22 декабря 1964 года Таллинского архиепископа Алексия назначили управляющим делами Московской Патриархии и автоматически постоянным членом Синода. Наступил долгий период жизни Святейшего, о котором он впоследствии с юмором говорил, что основным местом его проживания стал поезд Таллин — Москва.

В задачи Управления делами входило и входит обеспечение взаимодействия епархий Русской Православной Церкви с Московской Патриархией, информирование Святейшего Патриарха и Священного Синода о событиях, происходящих в епархиях Русской Православной Церкви, взаимодействие с правительственными, парламентскими и общественными организациями и учреждениями, средствами массовой информации; культурными, экономическими, финансовыми организациями; юридическими и физическими лицами, вступающими в официальные отношения с Московской Патриархией; представление Святейшему Патриарху и Священному Синоду материалов, касающихся церковно-государственных отношений, отношений Церкви и общества; подготовка заседаний Священного Синода. Всё это отныне легло на крепкие плечи тридцатипятилетнего таллинского архиерея. До него управделами был митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен (Извеков), коему через шесть лет суждено будет стать Патриархом.

Получив новую должность, владыка Алексий при этом не получил никакого собственного жилья в Москве. Не имея московской прописки, он мог жить только в гостиницах. По тогдашним правилам каждый немосквич мог снимать гостиничный номер только на один месяц, и Таллинскому архиепископу приходилось месяц жить в «Советской», потом на месяц переселяться в «Украину», потом из «Украины» опять переезжать в «Советскую». Впрочем, у него вскоре появился свой рабочий кабинет в Гагаринском переулке, который сразу после полёта Гагарина московские власти переименовали в улицу Рылеева. В этом кабинете он мог хранить книги и личные вещи, а в гостиничном номере держать только самое необходимое. Но своим настоящим домом владыка считал 34-й поезд:

— Признаюсь, с радостью ожидал тех нескольких часов, когда, расположившись в уютном купе, мог спокойно почитать и побыть хоть какое-то время вне служебных забот.

А забот всё прибавлялось и прибавлялось. Скончался председатель Учебного комитета Патриархии ректор Московской духовной академии митрофорный протоиерей Константин Иванович Ружицкий. И вот 7 мая 1965 года архиепископа Алексия вдобавок ко всему назначили ещё и председателем этого Учебного комитета, который руководит духовными учебными заведениями, разрабатывает методику обучения, назначает руководство, следит за учебным процессом, распределяет выпускников, проводит ректорские совещания, семинары преподавателей духовных школ по отдельным дисциплинам, сотрудничает со светскими учреждениями и организациями. Одной этой должности вполне достаточно. А тут и Управление делами Патриархии, и управление своей епархией, и работа в Отделе внешних сношений. И своего жилья в Москве нет. Но он был молод, крепок, сказывались юношеские занятия спортом, а главное, он чувствовал своё призвание, или, как правильнее сказать по-церковному, послушание.

Изредка удавалось отдохнуть во время поездок в Эстонию. Особенно осенью — не мог отказать себе в излюбленном удовольствии сходить по грибы. Да и в Подмосковье он знал грибные места — в конце 1965 года получил жильё на станции Трудовая. Помимо отдыха это ещё и давало возможность сделать запасы на зиму. Особенно Святейший любил рыжики, засаливал их в больших количествах. Вот его собственный рецепт:

— Идеально рыжики собирать в сухую погоду и не мыть. Но грибы чаще всего бывают в песке, поэтому сполоснуть холодной водой придётся, потом пусть она вся стечёт по возможности. А вот если рыжики со мха, то тогда их можно не мыть, обтереть чистой тряпочкой и всё. Дальше укладывать в ведро шляпками вниз. Обязательно рядами. Каждый ряд — посолить. Накрыть всё чистой тряпицей, сверху накрыть большой тарелкой или крышкой и придавить гнетом. Два-три дня, и пожалуйте к столу — грибы готовы! А вообще-то рыжики можно есть сразу. Срезал в лесу, обмакнул в соль — и кушай на здоровье. Это единственный гриб, который готов к употреблению прямо «с грядки». Почитайте «Тихую охоту» Солоухина — он прекрасно пишет об этом.

Книга Солоухина про грибы на самом деле называется «Третья охота», но об этом писателе Святейший припомнил не случайно. Имя его запало в душу с конца пятидесятых — начала шестидесятых, когда появились «Владимирские просёлки», в которых не очень-то по-советски описывалась русская деревня, а потом — очерки об иконах, собранные в книгу «Чёрные доски». Впервые со страниц книги, вышедшей в СССР, с огромным уважением говорилось о святых православных образах, пусть лишь как о предметах искусства, но всё равно — с уважением. И не последовало никакого начальственного окрика. Люди увлеклись собиранием икон, а у кого оставались дома иконы, перестали подумывать: а не выбросить ли сей хлам? Что-то менялось, и в лучшую сторону, а книги, подобные солоухинским, свидетельствовали о переменах, как ласточки о весне.

Образ Советского Союза в мире перестал быть звероподобным, сначала после полёта Гагарина, а потом после советских мирных инициатив и особенно после начала американской агрессии во Вьетнаме. Отныне звероподобными стали американцы, выжигающие напалмом вьетнамские деревни. Свидетельством иного отношения к нашей стране в мире стало присуждение Нобелевской премии Шолохову, официально признанному корифею советской литературы. Калатозовские «Летят журавли» получили «Золотую пальмовую ветвь» в Каннах, шукшинский «Живёт такой парень» — «Золотого льва» в Венеции, а шедевр С. Бондарчука «Война и мир» — «Оскара» в Америке.

Летом 1966 года в Женеве прошло заседание Всемирной конференции «Церковь и общество». Среди четырёхсот делегатов на ней присутствовал Таллинский архиепископ Алексий, которого выбрали президентом ещё и этой международной религиозной организации, также вступившей в борьбу за мир и решительно высказавшейся за немедленное прекращение войны во Вьетнаме. В это же время в Москве проходил «антиамериканский визит» Шарля де Голля, только что выведшего Францию из НАТО. «Да здравствует Р-россия, сказал де Голль, грассируя», — отозвался поэт Феликс Чуев на то, как президент Франции заканчивал каждое своё выступление.

Поездке владыки Алексия в Женеву предшествовало ещё одно скорбное событие жизни — похороны бывшего его тестя. Бывший архиепископ Таллинский Иоанн (Алексеев), переведённый в Нижний Новгород, на берегах Волги стал болеть, в 1965 году ушёл на пенсию, а 16 июня 1966-го скончался. Тело перевезли в Таллин, где в Александро-Невском соборе нынешний архиепископ Алексий (Ридигер) отпевал усопшего, говорил слова утешения родственникам владыки Иоанна, в числе которых со своим вторым мужем была и Вера Георгиевна Мянник.

Вот уже несколько лет не выходило никаких постановлений по усилению борьбы с Церковью, почти не закрывались храмы, не повышались налоги священнослужителям.

В феврале 1967 года в Ленинграде были арестованы члены крупной подпольной антисоветской организации «Всероссийский социал-христианский