Учитывая спешность постройки, Комитет всегда был готов выделить деньги, что позволяло вести строительство одновременно более чем на 20 отрезках, протяженность каждого из которых составляла от 80 до 160 км. Так же, как на Забайкальской железной дороге, обширные участки вечной мерзлоты приходилось взрывать или растапливать с помощью костров, дрова для которых во многих местах приходилось везти за сотни километров. Многие трудности, с которыми столкнулись создатели Транссиба, повторились и на КВЖД, например, весенние паводки, смывавшие участки только что построенной линии. Но, тем не менее, строительство шло быстрыми темпами — благодаря вкладываемым ресурсам.

Однако кроме капризов природы существовали и два других препятствия, мешавших строительству дороги: болезни и недовольства. Чтобы поддержать захват Ляодунского полуострова и Порта-Артура, летом 1898 года было начато строительство 885-километровой линии между Харбином и Порт-Артуром, получившей название Южно-Маньчжурской железной дороги (ЮМЖД). Россия уже приступила к укреплению порта и превращению его в военно-морскую и угольную базу для Дальневосточного военного и торгового флотов, а для этого нужна была железная дорога. Линия проходила через самый густонаселенный район Маньчжурии. Вскоре после начала строительства в Инкоу, расположенном примерно в 320 км от Порт-Артура, разразилась эпидемия бубонной чумы. Благодаря оперативным действиям русских властей распространение заболевания удалось остановить, но паника среди китайцев, занятых на разных строительных участках, все равно возникла, и многие из них бежали, бросив работу. В 1902 года на юге Маньчжурии произошла вспышка холеры, которая распространилась на Харбин и прилегающие к линии районы. На этот раз среди заразившихся оказались русские рабочие, и снова началась паника, в результате которой на некоторых участках работы не велись большую часть летнего строительного сезона.

Китайцы подозревали, что русские специально устраивают ненужную шумиху вокруг строительства КВЖД и связанных с ним трудностей, и что на самом деле все это является частью империалистического заговора. Один из бывших управляющих линией Чин Чун Вонг в 1920-е годы писал, что, по его мнению, строительство железной дороги в целом, не считая длинного туннеля под Большим Хинганом и моста в Харбине, не представляло особой сложности, и что дело специально «приукрашивали», чтобы привлечь русских в Маньчжурию: «Есть немало доказательств тому, что швыряние денег направо и налево поощрялось. Огромные суммы тратились на возведение величественных дворцов, многочисленных казарм, роскошных клубов, великолепных церквей и школ и т. д., и все только для того, чтобы убедить русских селиться вдоль Китайско-Восточной линии)». По его мнению, именно это, а не трудности при строительстве, стало причиной огромной стоимости проекта, которая из-за включения всех дополнительных расходов в общую сумму составила 400 миллионов рублей, примерно 60 000 фунтов за версту, больше, чем на Транссибе[97]. Это несколько преуменьшает сложность строительства, поскольку на линии требовались 912 стальных и 258 каменных мостов. Но Вонг прав, утверждая, будто стоимость проекта оказалась необычайно высокой из-за того, что железная дорога задумывалась как нечто большее, чем просто транспортная система. Бесспорным является то, что русские использовали строительство линии и необходимость ее охраны как способ вбить русский клин в китайскую территорию и колонизировать Маньчжурию. Охранная стража, создание которой было оговорено в процессе переговоров, которые Витте вел с Ли, больше напоминала небольшую армию, нежели полицейское подразделение, учитывая, что ее численность быстро достигла 25 000 человек.

Само существование железной дороги, способной перевозить людей через весь континент так быстро, изменило расстановку сил в регионе. Всего за несколько дней целый эшелон казаков, которых обычно посылали утверждать русскую власть на местном уровне, мог добраться к местам беспорядков. То есть Россия делала именно то, чего, по обещанию Витте, делать была не должна, а именно, использовала железную дорогу в качестве движущей силы оккупационной политики. Это стало очевидно с началом Ихэтуаньского (Боксерского) восстания в 1899 году. С первых дней строительства на КВЖД начались набеги разбойников-хунхузов (буквально «краснобородые»), которые нападали на местных жителей и вымогали у путешественников плату за защиту. На самом деле это была наполовину узаконенная практика, поскольку купцы, направлявшиеся в сельские районы, могли купить в располагавшихся в крупных маньчжурских городах конторах страховку, после чего им выдавались охранные грамоты и маленькие флажки, которые нужно было прикрепить на повозки, — это должно было защитить их от возможного нападения. Однако эти налеты были ничто по сравнению с тем, что творилось во время Ихэтуаньского восстания, вспыхнувшего на севере Китая, когда основной целью нападавших стала Китайско-Восточная железная дорога. Движение ихэтуаней, прозванных «боксерами», объединяло консервативных националистов, отличавшихся склонностью к мистицизму: они верили, что, овладев тайными техниками, можно научиться летать. В течение недолгого времени общество пользовалось поддержкой вдовствующей императрицы Цыси, в результате чего нападения на иностранцев приобрели более жестокий характер. Ихэтуани разрушили большую часть ЮМЖД в окрестностях города Мукден, и русские рабочие бежали в страхе. Подверглась нападениям и КВЖД, поскольку обе эти линии были символами ненавистного иностранного вторжения[98].

Необходимость отвечать на бандитские нападения стала отличным прикрытием для расширения военного присутствия, а Ихэтуаньское восстание дало России дополнительный повод установить контроль над Маньчжурией и расширить свое влияние в регионе. На самом деле, по свидетельству Витте, позиции ихэтуаней никогда не были сильны в Маньчжурии, и Охранная стража могла бы без труда справиться с ними. Витте распознал уловку: «Наша армия вела себя в Маньчжурии как в завоеванной стране, подготавливая таким образом почву для будущей катастрофы. Силы “боксеров” в Маньчжурии были, в сущности, ничтожны».[99] Несмотря на то что армия наносила поражение отрядам ихэтуаней и без промедления казнила попадавшихся ей на пути хунхузов, военный министр настаивал на мощном присутствии в стране, что только усиливало напряженность. Русские подлили масла в огонь, совершив целый ряд злодеяний в отношении местного населения. Самое известное из них произошло в июле 1900 года в Благовещенске на русском берегу Амура: солдаты, получив приказ выдворить всех китайцев с русской территории, просто погнали тех через реку ружейным огнем, в результате из нескольких тысяч живыми на тот берег добрались не более 160 человек. Это было далеко не единственное военное преступление, намеренно совершенное русскими, и, конечно, подобные случаи вели к эскалации конфликта и росту насилия[100]. Инженер Югович ясно понимал намерения России, о чем впоследствии писал: «Ни для кого не секрет, что с самого начала кампании военные хотели не только покарать “боксеров”, но и осуществить насильственное присоединение Маньчжурию».