Для Чапаева новое назначение стало возвращением к боевым друзьям: к полкам и бригадам, которые он начинал формировать в Николаевске бурной весной и жарким летом 1918 года. Он вернулся к частям, с которыми почувствовал вкус войны. С ними, разинцами и пугачевцами, он одержал свои первые победы над казаками, Народной армией и чехословаками, с ними глотал горький от пожаров и порохового дыма воздух неудач во время отступлений из-под Уральска. С ними он хоронил боевых товарищей, обещал отомстить врагам и помочь семьям погибших. В полках осталось немного бойцов и командиров, помнивших Чапаева по прежним сражениям, одни погибли в боях, другие были искалечены, третьи умерли от тифа, холеры и других болезней, которыми хворали простые солдаты по обе стороны фронта Гражданской войны, но эти оставшиеся внушили вновь прибывшим, что они — счастливцы, так как будут воевать под началом неуязвимого и непобедимого Чапая, который способен выйти из любой тяжелой ситуации. В Гражданской войне это настроение и доверие командиру часто играли решающую роль.

По дороге в Бузулук, где располагалась 25-я дивизия, Чапаев снова заехал в Вязовку. «Наконец доехали. Экстренно объявили на вечер устройство спектакля, а прежде часа три проводили митинг. Спектакль, пустейший по содержанию и скверный по игре, открыли только в полночь, закончив около двух часов». Похоже, Чапаев неутомимо пытался доказать комиссару, что он — не «темнота деревенская», а человек с достаточно широким кругозором, сознающий значение культуры или того, что он под этим понимал.

После короткого отдыха, вызванного недомоганием комиссара, Чапаев и Фурманов выехали в Бузулук, в штаб 25-й дивизии. Здесь между начдивом и комиссаром произошел первый конфликт, не имевший, впрочем, серьезных последствий. Если верить Фурманову, Фрунзе назначил его руководить комиссией по расследованию неудачного наступления 22-й дивизии на Мергеневскую. Чапаев подчеркнуто держался особняком, а когда Фурманов указал ему, что он — храбрый боец, но все-таки слабый стратег, вспылил: «Я скажу вам, что у нас в армии еще не было и нет такого стратега, как я. Подтверждаю, что я лучший стратег, хоть этому по книгам и не учился. А вся эта сволочь, которая меня не считает за стратега, — они просто контрреволюционеры, и больше ничего. Они меня вот и до сих пор все гоняют без дела, а на фронт не пускают. Они подкапываются под меня, вот что». Фурманов, выслушав Чапаева, сказал, что ведь и он не считает его стратегом, и, следовательно, «сволочь», после чего покинул комнату, где шел разбор операции. Вскоре, если верить Фурманову, начдив прислал покаянную записку и они помирились.

Несмотря на неудачу под Мергеневской, Чапаев и Фурманов были уверены, что казаки разгромлены и весной оставшимся на позициях войскам нужно будет лишь добить поверженного противника. Они не представляли, что всего через четыре месяца им придется возвратиться под Уральск и Лбищенск, а для Чапаева эта кампания станет последней в его воинской и полководческой карьере.

Прекращение наступления 4-й армии и оперативная пауза дали казакам долгожданную передышку, во время которой они сумели переформировать армию и восстановить боеспособность растерявшихся от серии поражений полков. Кроме того, белое командование укрепило фронт против 4-й армии за счет южных «гурьевских» полков, сражавшихся прежде на астраханском направлении и отличавшихся большей стойкостью. Среди других полков начались митинги и брожение, которое поддерживалось посланцами с красной стороны, подбивавшими казаков к перемирию.

