Сражение 'за императорский двор было усилено идеологией радикальных лоялистов. Все большее число самураев й простолюдинов во всей Японии верили в то, что поклонение императору поможет решить национальные политические проблемы. Центральное место в идеологии радикальных лоялистов занимала вера в то, что пребывание иностранцев в Японии приводит к осквернению «земли богов». Только изгнав из страны иностранцев, подданные императора могут доказать свою лояльность; любые компромиссы — это не только трусость, но и проявление неуважения к императору и богам. Суть убеждений радикальных лоялистов можно было выразить одним предложением: «Почитание императора (сонно) и изгнание варваров (дзёи)». Идеология сонно дзёи обладала огромной эмоциональной силой. Как и радикальный исламский фундаментализм наших дней, она позволяла излечить глубоко укоренившиеся обиды и унижения утопичными обещаниями очищения и мести. Иррациональность риторики кобу гаттай была частью ее привлекательности. Ито Хиробуми, один из самых космополитически настроенных лидеров государства Мэйдзи, вспоминая о своей юности, заметил: «Если кто-то начинал рассуждать логично о вещах [которые тогда случались], их было невозможно понять… но эмоционально казалось, что именно так все должно и быть». Сайго мог горячо симпатизировать гонителям иноземцев. В 1854 году он сам был глубоко тронут видением Фудзито Токо чистой Японии, объединенной преданностью императору и свободной от тлетворного иностранного влияния. Но к 1864-му Сайго осознал, что «изгнание варваров» — это долговременный проект. И, что более серьезно, Сайго испытывал глубокое уважение к порядку и не поддерживал призывов к насилию, исходивших от радикалов сонно дзёи. Они были, как он заметил в 1864 году, не более чем «хулиганами».

Движимые страстным чувством собственной правоты и совершенно не желая замечать реальные факты, радикалы сонно дзёи вызвали хаос и волнения в японской политике. В Мито это привело к вооруженным выступлениям, известным как восстание Тэнгу. 3/1864 толпа из недовольных самураев, синтоистских священников и простолюдинов поднялась на гору Цукубо в Мито и объявила о своем намерении совершить паломничество в Никко, где находится мавзолей Токугава Иэясу, основателя сёгуната. Они собирались почтить память дайме Мито Токугава Нариаки, который умер в I860 году, заявить о своей преданности Иэясу и императорскому дому, а затем направиться в Йокохама, чтобы изгнать из города варваров и закрыть порт. Поначалу сегунату удалось остановить кризис, но к 7/1864 мятежники завербовали сотни последователей, и конфликт вскоре перерос в гражданскую войну, захлест-нувпгую княжество Мито.

Для сёгуната восстание Тэнгу стало кризисом сразу на нескольких фронтах. Войска сёгуната были плохо обучены и слабо мотивированы, поэтому, несмотря на большое превосходство в живой силе и вооружении, их неоднократно обращали в бегство маленькие отряды бунтовщиков. Начало открытых военных столкновений продемонстрировало крайнюю хрупкость существующего политического порядка. А успех мятежников в вербовке сторонников среди самураев и простолюдинов подчеркнул жизненность дела сонно дзёи. На протяжении месяцев войска сёгуната преследовали повстанцев по всей Японии, прежде чем 12/1864 они, наконец, вынудили их сдаться.

