Сайго не пришлось долго раздумывать над своей неожиданной удачей, поскольку Хисамицу приказывал ему вернуться безотлагательно. Сайго будет дорожить своей дружбой с Цутимоти всю оставшуюся жизнь, но в тот момент у него не было времени на долгое прощание; «Котомару» вышел в море на следующее утро.

Ёсии и компания имели приказ сразу вернуться в Ямагава, но Сайго настоял на том, чтобы они сделали остановку на Амамиосима. 23/2/1864, около полудня, пароход вошел в залив Касари на Амамиосима и бросил якорь возле Тацуго. Сайго сошел на берег и отправился к своей семье, которую он не видел два года. Он провел на острове четыре дня, посещая друзей и восстанавливая семейные узы с женой и детьми. Кикудзиро уже исполнилось четыре, и Сайго теперь мог играть с мальчиком, а не с малышом. Его дочь, Кикусо, тоже подросла. Как всегда, Сайго был крайне сдержан в отношении своих чувств, но он поделился ими с Цутимоти: ему было так приятно увидеть жену и детей, что «мне казалось, будто бы я восстал из мертвых». Сайго также отметил что Айгана, которую он называл своей «любовницей», тоже радовалась их встрече. Но, несмотря на свое приподнятое настроение, Саго оставался человеком долга. Он прибыл на Амамиосима с визитом, но цель его жизни заключалась в том, чтобы служить своему господину. Утром 26/2 он покинул Тацуго во второй, и в последний, раз. Его дети, в конечном итоге, были перевезены в Кагосима, но он больше никогда не видел Айгану.

По пути в Кагосима Сайго и его компаньоны сделали еще одну остановку, чтобы забрать Мурата Синпати с соседнего острова Кикайгасима. Хисамицу отправил Мурата в ссылку вместе с Сайго в 1862 году. Спасательная партия, направленная за Сайго, не получила никаких инструкций относительно Мурата, но, согласно легенде, Сайго не хотел оставлять в ссылке своего преданного друга. 28/2 «Котомару» прибыл в Кагосима. Сайго встретил паланкин, который без промедления доставил его в собственную резиденцию в Уэносоно. На следующий день он посетил могилу Нариакира и засвидетельствовал ему свое почтение. Неделей позже он и Мурата отплыли в Киото на корабле «Анкомару» и прибыли туда 14/3. 18/3 у Сайго состоялась аудиенция с Хисамицу, который официально вернул ему прежнее жалованье и назначил его командующим войсками Сацума в Киото. Менее чем за месяц Сайго преодолел более двенадцати сотен миль. Он был возвращен из ссылки и опалы, вдобавок получив один из самых влиятельных постов в правительстве княжества. От всех этих событий Сайго почувствовал себя дезориентированным, но постепенно он начал понимать, что стало причиной его прощения и повышения. Национальная политика совершила резкий поворот, и княжеству Сацума срочно потребовался новый голос в императорской столице.

Когда 14/3/1864 Сайго прибыл в Киото, его сразу же поразила деградация политической сцены. Ситуация, писал он 4/1864, была гнетущей. Императорский двор не проводил последовательной политики, а просто реагировал на повседневные события. Главные дайме ссорились между собой, постепенно превращаясь в марионеток сёгуната. Хитоцубаси Кэйки нельзя было верить; он казался опасно честолюбивым. Создавалось впечатление, писал Сайго, что «здесь больше нечего делать, кроме как ждать неприятностей». Это был не тот исход, которого многие ожидали двумя годами ранее, когда Сайго был отправлен в ссылку. Тогда говорили о наступлении новой эпохи правительства национального единства. Визит Хисамицу в 1862 году в Киото и Эдо заметно изменил политический ландшафт. Хисамицу потребовал создания новой структуры разделения функций власти, получившей название кобу гаттай (бук-вально — «союз. императорского двора и воинов»), в которой сёгунат остается влиятельной силой, но при этом включает главных даймё в процесс принятия решений. Эта новая структура должна быть поддержана и узаконена императорским двором. В 1862 году Сайго беспокоился из-за того, что Хисамицу действует слишком агрессивно, продвигая свой план создания кобу гаттай. Цель была благородной, но Сайго опасался ответного удара сёгуната. Однако Сайго ошибался. Хисамицу прекрасно рассчитал время.

