Из всех крупных восстаний в предреволюционной Средней Азии, помимо восстания 1916 года, которое связано с революцией 1917 года, наиболее значительным было восстание 1898 года. В 1895 году тревожные сообщения предвосхитили массовое движение, более серьезное, чем неорганизованные анархические выступления, которые происходили повсюду. В этом году в Аулие-Ата (Джамбул) был арестовал ишан ордена Накшбанди из Андижана Исмаил-хан-тюря. Он собирал там средства для финансирования священной войны (газавата) своих сподвижников (мюридов). Из-за недостатка доказательств его подлинная роль тогда не была выяснена. После освобождения он скрылся.

Через три года, 18 мая 1898 года, в Андижане вспыхнул мятеж, сразу распространившийся на районы Оша, Намангана и Маргилана. Во главе его снова был ишан суфийского братства Накшбанди, Мухаммад Али (ишан Мадали или Дукчи). Этот религиозный лидер был неординарной личностью. Он родился недалеко от Маргилана, прославился мудростью, святостью и благотворительностью. Накануне восстания в Ферганской долине в возрасте сорока двух лет приобрел большую популярность. При помощи своих мюридов построил медресе, две мечети и библиотеку.

Постепенно вокруг него сплотились мусульмане, которые в основном были выдающимися деятелями и в которых новая власть не нуждалась. Движение во главе с ишаном было хорошо организовано и получало финансовую поддержку со стороны братства Накшбанди. Впервые с 1865 года это было уже не стихийное восстание, не мятеж, лишенный идеологии, но хорошо подготовленная священная война, имеющая с самого начала четкий план.

Во главе 2 тыс. человек Мадали, объявивший 17 мая 1898 года газават, проследовал в Андижан. Его помощники, возглавив другие военные отряды, должны были осадить в одно и то же время Ош и Маргилан. Уверенный в успехе, он надеялся поднять на восстание население Ташкента и Самарканда, восстановить ханство и, возможно, оттуда двинуться на освобождение всех исламских земель (Дар уль-Ислам).

Однако русские быстро приготовились к ответным действиям. После первой удачи на пути в Андижан Мадали столкнулся перед городом с 20-м русским линейным батальоном, который разгромил мятежников. Последовали жестокие репрессии. К суду привлекли 546 человек. Мадали и пять его помощников повесили 18 июля в Андижане. Большинство его последователей заключили в тюрьмы на различные сроки.

В ходе судебного процесса предпринималась попытка доказать, что восстание вспыхнуло из-за интриг турецкого султана. Доказательство строилось на письме султана, обнаруженном у Мадали. Подлинная картина, однако, более сложна. Нельзя отрицать, что ишан действительно обращался с просьбой к султану, согласно традиции, которой следовали азиатские ханы со времени Аббасидов. Просьба заключалась в последующем признании инвеституры на суверена, которого он хотел посадить на трон Коканда. Это был не кто иной, как его племянник Абдулазиз. Как утверждают, таким могло быть содержание документа, который предъявлял Мадали своим последователям в качестве доказательства поддержки восстания Турцией. Но это предположение.

Очевидно то, что комиссия по расследованию восприняла Андижанское восстание как вызов российской политике в Средней Азии. Это было религиозное выступление, в ходе которого не только элита бывшего ханства, но и бедный люд, раздраженный присутствием русских, сплотился вокруг ишана ордена Накшбанди. Даже советские историки, критиковавшие трактовку восстания как «народного движения», допускали, что «его организаторам… удалось привлечь к себе трудящихся».

Последствия восстания были многообразны. Помимо наказания виновных ввели ограничения в «экономической» деятельности определенных деревень, население которых обвинили в оказании поддержки мятежникам. В Маргиланском районе уничтожили несколько деревень и селений, жителей изгнали за участие в восстании, а на их место поселили русских, наделив большим количеством хорошо орошаемой земли, на которой те стали выращивать хлопок. Азиатов отправили на бесплодные земли, где они образовали новую деревню Мархамат.

Несмотря на предостережения о возможности мятежа в будущем, русская администрация на них не реагировала.

Император немедленно отозвал генерал-губернатора Вревского и назначил вместо него генерала С. М. Духовского. Комиссия же по расследованию определила две причины: панисламистская пропаганда, поощряемая политикой невмешательства после завоевания, и бездействие администрации. Все реформы, проведенные во время губернаторства генерала Духовского, были направлены на укрепление российской военной власти. Расширились полномочия военной администрации в отношениях с местными властями. В течение всего времени, пока регион находился в состоянии волнений, военные были наделены правом подменять выборы представителей местных властей назначениями по своему усмотрению. Они могли смещать местных судей, если это представлялось необходимым. Численность русской полиции была увеличена, а русские поселенцы вооружены. Это не помешало введению 14 мая 1899 года, хотя и с некоторыми ограничениями, юридической системы, которая была претворена в жизнь в России реформами Александра II. С отсрочкой на 30 лет.

Более того, российские власти решили твердо противостоять растущему влиянию исламских лидеров. Осознав, насколько фатально было игнорирование ими ислама и местных обычаев, они разработали план разрешения этого вопроса. Губернатор генерал Духовский стремился добиваться гуманитарного решения различных проблем, вызвавших восстание. Он считал необходимым поддерживать согласие между русскими и мусульманами, но оказался в ситуации, когда вынужден был противостоять русским, которые годами работали на этой территории и рекомендациями которых он пользовался. Для них причина конфликта лежала в мусульманском «фанатизме», обостряемом интеллектуальной отсталостью местного населения, которому завоеватели ничего не дали. И все же в то время, как русские педагоги, деятели культуры, объединившиеся вокруг Наливкина в самаркандской группе, призывали к окончательному отказу от политики фон Кауфмана, другие, подобно Ф. М. Керенскому, продолжали отстаивать политику невмешательства.

Считая обе позиции одинаково опасными, Духовский решил ориентироваться на среднюю линию. Она предполагала политический контроль над мусульманскими медресе и мактабами. Кроме того, Духовский пытался улучшить отношения между двумя сообществами, поощряя русские военные и административные кадры изучать местные языки и вникать в местные проблемы, одновременно побуждая представителей местных элит изучать русский язык и культуру. Духовский рассчитывал, что эти элиты со временем отвлекут население от религиозных фанатиков и направят его интерес в сторону цивилизованного мира, представленного Россией. Но эти усилия предпринимались в тот исторический период, когда примирение сообществ было трудно осуществить.

Вплоть до конца XIX века Средняя Азия, казалось, была изолирована от влияния идей джадидизма – просветительского и общественно-политического реформаторского движения. Тем не менее именно в медресе Бухары начались бурные дебаты, которые потрясли духовную, интеллектуальную и политическую жизнь мусульман до революции 1905 года. В начале XIX века необходимость религиозного возрождения отстаивал татарин Абу Наср аль-Курсави (1783–1814). Его критика мусульманской схоластики и деградации мистической теологии создала основу для всей реформаторской мусульманской мысли после него, особенно его соотечественника Шигабутдина аль-Марджани (1818–1889).