Когда Флоренс поправилась или, точнее сказать, частично поправилась, она стала работать в госпитальных бараках и еще дважды посещала Крым, чтобы улучшить положение в полевых госпиталях.

30 марта 1856 года Крымская война окончилась. Найтингейл осталась в госпитале после отъезда солдат и сестер милосердия, чтобы привести там все в порядок. Она отказалась принять участие в церемонии, на которой ее при возвращении на родину собирались чествовать как национальную героиню. Чтобы избежать торжественной встречи, Найтингейл вернулась в Англию под вымышленным именем. Ее переполняли противоречивые чувства: если бы раненые начали получать квалифицированный уход раньше, многие из них могли бы остаться в живых. Найтингейл поставила своей следующей задачей, казалось бы, немыслимое — улучшить в целом санитарные условия в армейских госпиталях.

Вскоре до Найтингейл дошла хорошая новость. Королева Виктория через придворного врача Джеймса Кларка, который был и семейным врачом Найтингейлов, назначила ей встречу. Общественная деятельница срочно составила подробный отчет о состоянии санитарии и гигиены в английских госпиталях. По ее мнению, прежде чем проводить какие-либо санитарные реформы в армии, необходимо было создать комиссию для обследования реального состояния госпиталей. 21 сентября 1856 года Найтингейл встретилась с королевой Викторией. После аудиенции, длившейся два часа, охваченная энтузиазмом Найтингейл сказала: «Мне хотелось бы видеть такого человека, как она, в военном министерстве».

На той же неделе они еще несколько раз обсуждали реформы в армии. После этого королева Виктория побеседовала с военным министром лордом Панмуром, предложив тому создать комиссию, о которой они говорили с Найтингейл.

Через две недели лорд Панмур встретился с Флоренс Найтингейл и пообещал ей, что под королевским наблюдением будет создана комиссия для проведения реформ. Однако военный министр, которого за глаза называли «бизоном», не спешил перейти от слов к делу, и Найтингейл начала беспокоиться. Весной 1857 года, не видя иного выхода, Найтингейл написала военному министру письмо, содержавшее «последнее предупреждение»: «Если я в течение трех месяцев не получу четкого подтверждения тому, что реформы будут проведены, я расскажу публике обо всем, с чем мне пришлось столкнуться во время Крымской войны, и заодно изложу план реформ, которые необходимо провести внутри армии». После этого дело, наконец, сдвинулось с мертвой точки.

Найтингейл жила тогда в старом лондонском отеле, поскольку после возвращения в Англию не захотела вернуться в отчий дом. Вся деятельность по созданию Королевской военно-медицинской комиссии проходила в одной из комнат этого отеля. После переговоров с лордом Панмуром и консервативно настроенными армейскими офицерами был определен ее состав. Комиссию возглавил Сидни Герберт, а ее членами стал целый ряд влиятельных людей, включая Джеймса Кларка, устроившего встречу Найтингейл с королевой Викторией, статистика Джона Сазерленда, председателя Гигиенического комитета во время Крымской войны, и других. Будучи женщиной, Найтингейл не могла быть членом Комиссии, но именно она написала ее отчет с целью убедить всех заинтересованных лиц поддержать необходимость реформ здравоохранения в армии.

Однако лорд Панмур отмахнулся от этого отчета. Он был зол на Найтингейл, посчитав, что она вмешивается не в свое дело. Министр полагал, что нет никакой необходимости затевать реформы в армии. Найтингейл, зная об упрямстве лорда Панмура, не теряла времени даром и постаралась нейтрализовать его действия. Она быстро выдвинула ряд идей, опиравшихся на отчет Комиссии, и написала несколько статей, которые должны были обратить внимание широкой публики на важность обсуждаемых вопросов.

Предложения Флоренс включали в себя создание четырех подкомитетов в рамках Королевской военно-медицинской комиссии: по улучшению санитарных условий в военных госпиталях, по ведению статистической отчетности, по созданию школы военной медицины и по реорганизации гарнизонных госпиталей.

В 1858 году был официально опубликован отчет Комиссии. Парламентарии высоко оценили предложенные реформы здравоохранения в армии и сочли их проведение первоочередной задачей. Предложенные Найтингейл четыре подкомитета были созданы, и их работа постепенно начала приносить плоды — в течение всего трех лет смертность среди солдат сократилась наполовину.

Однако из-за борьбы с военными и чиновниками, а также тотальной занятости здоровье Флоренс значительно ухудшилось. Найтингейл постоянно мучили приступы депрессии — с матерью и сестрой отношения у нее были, мягко говоря, натянутые. Друзья заметили, что состояние Флоренс всегда резко ухудшалось, как только она узнавала, что мать и сестра собираются навестить ее! Она страдала от бессонницы и тахикардии. Более того, она не могла заставить себя есть и пила только черный чай. Найтингейл дошла до такого состояния, что многие ожидали, что она скоро умрет.

Несмотря на столь плачевное состояние, Флоренс умудрялась находить в себе силы, чтобы работать больше, чем любой здоровый человек. Она много писала и занималась научными исследованиями. Казалось, она использовала свою болезнь как возможность остаться одной, чтобы целиком посвятить себя любимой работе.

В начале 1858 года была опубликована брошюра Найтингейл «Заметки о госпиталях». В ней был обобщен ее опыт обследования работы английских и зарубежных больниц, а также описывалась ее деятельность в годы Крымской войны. Книжка начиналась фразой: «Самое первое необходимое требование: госпиталь не должен причинять вреда никому из больных». Работая над «Заметками», Найтингейл тщательно проанализировала информацию, которую ей помогал собирать доктор Уильям Фарр, статистик и член Королевской военно-медицинской комиссии. Этот анализ выявил высокий уровень смертности в госпиталях того времени, причем в основном не по медицинским, а по другим причинам.

«Заметки о госпиталях» пользовались большим спросом у читателей. Их не смущало обилие в книге цифр, таблиц и диаграмм. После выхода книги к Найтингейл как к специалисту обращались больницы многих стран Европы с просьбой о помощи или консультации.

Вскоре Найтингейл закончила «Заметки об уходе за больными». Они вышли в свет в 1859 году и вскоре были переведены на многие европейские языки. В них Найтингейл писала: «Уход — это приведение больного в наилучшее по возможности состояние с помощью лечения естественными средствами». Под словом «естественный» понимались природные ресурсы человеческого организма, помогающие справляться с болезнью. На основании собственного опыта Найтингейл пришла к неожиданному выводу, что чаще всего больные сильнее страдают от причин, не связанных непосредственно с самой болезнью. В своей книге Флоренс определяет уход за больным как «приведение пациента в оптимальное для него состояние с помощью свежего воздуха или солнечного света, тепла, молчания, гигиены, правильного питания, изменения настроения, безопасности и так далее».

«Заметки об уходе за больными» предназначались для обычных женщин, однако вскоре книга превратилась также в учебное пособие для сестер милосердия. Вскоре неутомимая Найтингейл выпустила на основе «Заметок об уходе за больными» еще одну книгу, написанную более простым языком и называвшуюся «Заметки об уходе за больными для трудящихся классов». Так она надеялась распространить знания об уходе за больными во все слои общества.