполитического характера в ведение традиционных элит, которые должны продолжить свою обычную деятельность. Впоследствии генерал-губернатора наделили значительными полномочиями, учитывая удаленность завоеванной территории. Ему предоставили полную свободу действий в отношении соседних стран, исполнении регионального бюджета, установлении налогов и предоставлении привилегии в принятии российского гражданства. Он даже располагал правом казнить или миловать местных граждан.

11 июля 1867 года царь подписал указ о создании Туркестанской губернии. Военные чины, призванные осуществлять административную власть в регионе, были объявлены 14 июля. Генерал Крыжановский, генерал-губернатор Оренбургской области, возражал против решений комиссии, членом которой состоял. Он доказывал, что опасно предоставлять полную административную автономию региону, столь удаленному от столицы империи и столь изолированному от нее пустынями. Более того, он полагал, что крайне нецелесообразно разрушать единство командования в регионе казахских степей.

Район степей был преобразован в следующем году в соответствии с рекомендациями Степной комиссии. 21 октября 1868 года создали три новых центра: Уральск, Тургай и Акмолинск. В Акмолинске, относившемся к Туркестанской губернии, это не вызвало инцидентов. В Уральске и Тургае же преобразования 1868 года стали поводом для крупных антироссийских мятежей, что положило конец порядку, сохранявшемуся с 1822 года. Они окончательно похоронили власть и привилегии местной аристократии. Племенные мятежи приобрели масштабы священной войны, и, чтобы подавить их, потребовалось вмешательство армии. Через несколько месяцев вновь вспыхнуло восстание казахских племен региона Мангышлак, где русские деревни атаковали более десяти тысяч повстанцев. Пока шло завоевание, Туркестанская губерния также подвергалась территориальным изменениям. В 1868 году земли, изъятые у Бухары, образовали Зеравшанский округ, а земли, изъятые у Хивы пятью годами позже, стали военной зоной в районе Амударьи.

В Средней Азии территориальная организация была создана такая же, как в России, – область, уезд, участок, – но вся власть там принадлежала военным. Наряду с российской властной вертикалью и учреждениями было позволено функционировать местным юридическим и политическим институтам. Российское командование осуществляло контроль над процедурами выборов и назначений судей, которые избирались населением на три года. Но по делам, не затрагивающим интересы российских подданных или политику, решения выносились согласно стандартам прошлого. И за исключением тех случаев, когда подсудимый сам требовал юрисдикции российского военного суда, чиновники России не вмешивались. В сельской местности предусматривались выборы старца (аксакала), получающего жалованье, на три года. На практике же он почти всегда, как и в прошлом, назначался исходя из его принадлежности к элитной группе. Несколько деревень (кишлаков) объединялись в административную единицу под названием волость и были представлены ассамблеей избирателей, по одному от пяти семейных хозяйств. Это позволяло выбрать волостного главу и судей. Те же принципы действовали в стойбищах кочевников.