27 августа верховный правитель адмирал Колчак произвел смотр батальону и остался очень доволен его внешним видом. В начале сентября батальон отправился на фронт и первоначально поступил в резерв 3-й армии, а с 4 сентября он стал подчиняться командиру Уфимской группы генерал-майору С.Н. Войцеховскому. Практически все время батальон находился в боях. Наиболее тяжелые бои моряки выдержали 10 сентября в районе деревни Поломская, в ночь с 10 на 11 сентября — в селе Дубровное. В этом бою геройски погибли командир батальона капитан 2-го ранга П.В. Тихменев, один из ротных командиров старший лейтенант И.М. Де-Кампо Сципион, 12 офицеров, а также 18-летний доброволец Олег Заварин. К концу октября в батальоне осталось лишь несколько десятков человек, после чего в Омске приказом от 23 октября его переформировали в двухбатальонный полк. Из Омска полк выступил 13 ноября в направлении Новониколаевска. На следующую ночь красные взяли Омск…

Во второй половине января 1920 г., участвуя в Сибирском Ледяном походе, Морской полк вышел из тайги в районе Братского Острога. Командир полка полковник В.Д. Песоцкий вступил в переговоры с командованием 1-й Братской партизанской дивизией с целью добиться разрешения дальнейшего беспрепятственного движения полка в направлении Иркутска. Эта информация подтверждается и оперативными сводками большевиков. Разрешение было получено, т. к. положение красных партизан в этот период, несмотря на их численное превосходство, оказалось довольно шатким Дальнейший путь полк, сохранив вооружение, продолжил под конвоем из партизан.

Через некоторое время делегация от полка направилась в Иркутск для переговоров с Д.Е. Зверевым, командующим Восточно-Сибирской советской армией. Он дал разрешение на дальнейшее движение в сторону Иркутска, но при условии сдачи почти всего оружия и боеприпасов. Как только морские стрелки сдали оружие, красные партизаны взялись грабить имущество чинов полка.

Вскоре командир полка со своим заместителем отбыли в штаб 5-й красной армии (и впоследствии перешли на сторону красных), а командование полком перешло к старшему лейтенанту Д.Н. Федотову.

Возглавляемые им остатки полка продолжали двигаться к Иркутску, где всех чинов полка посадили в тюрьму. Оттуда им с большим трудом удалось выбраться стараниями того же Федотова. По свидетельству современников, «… только чудо и хладнокровие спасло Д.Н. Федотова и его офицеров от расстрела». После этого Морской полк прекратил свое существование, а большая часть его чинов вскоре была арестована органами ЧК, но уже в индивидуальном порядке. Дальнейшие судьбы морских стрелков сложились по-разному.

В 1921–1922 гг., в период командования контр-адмиралом Старком Сибирской флотилией, в ее составе возродились морские стрелковые формирования. Первоначально была создана Отдельная рота морских стрелков, в дальнейшем развернутая в Отдельный батальон. В состав батальона вошли некоторые офицеры, служившие в Корпусе морских стрелков в 1919 г., а его командиром в августе 1921 г. назначили полковника B.C. Цымбалова, ранее командовавшего 3-м полком дивизии морских стрелков. В августе 1922 г. батальон насчитывал 340 матросов и 38 офицеров. По словам историка белых армий Восточного фронта Б.Б. Филимонова, в роте морских стрелков «…была строгая дисциплина, порядок, приличные жизненные условия». Дальневосточные морские стрелки ушли в эмиграцию на кораблях Сибирской флотилии осенью 1922 г. В составе Морских сил на Дальнем Востоке в период 1918–1922 гг. существовал еще ряд морских стрелковых подразделений, как постоянных, так и временных. Эта тема требует отдельного исторического исследования.

