Верховный совет инквизиции, во главе которого находился генеральный инквизитор, назначавшийся королем, был органом монархического правительства, как и все остальные советы (Кастильский, Финансовый, Колониальный), которые окружали правителя. Но из-за своей духовной функции он обладал особой независимостью. Его власть осуществлялась посредством пятнадцати «трибуналов», или местных инквизиций, штат которых включал судей, «консультантов» и «квалификаторов», дававших теологическое заключение (заблуждающийся, близкий к ереси, еретик и т. п.) по поводу выступлений и преступлений против веры, и, наконец, прокурора, который был обязан поддерживать обвинение. Кроме того, инквизиция располагала штатом «приближенных», которые представляли собой нечто вроде полиции на общественных началах, и зачастую в ней служили люди, фанатично преданные делу. Численность этого штата в XVII веке была весьма значительной: вероятно, более двадцати тысяч человек, поскольку многие желали пользоваться привилегиями, полагавшимися тем, кто был на службе инквизиции (и самой ценной из них была та, что позволяла избегать всех остальных судов), а также из-за престижа, который обеспечивала эта служба и который все более возрастал по мере того, как надо было предъявлять все более убедительные «доказательства чистоты крови», требовавшиеся Святой службой. Весьма важные персоны, известные писатели — такие, как Лопе де Вега — удостоились чести служить в рядах этой полиции.

Действия инквизиции были направлены одновременно против идей и людей. В каждом крупном городе, обычно во время поста, зачитывался «Эдикт веры», чему предшествовала торжественная процессия, а по оглашении эдикта произносилась проповедь в церкви или на городской площади. Текст эдикта призывал верующих сообщать о тех, «кто поддерживает еретические мнения, о подозреваемых, заблуждающихся, дерзких, о тех, кто ругается, скандалистах и богохульниках против Господа нашего Бога и Святой католической веры… и особенно о тех, кто остается привязан или выражает благосклонные чувства к законам Моисея, сектам Магомета или Лютера, равно как и обо всех, у кого есть книги авторов-еретиков или других, чьи имена фигурируют в „Перечне запрещенных книг“, опубликованном Святой службой». Через несколько дней проводилась аналогичная церемония, чтобы предать анафеме тех, кто не подчинился сделанному ранее предупреждению: «Да снизойдут на них все проклятия небес и все казни египетские; пусть будут прокляты они и в городах, и в деревнях; пусть проклятие Содома и Гоморры падет на их головы». Воздействие этих угроз, усиленное громовыми голосами глашатаев, было велико, и нередко случалось, что люди доносили в Святой трибунал на своих самых близких родственников, а порой и на самих себя.

Следовательно, в большинстве случаев инквизиционную машину запускали после этих доносов, но инквизиторы могли и сами возбудить дело. Поскольку протестантизм в Испании был искоренен при Филиппе II, а мориски изгнаны в 1610 году, «мараны» португальского происхождения, которых подозревали в тайной приверженности иудаизму, представляли собой в первой половине XVII века главный объект внимания со стороны инквизиции. Но более многочисленным контингентом среди обвиняемых были «озаренные», колдуны, монахи, осужденные за «вовлечение», и псевдомистические монахини, что симулировали религиозный экстаз, к которым добавлялись те, на кого донесли за богохульные речи или чтение запрещенной литературы.

С того момента, когда осужденного помещали в «секретную тюрьму» инквизиции, он в некотором роде переставал существовать для этого мира, поскольку вся процедура проводилась в величайшем секрете. Ни имена доносчиков, ни имена свидетелей не упоминались во время процесса, и даже приговор не становился публичным достоянием в момент его оглашения, поскольку Святая служба ждала, пока не накопится достаточное количество осужденных, чтобы объявить приговоры во время свершения «акта веры».

Аутодафе (auto de fe) было действительно торжественной церемонией, обычно объединявшейся с празднованием великого события: например, оно было устроено во время празднеств по случаю восшествия на престол Филиппа IV в 1621 году; в другой раз она состоялась в следующем году по случаю поправки после родов королевы Изабеллы Бурбонской. Этот характер празднования, к участию в котором привлекались все жители города, мог бы показаться странным и даже несколько кощунственным, если не учитывать того, что речь шла о праздновании, впечатляющей манифестации триумфа истинной веры и о наведении страха на ее врагов. Поэтому описания наиболее значительных аутодафе распространялись в народе с целью наставления верующих. Можно также встретить их многочисленные описания в рассказах иностранных путешественников, которых особенно поражала необычность зрелища.

Утром, в то время как звонили колокола, а в церквях проводились мессы за упокой души тех, кто должен был умереть в этот день, приговоренных выводили из тюрем и выстраивали в длинную процессию, которая затем направлялась к месту церемонии. Барабаны и трубы возвещали о начале шествия. Впереди несли штандарт с гербом инквизиции, на котором были изображены крест, шпага и оливковая ветвь — символы справедливости и милосердия. За ними шла масса «приближенных», построенных в когорты. Они несли другие штандарты, кресты и зажженные свечи. Их сопровождали монахи, принадлежавшие различным религиозным братствам. За ними следовала скорбная группа осужденных. Каждый из них шел в сопровождении двоих «приближенных», держал в связанных руках желтую свечу и был одет в sambenito — желтую тунику с крестом Святого Андрея, украшенную иногда рисунком, изображавшим вид казни, которой будет подвергнут осужденный. Трагическую и нелепую фигуру приговоренного завершал длинный заостренный колпак (coroza). «За этой жуткой толпой, которая сама себе была похоронной процессией», по словам Бартелеми Жоли, шли представители светских и церковных властей: магистрат и муниципальные судьи, королевские чиновники, «служители» инквизиции, наконец, инквизиторы (в Мадриде — генеральный инквизитор), которых сопровождал епископ города, представлявший папу римского. «Все пели Credo тихим голосом, и, глядя на этот спектакль, создавалось впечатление, что свершается Божий приговор, и Он сам сошел с небес, чтобы привести его в исполнение». На протяжении всего пути следования процессии у окон и у закрытых дверей лавок скапливалась толпа, в молчании взиравшая на этот впечатляющий спектакль, и лишь иногда из толпы слышались оскорбления в адрес приговоренных.

На месте, отведенном для аутодафе, был установлен большой эшафот, обычно выстроенный в форме латинского U: в центре находился алтарь, перед которым водружались штандарт, зеленый крест инквизиции и кафедра для проповеди. Там же устраивалась и часть черного и белого духовенства. Справа за инквизиторами и епископом сидели инквизиторский штат и представители властей (в Мадриде — члены различных советов); напротив них, с другой стороны трибуны, было отведено место для приговоренных, куда они поднимались по ступеням в сопровождении и при помощи «приближенных» и монахов, которые старались приободрить их. На самых высоких ступенях помещались те, кому предстояло умереть; ниже — те, кого ждали тюрьма или галеры; наконец, в самом низу были те, кто мог отделаться простым покаянием. Вокруг эшафота собиралась толпа пришедших поглазеть на зрелище.