Конечно, была исследована не только мтДНК, но и содержащаяся в ядрах клеток – в половых и неполовых хромосомах. Мы еще не рассказывали, как палеогенетики узнают, мужчине или женщине принадлежит фрагмент кости, а именно эту задачу надо было решить для образцов 146 и 147. Ведь X- и Y-хромосомы разрушены, увидеть под микроскопом их не удастся, приходится искать гены, характерные для той и другой.

Обычно для этого используют гены амелогенина – белка, который экспрессируется в зубной эмали при формировании нового зуба. Замечателен он тем, что его гены имеются и в X-, и в Y-хромосоме, но отличаются по размерам: “мужской” вариант длиннее. Если поставить амплификацию этого гена, у женщины (хромосомы XX) на электрофорезе будет одна полоска, а у мужчины (XY) – две.

Однако при малом количестве материала фрагмент Y-хромосомы с амелогениновым геном может потеряться, и тогда мы ошибочно примем мужской образец за женский. Поэтому исследователи подобрали в дополнение к коммерческим собственные маркеры для определения пола (некоторые из них были запатентованы). Обе системы идентификации дали один и тот же результат: образец 146 принадлежал лицу мужского пола, а 147 – женского, что соответствовало исходному предположению о царевиче Алексее и великой княжне Марии. Дополнительно теми же методами был подтвержден пол останков из первого захоронения.

Заметим, что анализ половых хромосом и аутосом в случае древней ДНК становится непростой задачей. Для анализа STR-маркеров, как мы помним, не требуется секвенирование, определяется только длина участков ДНК между известными последовательностями, а длина у разных людей варьирует в зависимости от числа этих самых повторов. Но, когда ДНК сильно деградирована, невозможно следовать готовой методике даже в простейших вопросах: например, сколько ДНК брать для анализа. Приемы, увеличивающие чувствительность, приходилось изобретать на ходу.

И это исследование прошло успешно: все данные по STR в аутосомах соответствовали семейному распределению, то есть каждый конкретный вариант, найденный у любого из детей, имелся также либо у матери, либо у отца.

Группа Рогаева также исследовала ДНК родственников Николая по мужской линии – по STR-маркерам в Y-хромосоме. (Значительную часть этой работы проделала Анастасия Григоренко.) Для Николая II такой анализ раньше не делался, а ДНК наследника вообще была получена впервые. С образцом 146 было особенно сложно, ДНК в нем оказалась разрушена сильнее всего, но удалось получить убедительный результат и для него. И по этой линии родство подтвердилось, STR-маркеры Y-хромосомы из останков отца и сына полностью совпали с такими же маркерами ныне живущих родственников царя по мужской линии. В то же время Y-хромосомы посторонних людей (например, самих исследователей) давали совершенно иную картину. И опять-таки, как и в случае мтДНК, поиск в базах данных не выявил ни одного совпадения по всем 17 исследованным маркерам.

Однако идентификацию образца 4 хотелось провести с максимальной достоверностью. И здесь ученым повезло. Как уже говорилось, в 1891 г., во время кругосветного путешествия наследника престола, в Японии на него было совершено покушение: Николай Александрович получил рубящий удар саблей по черепу. С тех пор, более 100 лет, в Эрмитаже хранилась рубашка Николая, запятнанная кровью, и В. Н. Соловьев сумел организовать ее исследование. Сотрудники Эрмитажа позволили Евгению Рогаеву осмотреть рубашку, но уносить ее в лабораторию не разрешили: образцы пришлось брать на месте, под присмотром.

Шансы на успех казались проблематичными. Рубашка хранилась как музейный экспонат, а не как “биоматериал”, бывала на выставках, лежала на свету, возможно, подвергалась действию реагентов, которые способствуют сохранению ткани, но разрушают ДНК… Тем не менее попытка была предпринята. Стерильным ватным тампончиком взяли мазки из разных мест на рубашке, причем из каждой точки по три мазка: если первый окажется загрязненным, то, возможно, последние будут чище. Экстракцию ДНК опять проводили в двух научных центрах – в ИОГене и Массачусетсе. Естественно, вся работа велась с массой предосторожностей и многочисленными контролями.

Первый же анализ коротких ампликонов мтДНК показал очень четкую картинку. Качество было значительно выше, чем у ДНК из костных фрагментов. Совпали и все редкие полиморфизмы, и гетероплазмия. Имело смысл попытаться исследовать и ядерную ДНК. Такая попытка была предпринята, и с Y-хромосомой все получилось так же удачно. Кровь на рубахе и скелет № 4 оказались генетически идентичными.

Мы уже обсудили, почему результаты экспертизы не нравятся монархистам и церкви, но что с учеными? Говорят, например, что “японский ученый Тацуо Нагаи опроверг результаты ДНК-идентификации Романовых”. Что за ученый и как он опроверг?

Со времен того самого покушения в Японии хранился платок с пятнами крови Николая. В 1990-е годы наши эксперты пытались исследовать ДНК из этого образца, но попытка была неудачной, в предоставленном им клочке годной для анализа ДНК не оказалось. А Тацуо Нагаи в 1997 г. заявлял, что ему это удалось и что полученный ДНК-профиль не совпадает с результатами Иванова и Гилла. Правда, нигде в рецензируемых журналах он не опубликовался, но противники идентификации “екатеринбургских останков” как царских сразу сказали: “Ага!”

В 1999 г. Нагаи сделал попытку с новыми материалами – предположительно от Георгия Александровича, и на этот раз опубликовался[85]. Правда, только на японском языке. Среди соавторов был некий доктор Вячеслав Л. Попов – по всей очевидности, д.м.н. Вячеслав Леонидович Попов, криминалист и судебный медик, который принимал участие в идентификации останков Романовых, дал по этому поводу в июле 2017 г. большое интервью порталу Православие.ру[86] и даже написал книгу.

В той части интервью, которая посвящена генетическим исследованиям, много странного, например, сообщение о возможной незаконнорожденности принца Филиппа: мол, есть информация из непоименованных зарубежных источников, что “его матушка «гульнула» на каком-то корабле”, говорит уважаемый криминалист. Все поклонники британского королевского дома удивленно подняли брови… Ну хорошо, как учит нас дело о Ричарде III, такие вещи с известной вероятностью случались даже и в британском королевском доме. Однако напомним еще раз: у Филиппа смотрели митохондриальную ДНК! Ту самую, которая передается от матери к детям без изменений и вне зависимости от отцовского генетического вклада. Для данного исследования абсолютно неважно поведение его матушки, бабушки, прабабушки и самой прапрабабушки королевы Виктории, неважны отцы их детей – важна только женская линия, а случаи удочерения в этом благородном семействе на данном участке ветви неизвестны. И как быть с другими современными участниками исследования? Неужели Ксения и Тихон тоже пригульные либо приемыши? Это уже как-то немонархично…