Немногочисленные морские части, воевавшие на суше, показали себя весьма боеспособными. Этому способствовала сплоченность, корпоративность и приверженность флотским традициям командовавших ими офицеров. Думается, эти части, несмотря на короткое время существования, сыграли видную роль в вооруженных силах белых армий в Сибири.

Морские учебные заведения, существовавшие на подконтрольных Белым правительствам территориях, можно разделить на два вида — высшие учебные заведения, конечной целью которых был выпуск офицеров флота, и различные школы, готовящие специалистов из числа матросов и унтер-офицеров. Высших морских учебных заведений, продолжавших в той или иной мере традиции Морского корпуса, в период Гражданской войны существовало два — Морское училище во Владивостоке и Морской кадетский корпус в Севастополе.

Морское училище во Владивостоке открылось в ноябре 1918 г. на базе направленной осенью 1917 г. для прохождения плавательной практики из Петрограда во Владивосток 3-й роты Отдельных гардемаринских классов, состоявших из гардемарин, учившихся в расформированном Временным правительством Морском училище. Учебное плавание по Восточным морям на вспомогательном крейсере «Орел», миноносцах «Бойкий» и «Грозный» продолжалось до июня 1918 г. За это время в России произошли трагические революционные события, естественно, отразившиеся и на судьбе учебного отряда. Так, во французском порту Сайгон корабли покинула вся команда, а также часть, впрочем меньшая, офицеров и гардемарин. Молодые моряки, не пожелавшие примкнуть к революционно настроенным коллегам, отправившимся в Россию, решили принять участие в борьбе с большевиками в частях атамана Семенова и в составе харбинской морской роты. Тем временем летом 1918 г. пала советская власть в Приморье, и 3 ноября 1918 г. оставшиеся в Сайгоне гардемарины во главе с капитаном 1-го ранга М.А. Китицыным (начальником отряда) получили приказ вернуться во Владивосток для продолжения обучения в воссоздаваемом Морском училище.

Помимо вновь прибывших гардемарин состав училища пополнился морскими кадетами и гардемаринами других рот Гардемаринских классов и Морского училища, оказавшимися на Дальнем Востоке. С другой стороны, часть гардемарин по разным причинам отчислили. Училище начало занятия в составе 129 человек. Помимо обучения гардемаринам пришлось принимать участие и в боевых действиях против партизан и в подавлении восстаний генерала Р. Гайды (17–18 ноября 1919 г.) и Егерского батальона (25–26 января 1920 г.). Летом 1919 г. был произведен набор во 2-ю, младшую роту училища. Одновременно гардемарины проходили практику на кораблях Сибирской флотилии.

После падения власти Колчака и приближения к городу красных партизан возникла угроза и для существования Морского училища. Последовало решение эвакуировать его на вспомогательном крейсере «Орел» и посыльном судне «Якут». При эвакуации 31 января 1920 г. училище насчитывало свыше 40 офицеров и более 250 кадет и гардемарин. Подробное описание этого отважного, очень сложного и полного опасных приключений похода двух кораблей достаточно изучено. Отметим только следующее — в Сингапуре 11 апреля 1920 г. был произведен первый выпуск 119 человек в корабельные гардемарины (начальник отряда не имел права присвоить им чин мичмана). Этот выпуск получил неофициальное название в честь начальника Морского училища, известною русского подводника капитана 1-го ранга М.А. Китицына — «Китицынский».

12 августа «Орел» и «Якут» пришли в югославский порт Дубровник, где командование флота, находящееся в Севастополе, приказало вернуть мобилизованный в начале войны «Орел» Добровольному флоту. Путь в Севастополь продолжил только «Якут». Большая часть гардемарин и корабельных гардемарин, считая дальнейшую борьбу бесполезной, отказалась следовать в Крым Они предпочли решать свою дальнейшую судьбу самостоятельно. Вместе с Китицыным в Крым прибыли 111 (по другим данным — 96) гардемарин. «Якут» пришел в Севастополь за пять дней до общей эвакуации Крыма.