Вместо того чтобы принять на себя полную ответственность за подписание непопулярных договоров, сёгунат решил поделиться властью, надеясь таким образом поделить и ответственность. В ответ на требования Хисамицу сёгун согласился посетить Киото и подтвердил приоритет воли императора над решениями сёгуната. 8/1862 сёгунат назначил Хитоцубаси Кэйки, проигравшего в 1858 году спор из-за наследования титула сёгуна, опекуном молодого и слабого сёгуна Иэмоти. Мацу-дайра Сингаку, который с 1858 года находился под номинальным домашним арестом, был назначен политическим директором сёгуната (сэйдзи сёсай). Это была новая должность, сравнимая с постом великого советника (тайро), который занимал Ии. Сёгунат даже согласился с рекомендацией Хисамицу пересмотреть систему санкин кодай, резко сократив время обязательного пребывания даймё в Эдо.

В 1862 году казалось, что эти изменения предвещают скорое наступление новой эпохи японского правительства. Но в 1864-м лишь немногие все еще верили в то, что кобу гаттай может решить проблемы Японии. Несмотря на все оптимистические разговоры о союзе императорского двора, сёгуната и главных дайме, план создания кобу гаттай закончился полной неудачей. Частично это была неудача самих участников. Феодальная элита расписалась в том, что она не способна налаживать эффективные связи через границы княжеств. Крупные дайме, включая Симадзу Хисамицу, Ямаути Ёдо из Тоса, Мацудайра Сингаку из Фукуи и Мацудайра Катамори из Айдзу, представляли собой шовинистическую и патриархальную группу лидеров, плохо подходящую для строительства нового государства. Неожиданной проблемой для формулы кобу гаттай стал опекун сёгуна Хитоцубаси Кэйки, который вскоре стал главным врагом Хисамицу. Кэйки в полной мере оправдал ожидания своих сторонников в 1858 году, но он использовал свои навыки для создания независимой политической базы. В 1864-м недавние союзники Кэйки и Хисамицу постепенно становились злейшими врагами, и ухудшение их отношений отравляло весь проект кобу гаттай. Сайго, со своей стороны, начал испытывать глубокую ненависть к Кэйки. В начале 1864 года он начал выражать беспокойство из-за неблагонадежности Кэйки, а к 1868 году он уже всей душой желал ему смерти.

Формула кобу гаттай потерпела неудачу и из-за проблем внутри императорского двора. В теории уважение к императорскому двору должно было объединить конкурирующих даймё. Но двор был совершенно не готов к принятию непростых политических решений 1860-х. По условиям соглашения семнадцатого века с режимом Токугава, императорские придворные должны были заниматься сочинением стихов, каллиграфией, чайной церемонией и другой утонченной деятельностью. Императорский двор не управлял армией уже около тысячелетия. Еще в 1858 году Хасимото Санай пришел в отчаяние из-за того, насколько плохо придворные разбираются в самых злободневных политических вопросах, и даже десятилетием позже многие высокопоставленные придворные по-прежнему придерживались мнения, что можно найти простой способ изгнать «варваров» из Японии. Согласно формуле кобу гаттай, предполагалось, что воины должны поддерживать двор, но двор был анахроничным, слабым и сильно раздробленным' институтом. Некомпетентность двора стимулировала открытую и опасную борьбу за контроль над ним. К 1864 году могущественные княжества соперничали не столько за получение почестей при дворе, сколько за то, как манипулировать его решениями.