Однако вскоре последовали грозные события 1682 г. В конце апреля умирает Федор Алексеевич и встает вопрос о наследнике престола, в качестве которого, во многом стараниями Нарышкиных[4], был определен 10-летний Петр.

В свою очередь, родственники первой жены царя Алексея, Милославские, возглавляемые умной и властной царевной Софьей, сумели настроить стрельцов против Нарышкиных, и 15 мая был совершен государственный переворот. В результате стрельцы добились того, что, согласно их требованиям, на престоле помимо Петра оказался его старший брат Иван, а по молодости лет братьев реальное управление перешло в руки Софьи, ставшей регентшей. Наталья Кирилловна вместе с домочадцами отбыла в Преображенское. Начинался новый этап в формировании Петра, который превратил ранние свои забавы в более серьезные занятия, положившие начало будущим масштабным военным преобразованиям и созданию российского флота. Этому также способствовали и иностранцы, с которыми Петр успел познакомиться, поскольку рядом с Преображенским находилась Немецкая, Иноземная слобода, населенная представителями разных стран. Под влиянием П. Гордона, Ф. Тиммермана, К. Бранта и других образованных, сведущих европейцев Петр начал постигать науки и специальности, необходимые для военачальника и флотоводца. Теория дополнялась практикой. В частности, военные «потешные» игры становятся более похожими на маневры с применением огнестрельного оружия и артиллерии, участием целых полков. Найденный в сарае в Измайловском английский бот стал первым судном, на котором Петр овладевал начальными навыками судовождения. Затем последовали первые опыты на реке Яузе, Просяном пруде, Кубенском озере. Как и в сухопутных учениях, в этих плаваниях Петра «денно и нощно» сопровождали взрослевшие вместе с ним сверстники, «потешные», «комнатные», более взрослые «стряпчие конюхи»[5], составившие ядро знаменитой петровской гвардии, Семеновского и Преображенского полков. К 1686 г. Преображенское походило на настоящий военный городок с крепостью с башнями, караулами, кордегардией, оружейным двором, съезжей канцелярией; у гарнизона имелись пищали, пушки, знамена. На Лебедином пруду за Боровицкими воротами начали спускать первые шнявы и карбасы.

В 1689–1692 гг. на Плещеевом озере у Переславля-Залесского строится и спускается на воду «потешная» флотилия, на которой Петр устраивает маневры с участием своего близкого окружения, куда входили и чины Бомбардирской роты Преображенского полка. Они составили команды первых петровских судов. Некоторые из них участвовали вместе с царем и в «корабельном строении», работая в качестве простых плотников. Среди них выделялся преображенец Даниил Новицкий, впоследствии неизменный участник всех петровских маневров и походов, который также «у морского дела состоял… управлял рулем и парусом». Численность соратников Петра по морскому делу была сравнительно невелика и нередко менялась. Так, первоначально их насчитывалось 17 человек, чуть позже 37, затем 22. Помимо всего прочего они едва ли не постоянно несли «весельную службу», то есть находились неотлучно при Петре, который совершал многочисленные поездки по воде.

Важную роль в развитии российского флота сыграли поездки Петра в Архангельск в 1693–1694 гг. и «корабельное строение» на Соломбальском острове, расположенном недалеко от него. Путешествия Петра сопровождались плаванием по Белому морю. Наряду со стрельцами, стольниками и окольничими вместе с ним во время этих поездок находилось 10 чел. «потешных», нередко выступавших в качестве гребцов. Некоторые из них принимали участие в корабельных работах на Соломбальской верфи.

В том же 1694 г. состоялся и Кожуховский поход, включавший в себя масштабные маневры с участием войск старой формации под командованием И. Бутурлина и войск нового строя во главе с Ф. Ромодановским. В этих маневрах, во многом напоминавших настоящую войну, в которых было немало раненых и даже погибших, участвовали и те, кто еще ранее оказался вовлечен в морские занятия. Под особым корабельным знаменем они «зело люто и мужественно бились и показались яко не токмо на море, но и на на суше битись умеют, и дали не только неприятелем, но и посторонним зрителем о себе великое подивление».

В сражении 3 октября эта «матросская рота» участвовала вместе с Петром в пленении «вражеского» полковника Сергеева.

Она же сопровождала Петра и в первом Азовском походе, потеряв при штурме 25 декабря 1695 г. Е. Воронина и Г. Лукина.

В очерке истории морской пехоты уже упоминалось о том, что накануне второго похода под Азов из чинов Преображенского и Семеновского полков, а также «охочих людей» был сформирован Морской регимент, капитаном и командиром одной из его рот являлся сам Петр. В ее состав и вошли «потешные» (29 чел.). Был объявлен также набор «охочих людей» как в Регимент, так и в эти два полка. 18 февраля 1696 г. 22 ротам Регимента произвели смотр в Москве, а через пять дней его отправили в Воронеж. Путь был неблизкий, и во время похода, по выражению ближайшего сподвижника и наставника Петра I Ф. Лефорта, чины Регимента «дуровали». Тем временем к концу марта в Воронеж стали стягиваться войска. По распоряжению Т.Н. Стрешнева, Ф. Тиммерман привез «гербовое» знамя Регимента. Оно представляло собой прямоугольник с откосом и с надписью «12 марта 7204 г.» (1696 от P. X.). В середине золотой двуглавый орел, держащий в лапах копья, под орлом море с парусными кораблями; в откосе — апостолы Петр и Павел в облаках, с камнем Веры.

На одной из трех спущенных 2 апреля этого же года галер, «Принципиусе», команда гребцов состояла из чинов Преображенского полка (30 чел.), которые частично исполняли обязанности экипажа. Примерно с этого времени в штатах Преображенского и Семеновского полков зарождаются морские команды, которые обслуживали парусники и гребные суда (а позже и не только их), имевшиеся в распоряжении этих частей на постоянной основе.

После победоносного завершения похода 1696 г. Морской регимент со знаменем поротно проследовал при торжественном проходе войск в Москве и вскоре был растасован по разным полкам. Некоторые чины роты, которой командовал Петр, отправились вместе с ним в Европу в составе Великого посольства в 1697–1698 гг. Во время пребывания Петра в Англии Вильгельм III подарил ему яхту «Транспорт Роял», которая в течение последующих десятилетий служила образцом для строительства придворных и царских яхт. Сопровождавшие его «потешные», уже овладевшие навыками не только гребли, но и искусства управления парусом, могли стать первым русским экипажем яхты, однако после неудачной попытки провести ее вверх по системе рек и волоков в Волгу для пополнения Азовского флота яхта была оставлена в Архангельске и в море не выходила.