12 декабря 1918 г. приказом управляющего Морским министерством контр-адмирала М.И. Смирнова № 29 для бригады была установлена форма одежды защитного цвета, по образцу пехотных частей, но с рядом отличий. Так, на левом рукаве носился вышитый якорь синего цвета. Офицеры носили погоны флотского образца с вышитыми литерами «М.С.» приборного цвета с накладной медной арматурой, изображающей либо две скрещенные винтовки (для офицеров морских стрелков), либо две скрещенные пушки (для офицеров морских стрелков — артиллеристов). Унтер-офицеры и рядовые должны были носить на погонах черные буквы «М.С.». Офицерам полагалось носить оружие флотского образца (т. е. кортик), но допускалось ношение и шашек. 1 февраля 1919 г. приказом за № 45 унтер-офицерам и рядовым присвоили черные погоны с литерами «М.С.» и желтой арматурой.

К 23 марта 1919 г. в бригаде удалось укомплектовать два батальона и команду связи штаба бригады, сформированные в Красноярске. В первом батальоне по спискам числилось 1050 человек, во втором — 521. Всего по спискам в бригаде числилось 1637 человек рядового и унтер-офицерского состава, из них 236 добровольцев, остальные — мобилизованные. Состав добровольцев оказался достаточно пестрым: заявления с просьбой о зачислении в бригаду подавали самые разные люди — от офицеров флота до учеников учительской семинарии и гимназистов включительно.

Из списков личного состава видно, что бригада являлась морской только по названию и подчиненности Морскому министерству. Моряки занимали в ней только штабные и командные должности, вплоть до уровня ротного командира. Основную массу командиров составляли сухопутные офицеры разных родов оружия. Окончательно положение сухопутных офицеров в бригаде было оформлено постановлением Совета министров Всероссийского правительства Колчака № 85 от 10 января 1919 г. Был учрежден Корпус морских стрелков. В соответствии с «Временным положением об офицерах Корпуса Морских стрелков», офицеры сухопутных войск при поступлении в части морских стрелков переименовывались в морские чины.

Третий и четвертый батальоны бригады сформировались в апреле — мае 1919 г. Местом формирования третьего батальона назначалась Пермь, четвертого — Уфа.

С 23 декабря 1918 г. по 14 марта 1919 г. в составе бригады находился бронепоезд, вооруженный одним 75-мм и тремя морскими трехдюймовыми (так они называются в документах; возможно, речь идет о сухопутных «трехдюймовках» на морских станках) орудиями. Бронепоездом командовал капитан 2-го ранга П.П. Феодосьев, которою впоследствии сменил лейтенант Н.Н. Гакен. 14 марта бронепоезд передали Военному ведомству (без личного состава, орудий и боезапаса).

Стрелковое оружие для двух батальонов бригады выделялось союзниками (французами). Хотя из 1700 винтовок бригада получила почти все (1660 штук), но многие были учебные или непригодные для стрельбы.

Первоначально организация бригады предусматривала тесное взаимодействие ее с Речной боевой флотилией, сформированной для действий на Каме, даже размещение части обоза на плавсредствах. В итоге бригада действовала как самостоятельная сухопутная часть, и время от времени — совместно с флотилией.

Впрочем, в документах упоминаются и «Морские стрелки Речной боевой флотилии». В частности, 24 мая 1919 г., согласно приказанию командующего Речной боевой флотилией, был утвержден временный штат артиллерийского взвода при 1-м батальоне Морских стрелков Речной боевой флотилии. Комплектовалась морскими стрелками также комендантская полурота Нижней опорной базы флотилии, следовательно, вполне можно предположить, что и другие вспомогательные подразделения также комплектовались ими. В мае 1919 г. к штабу бригады прикомандировали пароход «Удалый» (командир — мичман Сивов).

На сегодняшний момент о боевых действиях бригады известно достаточно мало. 1-й батальон отправился на фронт в середине апреля 1919 г. (перед выдвижением ему был вручен знаменный флаг). Батальон разделили на две части: три роты вошли в состав Западной армии, одна рота — в состав Сибирской армии. 2-й, 3-й и 4-й батальоны, по свидетельству капитана 1-го ранга Фомина, «…действовали вне связи со штабом бригады в двух различных армиях». В июне 1919 г. 1-й и 4-й батальоны числились приданными Сибирской армии; в своем составе они насчитывали 930 штыков, 4 пулемета и одно трехдюймовое орудие.

24 июня 1919 г. Отдельную бригаду Морских стрелков переформировали в дивизию, по штатам приравненную к Сибирской стрелковой дивизии. 28 июня последовал приказ о формировании при дивизии Морской артиллерийской бригады в составе 2 легких артиллерийских дивизионов, б легких батарей, 2 четырехорудийных 6-дюймовых тяжелых батарей, 8 пулеметных взводов и артиллерийского парка. Однако 20 июля выходит приказ начальника штаба верховного главнокомандующего № 658, в котором предписывалось сформировать Управление начальника артиллерии дивизии и отдельный артиллерийский парк. Артиллерию предписывалось иметь в следующем составе: легкий трехбатарейный дивизион (четырехорудийные батареи), отдельная гаубичная или тяжелая батарея (четырехорудийная). Недостающие предметы артиллерийского, инженерного и интендантского снабжения предполагалось взять из соответствующих управлений Военного ведомства. Местом формирования артиллерии назначался г. Бийск. Формирование следовало закончить к 31 августа 1919 г.

В июле, после отступления от Перми дивизия в «достаточно потрепанном» состоянии была сведена воедино и получила самостоятельный участок фронта в составе Северной группы Сибирской армии. Во время тяжелых боев июля — августа дивизия потеряла практически весь личный состав. 3 августа вышел приказ начальника штаба верховного главнокомандующего о сформировании из остатков частей дивизии Егерского батальона и придании его ко 2-й армии. Но приказ этот был отменен, и в середине сентября дивизию переформировали в Новониколаевске. Перед падением Омска (14 ноября 1919 г.) дивизия выдвинулась на фронт, не успев закончить формирование. В этот период (ноябрь — декабрь) дивизион артиллерии морских стрелков под командованием полковника Саенко находился в Барнауле. Насчитывал он около 12–16 легких орудий английского образца. Он участвовал в обороне города от красных партизан 6–9 декабря. Во время отступления осенью 1919 — зимой 1920 г. дивизия находилась в арьергарде, с честью прошла Сибирский «Ледяной» поход. К моменту подхода к озеру Байкал (конец февраля 1920 г.) в составе дивизии осталось около 300 человек, после чего она была влита в другую часть и перестала существовать как самостоятельное подразделение. 1 февраля 1920 г. по приказу главнокомандующего всеми вооруженными силами Дальнего Востока и Иркутского военного округа генерал-лейтенанта атамана Г.М. Семенова № 116 все управления, учреждения и части Морского министерства Всероссийского правительства адмирала Колчака расформировали.

Отдельный морской учебный батальон начал формироваться в Омске 4 августа 1919 г. Он насчитывал 1694 рядовых и унтер- офицеров и до 70 офицеров. «В состав его вошли команды кораблей 1-го и 2-го дивизионов боевых судов, комендантская команда Главной базы и рабочие Ижевского ружейного завода». Командовал батальоном капитан 2-го ранга П.В. Тихменев (до 1917 г. служил в Гвардейском экипаже). Ротными командирами были назначены: старший лейтенант В.Г. Гессе, старший лейтенант И.М. Де-Кампо Сципион, лейтенант Г.А. Мейрер и др.