В 18.01 «Фарватер» снялся с якоря. По свидетельству мичмана Петренко, «поведение всего личного состава было блестящим и в смысле проявления мужества перед лицом крайней опасности. Не было отказа в выполнении приказаний. Паника отсутствовала. Не имея никакой надежды на спасение, люди гибли как герои, порой с шутками на устах. Гардемарин Аникеев, утопая, крикнул: „Прощай, Аякс!“». Всего из 23 человек офицеров и команды погибло 16 (по другим данным — 17) человек.

Сохранилась выдержка из дневника одного из спасшихся с этого корабля — гардемарина Иванова (к сожалению, все фамилии в дневнике зашифрованы первыми буквами инициалов). «16 января 1923 г. в 6½ утра мы сели на мель и никакие попытки освободиться ни к чему не привели. Нас заливало водой. Спустя 3 часа после нашей аварии нас залило совершенно. На палубе оставаться было невозможно и все стремились кто куда мог. Облепили мачты, рубку, а некоторые устроились в трубе…. гардемарин Ш. с И. опустили труб-бакштаги[26]в трубу, перевязали их в нескольких местах так, что получили нечто похожее на шторм-трап и разместились там как курьи… Результатом этих холодных и голодных суток было еще то, что мы лишились одних из лучших своих друзей, которые погибли самым ужасным образом — на глазах у оставшихся. Гардемарин П. упал с грот-мачты и разбил голову о кают-компанию, гардемарин Б. упал со стеньги фок-мачты на лебедку, гардемарина П. сорвало с вант фок-мачты и перекинуло через полубак, гардемарин Б. сорвался с самодельного сиденья (в трубе) и утонул в огненном ящике котла. Мне приходилось делать цирковые трюки, прежде чем я смог добраться до трубы с грот-мачты, где оставаться не было никакой возможности, ибо мы адски замерзли и хотели отогреться, а единственным сухим и теплым местом оставалась труба.

Из состава экипажа в 23 человека спаслось лишь 7 человек[27], и то вплавь, ибо ни одна шлюпка не смогла к нам подойти в такую зыбь…»[28]

23 января флотилия прибыла на Филиппины. В Манилу пришли 7 кораблей — «Диомид», «Взрыватель», «Патрокл», «Свирь», «Улисс», «Илья Муромец» и «Батарея». Малые корабли и катера — «Страж», «Фарватер», «Стрелок» и «Резвый» — остались в Шанхае. «Байкал», «Магнит» и «Парис» задержались там из-за ремонта и вскоре тоже пришли в Манилу. На первых кораблях на Филиппины прибыло 145 морских офицеров, 575 матросов, 113 женщин и 62 ребенка. До тридцати человек, записанных в команду, составляли мальчики от 13 до 14 лет. По прибытии кораблей команды построились и приветствовали американский флаг; американцы, в свою очередь, подняли русский флаг на стеньгах своих кораблей.

Характеризуя состояние флотилии к концу похода, адмирал Старк писал: «…флотилия исчерпала все свои силы… корабли, по состоянию своих корпусов и механизмов, своей способности совершать походы, а личный состав, в массе все же недостаточно натренированный, находился в состоянии моральной и физической усталости. (…) Нельзя не отметить, однако, с гордостью, что иностранцы, осматривавшие наши корабли, поражались малыми размерами их и относительной изношенностью по сравнению с большим походом, сделанным нами от Владивостока, и не хотели верить цифрам пассажиров, перевезенных нами на этих кораблях по открытому морю».

Американцы радушно приняли русских моряков и беженцев. Американский Красный Крест доставил провизию, после дезинфекции и бани офицеры и матросы вернулись на корабли, а женщин и детей разместили на берегу. Американский флот принял на хранение огнестрельное оружие нижних чинов, оставив в неприкосновенности офицерские револьверы и винтовки.

Из беседы Старка с генерал-губернатором Филиппинских островов генералом Леонардом Вудом выяснилось, что положение флотилии, несмотря на благожелательное отношение американцев, весьма неоднозначно. Во-первых, по американским законам интернирование кораблей (как фактически произошло с Русской эскадрой в Бизерте) было невозможно. Во-вторых, в этот период уже разгорался конфликт между представителями американских властей и властей местного самоуправления. В-третьих, по местным законам каботажное плавание иностранных судов было запрещено. Генерал-губернатор предложил внести к этому закону поправку, но реализовано это предложение так и не было. Помощь флотилии мог оказать американский Красный Крест и местное общество на добровольных началах.

Перед чинами флотилии и беженцами резко встала проблема трудоустройства. Даже само местное население работало за мизерную зарплату, и все равно работы всем не хватало. Кроме того, климатические условия были крайне непривычны для русских людей. Сложно оказалось и организовать переезд всего личного состава и беженцев в Америку, так как по американским законам эмигранты должны были сами оплатить дорогу. В итоге снабжение флотилии провизией на себя взял американский Красный Крест.

Неопределенность положения и большая моральная усталость команд привели к возникновению «брожения» среди части личного состава. По свидетельству Старка, «… самым беспокойным элементом оказались женщины — матросские жены». В американский Красный Крест были посланы два безграмотных анонимных письма от имени «русских несчастных женщин, жены и матери беженцев матросов бывшей Сибирской флотилии» и «группы матросов» (оба письма датированы 8 февраля 1923 г.) с расплывчатыми и надуманными жалобами на начальство и тяжелые жизненные условия. Письма эти были пересланы адмиралу Старку без каких-либо комментариев. После этого он издал обширный приказ № 47 от 13 февраля 1923 г., в котором призвал личный состав к порядку, а чем-либо недовольным рекомендовал возвращаться в Советскую Россию.

В дальнейшем, несмотря на либеральные взгляды американских властей, которые не препятствовали свободному передвижению русских по территории Манилы, дисциплина продолжала неуклонно падать. 24 февраля 1923 г. произошел бунт на канонерской лодке «Магнит». Несколько матросов выкрали оружие из офицерских кают, а затем, воспользовавшись первым попавшимся формальным поводом, подняли бунт. На «Магнит» был высажен караул с флагманского ледокола «Байкал», но арестовать зачинщиков не удалось. Вскоре был вызван американский караул, который даже не успел взойти на корабль, как бунт был подавлен. В итоге, после разбора обстоятельств произошедшего 12 участников бунта получили различные приговоры (по русским законам) — начиная от смертной казни и ниже. Но «…ввиду исключительности переживаемого времени и особенных условий жизни…» суровые приговоры были заменены различными не очень большими сроками заключения в американской тюрьме и лишением воинского звания для некоторых подсудимых. После этого случая серьезных беспорядков на флотилии не происходило.

Продолжались попытки решения проблемы трудоустройства русских эмигрантов. Капитан 1-го ранга Б.П. Ильин попытался создать механическую мастерскую (вместе с шестью механиками и машинными кондукторами), но просуществовала она очень недолго.