Начиная с 1885 года, когда российские власти никак не могли прийти к единому мнению относительно управления в азиатском регионе, местное население периодически устраивало мятежи. Все восстания следовали одному образцу. Формально они были религиозными и превращались порой в настоящие священные войны, в ряде случаев их целью провозглашалось восстановление Кокандского ханства. Обычно их возглавляли религиозные лидеры, часто представители суфийских орденов, а войско формировалось из дехкан и городских ремесленников, чей жизненный уровень значительно ухудшился с развитием капитализма. Волнениям способствовали в значительной степени конкуренция русской промышленности, хаос в аграрных отношениях, обезземеливание дехкан и, наконец, вседозволенность администрации и русских в целом.

В конце XIX века российский этнограф Наливкин, отличавшийся знанием языков и обычаев Средней Азии и сыгравший позднее, в 1913 году, заметную роль в культурной и политической жизни региона, отмечал: «Скандалы с участием чиновников, разразившиеся в 1902 году, приоткрыли занавес, который скрывал обширное и грязное болото, и все же мне кажется, что эти административные эксцессы нигде не достигали столь гигантских размеров, как в Андижанском уезде к концу 90-х и около 1900 года».

Восстания конца XIX века, вызванные возмущением, ожесточением и крайней нищетой населения, были похожи друг на друга массовым, анархистским и спонтанным характером. Они не получали никакой внешней поддержки и с легкостью подавлялись, поскольку повстанцы пользовались лишь таким оружием, как палки и косы, и опирались лишь на свою веру.

Первое восстание, вспыхнувшее в 1885 году в Ферганской долине, возглавил Дервиш-хан-тюря – состоятельный земельный собственник, который служил свергнутому хану. Он поднял людей в районах Андижана, Оша и Маргилана. Видимо, его провозгласили ханом Коканда. Русские войска быстро подавили восстание и захватили в плен большое число мятежников, часть которых казнили. Однако предводителя восстания схватить так и не удалось.

В последующие годы дехкане периодически восставали против российских властей, выражая недовольство тем, что никакого решения не было предложено по земельной проблеме и особенно по вопросу заселения. Вначале подобные столкновения исчислялись десятками, затем сотнями. Порой они граничили по размаху с полномасштабными восстаниями, такими как Наманганское восстание 1891 года.

Однако наиболее значительное восстание в начале 1890-х годов произошло в городе. Начались холерные бунты, которые сотрясли Ташкент в 1892 году. Кризис породила эпидемия холеры, которая из-за ужасающей бедности мусульманского населения поразила старый город с гораздо большей свирепостью, чем европейские кварталы.

Чтобы выявить источник эпидемии, российские власти предприняли меры, которые глубоко уязвили чувства местных жителей. Ведь эти меры противоречили традиционным обычаям, связанным с исламом. Санитарные инспекции, которые проводили русские, спровоцировали острую реакцию, ибо местные мужчины не позволяли осматривать женщин. Но больше всего способствовали конфликту захоронения. В качестве мер предосторожности власти запретили хоронить умерших от холеры на старом кладбище, настаивая, чтобы захоронения производились на новом кладбище, вдали от города, без всяких траурных ритуалов, опасных во время эпидемии. Пострадавшие от эпидемии семьи продолжали тайком хоронить родственников на старом кладбище, а задержание тех, которые так поступали, вызвало взрыв общественного негодования. В этих причинах недовольства не было ничего, кроме глубокой ненависти к русским, ненависти, которая возрастала в ремесленных кварталах старого города. Бунтовщики допустили насильственные действия в отношении коменданта города полковника С. Р. Путинцева, разграбили служебные помещения и дом главы старого города Мухаммада Якуба Каримбердыева. После этого ремесленники, часть купцов и даже мулл, которые сыграли весьма активную роль в бунте, были арестованы.

Генерал Вревский, тогда губернатор Туркестанского края, сделал из этого вывод, что причина, по которой местное население утратило уважение к завоевателям, заключалась в ослаблении контроля со стороны властей. Однако проблема состояла не только в этом, она уходила корнями в российско-мусульманские отношения, в бесперспективность идей, которыми власти руководствовались в своих действиях. После нескольких лет общей апатии, последовавшей за завоеванием, русские столкнулись с вызовами по всей Средней Азии, поскольку российское присутствие противоречило самому фундаменту верований и обычаев, на котором произрастала местная жизнь и который российские власти, за исключением нескольких деятелей, таких как фон Кауфман или ученые Н. П. Остроумов и Наливкин, полностью игнорировали. В результате даже весьма полезные начинания казались местным жителям дьявольскими.

В Бухаре, где российское присутствие ощущалось лишь косвенно, это проявлялось особенно очевидно. После установления протектората Россия предложила содействие ее суверену Абд аль-Ахаду (пр. 1885–1910) в преодолении бедствий, которые всегда угрожали его подданным: саранча, наводнения и эпидемии.

Саранча, вечный кошмар для дехканина, могла уничтожить результаты его усилий в течение нескольких мгновений и обречь его на голод. Русские предложили эффективные методы борьбы с этим бедствием. Однако эти методы систематически не применялись ввиду того, что дехкане не хотели участвовать в коллективном труде, но главным образом из-за того, что эти методы оскорбляли их, противоречили их вековой покорности бедствию. В общем, они опасались «гневить Аллаха, уничтожая его твари», даже больше бедствия, к которому приводило их смирение. В дальнейшем все попытки принять профилактические меры против саранчи вызывали взрывы ярости дехкан, и в годы правления последних двух эмиров можно проследить прямую причинно-следственную связь между этими спасательными кампаниями и массовыми восстаниями.

Подобным же образом жители реагировали на русские планы строительства дамб для регулирования таких рек, как Кафирниган или Вахш, внезапные наводнения которых не только угрожали уничтожением урожаев, но и гибелью самим дехканам. Они также отказывались участвовать без оплаты в этих работах, даже если такие усилия были полезны для сообщества. Но были и более глубокие мотивы – погруженность в природу магии, страх прогневить речных духов. Дехкане подчас предпочитали угрозу периодических наводнений или репрессии, которые влек за собой отказ от работ или даже бунт против них.

Усилия русских властей, обеспокоенных размахом и частотой эпидемических болезней, по принятию санитарных мер вызывали непонимание населения. Более того, они вызывали возмущение местного населения, находившегося под влиянием шаманов и предсказателей, которые, почувствовав угрозу своей магии со стороны русских врачей, преподносили их озабоченность как уловку с целью дальнейшего порабощения мусульман.

Эти бесконечные стычки и систематическое сопротивление любым действиям со стороны населения расценивались в губернии как тревожные симптомы. И все же политика игнорирования ислама фон Кауфмана продолжалась, поскольку власти не могли понять специфики среднеазиатского региона и причин народного недовольства. На эти вопросы дало определенный ответ Андижанское восстание. Оно положило конец недоумению русских.