Кроме угрозы восстания Тэнгу, сёгунат также столкнулся с терроризмом маленьких групп радикальных лоялистов. К 1864 году никто не мог чувствовать себя полностью защищенным от ярости террористов. Иностранцы были самой очевидной мишенью, и лоялисты атаковали как офицеров, так и невооруженных гражданских лиц. Радикалы сонно дзёи также обратили свой гнев против тех японцев, которых они считали недостаточно лояльными. Особое раздражение у них вызывал Мацудайра Сунгаку, даймё Фукуи. Они считали его коллаборационистом и несколько раз планировали похитить и убить его. Радикалам так и не удалось добраться до Сунгаку, но они сумели поджечь его резиденцию в Киото. Даже императорский двор не был полностью застрахован от атак террористов, поскольку — несмотря на их преклонение перед императором — лоялисты все чаще проявляли готовность атаковать императорских придворных. Например, 1/1863 Сандзё Санэай, высокопоставленный придворный вельможа, обнаружил в своем особняке в Киото отрезанные уши Икэути Дайгаку. Чтобы Сандзё правильно понял значение отрезанных ушей, убийцы приложили к ним записку, где объяснялось, что Икэути, ученый-конфуцианец, когда-то преданно служил императору, но затем стал союзником сёгуната, и поэтому он является гнусным предателем. В записке советовалось Сандзё пересмотреть свою позицию. Ивакура Томоми, старший придворный, а затем лидер государства Мэйдзи, столкнулся с похожим предостережением: он обнаружил в своей резиденции отрубленную руку.

Все эти столкновения происходили на фоне обострения соперничества между двумя самыми могущественными японскими княжествами — Сацума и Тёсю. Как и Сацума, Тёсю противостояло Токугава в 1600 году, и княжество давно имело зуб против сёгуната. Однако в отличие от Сацума княжеству недоставало сильных лидеров среди даймё. В 1860-х Тёсю, по сути, управляли две враждующие фракции — консерваторы и радикальные лоялисты. К концу 1862 года радикалы сонно дзёи захватили контроль над княжеством и начали проводить агрессивную внешнюю политику. Эти лоялисты не одобряли прагматизм Хисамицу, в котором они видели оппортунистическую защиту сёгуната. Их пылкое принятие верноподданнических идей взбудоражило наиболее радикально настроенных членов императорского двора, и к началу 1863 года самые влиятельные придворные были сторонниками Тёсю, которые призывали двор занять по отношению к иностранцам более нетерпимую и несостоятельную позицию. 14/2/1863 двор приказал в течение двух месяцев изгнать из Японии всех иностранцев. Это было абсолютно непрактичное и неразумное требование, но более спокойные голоса заглушила разрушительная комбинация из насилия террористов и величия императора. Даже сёгунат, который подписал договоры, гарантирующие безопасность всем проживающим в Японии иностранцам, отказался от своей ответственности за них и согласился на высылку.

Контроль Тёсю над императорским двором вызвал гнев у правительства Сацума. Новая политика изгнания иностранцев была полной противоположностью прагматичной позиции Хисамицу в отношении иностранной угрозы. Более того, Тёсю использовало свое новое влияние на двор с тем, чтобы исключить Сацума из императорской политики: 29/5/1863 самураям из Сацума было запрещено появляться при дворе. Такое оскорбление не могло остаться без ответа. С точки зрения Сацума, двор захватил опасный соперник, и престиж всего княжества оказался под вопросом. Хисамицу заключил вынужденный союз с Айдзу, просёгунским княжеством, расположенным на северо-востоке страны. С молчаливого согласия умеренных придворных они организовали точно рассчитанную атаку. Рано утром 18/8/1863 самураи из Айдзу и Сацума ворвались в императорский дворец и взяли под охрану ворота. Их союзники при дворе организовали экстренное совещание, которое благословило эту акцию, и в результате самураи из Са-цума стали официальными стражниками императорского дворца. Сацума сокрушило Тёсю одним ударом.

Лидеры Тёсю были ошеломлены. Буквально в мгновение ока они потеряли главную опорную точку в своей политической стратегии — контроль над императорским дворцом. То высокомерие, с которым радикалы Тёсю изгнали из дворца своих соперников, теперь обратилось против них. Когда эмиссары из Тёсю попытались подать петицию императору, им даже не удалось приблизиться ко дворцу. 13/9/1863 военный губернатор Киото, назначаемый сёгунатом, запретил делегации из Тёсю входить в город. 12/1863 вторая делегация была вынуждена ждать, пока придворные решали, стоит ли выслушивать их жалобу. В конце концов посланникам было отказано, и они вернулись в Тёсю с тревожной новостью о том, что княжество утратило все свое влияние в императорской столице.