Несмотря на разбойные нападения и ущерб, причиненный линии ихэтуанями, работы продолжались благодаря созданной Юговичем армии китайских рабочих. К ноябрю 1901 года, наконец, стало возможным доехать на поезде из Москвы до Владивостока, не считая переправы через Байкал на санях или пароме, и добраться до Порт-Артура по ЮМЖД. Однако до завершения строительства КВЖД было еще далеко. Не был закончен главный туннель, поезда следовали извилистым маршрутом в обход горного массива, а многие мосты были временными, шаткими и ненадежными. Кроме того, линия имела ограниченную пропускную способность, и поезда шли очень медленно. Планировалось, что пропускная способность одноколейной на всем протяжении железной дороги сначала составит десять пар поездов в день, но разъездов, которые позволили бы достичь этого, было недостаточно, к тому же максимальная скорость составов не превышала 22,5 км/час, а на горных отрезках падала до 16 км/час. Таким образом, работа Юговича не была завершена. Понимая, что перспектива войны с Японией вполне реальна, правительство разработало ускоренную программу усовершенствования железной дороги, а Комитет выделил деньги на ее реализацию. Было построено почти 150 новых запасных путей, необходимых как для размещения ожидающих поездов, так и для увеличения потенциала грузовых перевозок, но план сделать дорогу двухколейной на всем ее протяжении из-за угрозы войны был отложен.

Конфликт становился неизбежным из-за позиции группы воинственно настроенных русских генералов, которая обретала все более шовинистический характер. Они выступали за проведение экспансионистской политики, которая неизбежно должна была привести к конфронтации, несмотря на настойчивое сопротивление и предостережения со стороны Витте. Когда в 1901 году Ихэтуаньское восстание было подавлено, Витте выступал за то, что русские войска, посланные на помощь Охранной страже, должны вернуться домой. Великие державы беспокоило русское присутствие, особенно учитывая их собственные интересы на Дальнем Востоке, и они явно не собирались позволить русским установить свое господство в регионе. Сторонники мирного урегулирования, казалось, одержали верх в 1902 году, когда был заключен договор с Китаем, предусматривавший вывод русских войск с его территории к 1903 году, и летом того же года Витте лично посетил Маньчжурию, чтобы оценить ситуацию. Однако после его возвращения стало ясно, что русские не выполняют свою часть соглашения и войска выведены лишь частично.

Царь был против полного ухода из Китая. Вместо этого он направил на Дальний Восток нового советника, воинственно настроенного генерала Петра Безобразова, (в роскошном вагоне, как с неприязнью отмечал Витте), который, по-видимому, был увлечен «грандиозными планами освоения наших дальневосточных владений, к коим он причислял Маньчжурию и Северную Корею». Безобразов имел виды не только на Маньчжурию, но и на полуостров Корею, соседний с Ляодунским. Японцы тоже претендовали на Маньчжурию и Корею и, вероятно, удовлетворились бы только последней, однако царю были больше по душе намерения Безобразова, нежели более осторожный подход Витте.

Вмешательство Безобразова исключило возможность мирного исхода. Он представил желание Витте вывести войска как признак слабости[101], и царь согласился с ним. Витте вышел из правительства, не перестав предупреждать об угрозе войны[102]. Как и следовало ожидать, переговоры между Японией и Россией касательно взаимных территориальных притязаний в регионе провалились, но царь не понимал, что угрозы Японии — это не пустые слова. Завершение строительства Транссибирской магистрали, а точнее Китайско-Восточной железной дороги и ее южного продолжения, было расценено (как и предупреждал Витте) как вызов. И Япония ответила на него так, как и следовало ожидать.

Подобно многим другим войнам, эта началась почти по ошибке, скорее из-за недопонимания, чем из желания воевать. Русские не верили, что Япония всерьез собирается нападать, тогда как японцы, со своей стороны, были уверены, что Россия удовлетворит их требования. Таппер блестяще высказался по этому поводу: «В целом, Русско-японская война явилась результатом соперничества двух государств из-за господства над чужими территориями, на которое у них не было ни малейшего законного или морального права». Предположения обоих государств относительно действий друг друга оказались неверны, и в феврале 1904 года Япония напала на Порт-Артур. После нескольких попыток взять порт японская армия высадилась на Ляодунском полуострове.

Время было выбрано японцами не случайно: они опасались, что, как только Транссиб и КВЖД будут достроены[103] и усовершенствованы, Россия получит возможность быстро переправлять значительное количество войск в Маньчжурию. Японцы хотели воспользоваться неспособностью не вполне достроенных дорог вынести бремя войны, а то, что, по имеющимся сведениям, Кругобайкальская железная дорога должна была быть закончена к 1906 году, сыграло решающую роль при выборе времени нападения. До завершения работ в Прибайкалье сообщение между Москвой и Маньчжурией занимало пять-шесть недель, но после их окончания на это потребовалось бы всего около десяти дней. В некотором смысле Россия расплачивалась за то, что Транссибирская магистраль не была построена раньше (учитывая, что план вынашивался более 40 лет). Если бы линия появилась, скажем, в 1870-1880-х годах, когда Япония только-только выходила из изоляции, она бы не смогла противостоять территориальным претензиям Российской империи. В начале же XX века, к несчастью для России, Страна восходящего солнца уже представляла собой хорошо организованную военную державу.

К моменту начала Русско-японской войны на КВЖД были проведены некоторые усовершенствования, но линия ни в коем случае не эксплуатировалась еще в полном объеме. Не были построены ни главный туннель, ни многие запасные пути и мосты, и потому пропускная способность дороги была во многом ограничена. Что касается Транссиба, то, несмотря на все усовершенствования, магистраль все еще ощущала на себе последствия экономного подхода к строительству и по-прежнему оставалась медленной, с недостаточной пропускной способностью. Особенно важным, как быстро сообразили японцы, был тот факт, что из-за отсутствия железнодорожного маршрута вокруг озера Байкал на линии образовалось «узкое место», «бутылочное горло», и не было ничего удивительного в том, что сразу после того, как война была объявлена, на обоих берегах озера возник хаос.