Чтобы сохранить боеспособность армии и продолжить сопротивление большевикам, руководители казачьего войска пошла на жесткие меры. 11 марта казачий съезд распустил войсковое правительство и передал неограниченную власть генералу Владимиру Толстову. 19 марта в Мергеневской начался митинг о прекращении боевых действий. Делегаты красных и сторонники замирения с советской властью «зашикивали» казаков из учебных и других боеспособных полков. Когда один из красных парламентеров сказал, что атаман пьет кофе с сахаром в Гурьеве, в избу неожиданно вошел сам Толстов и отрезал: «Врешь, мерзавец! Атаман здесь». После этого зачинщиков и главарей собрания, а также делегацию красных расстреляли, рядовые казаки, участвовавшие в митинге, получили по 100 плетей. На следующий день атака красных на Мергеневскую завершилась неудачно, и они вскоре отошли к Лбищенску.

В начале апреля в Уральскую область прибыл отправленный ранее к Колчаку отряд илецких казаков под командованием хорунжего Бородина с ценным для армии транспортом. Кроме того, в апреле Толстов получил через Добровольческую армию от союзников 30 орудий, 15 тысяч винтовок, 100 ящиков снарядов и пять бронемашин. Всего уральцы насчитывали 15 тысяч бойцов, 50 орудий и 170 пулеметов.

Но главной причиной обострения ситуации в Уральской области было не усиление белоказачьей армии, а начатая в области политика расказачивания, которая требовала от местных властей ликвидации казачества как отдельного сословия. 24 января 1919 года было подписано и отправлено на места циркулярное письмо ЦК РКП(б) «Об отношении к казачеству»:

«Последние события на различных фронтах в казачьих районах — наши продвижения вглубь казачьих поселений и разложение среди казачьих войск — заставляют нас дать указания партийным работникам о характере их работы при воссоздании и укреплении Советской власти в указанных районах. Необходимо, учитывая опыт гражданской войны с казачеством, признать единственно правильным самую беспощадную борьбу со всеми верхами казачества путем поголовного их истребления. Никакие компромиссы, никакая половинчатость пути недопустимы. Поэтому необходимо:

1. Провести массовый террор против богатых казаков, истребив их поголовно; провести беспощадный массовый террор по отношению ко всем [вообще] казакам, принимавшим какое-либо прямое или косвенное участие в борьбе с Советской властью. К среднему казачеству необходимо применять все те меры, которые дают гарантию от каких-либо попыток с его стороны к новым выступлениям против Советской власти.

2. Конфисковать хлеб и заставлять ссыпать все излишки в указанные пункты, это относится как к хлебу, так и ко всем [другим] сельскохозяйственным продуктам.

3. Принять все меры по оказанию помощи переселяющейся пришлой бедноте, организуя переселение, где это возможно.

4. Уравнять пришлых иногородних к казакам в земельном и во всех других отношениях.

5. Провести полное разоружение, расстреливая каждого, у кого будет обнаружено оружие после срока сдачи.

6. Выдавать оружие только надежным элементам из иногородних.

7. Вооруженные отряды оставлять в казачьих станицах вплоть до установления полного порядка.

8. Всем комиссарам, назначенным в те или иные казачьи поселения, предлагать проявить максимальную твердость и неуклонно проводить настоящие указания.

9. ЦК постановляет провести через соответствующие советские учреждения обязательство Наркомзему — разработать в спешном порядке фактические меры по массовому переселению бедноты на казачьи земли».

Уральский областной революционный комитет в феврале 1919 года издал инструкцию, согласно которой следовало «объявить вне закона казаков, они подлежат истреблению». Во исполнение инструкции были использованы имеющиеся концентрационные лагеря, организован ряд новых мест лишения свободы. Член Казачьего отдела ВЦИКа Ружейников в конце 1919 года сообщал в ЦК РКП(б), что на Урале репрессии против казаков приняли массовый характер. Приемы «насаждения» советской власти среди уральских казаков сыграли ключевую роль в продолжении борьбы. Двадцатилетний Петр Петровский, сын видного большевика Григория Петровского, возглавил Уральский ревком, организованный из людей малоопытных и совершенно незнакомых со спецификой области, положением уральских казаков, их бытом, своеобразным укладом их жизни. Ружейников отмечал: