В 1738 году князь Юсупов согласно царскому указу был переведен в Москву. Вообще, императрица Анна Иоанновна Москву любила гораздо больше, чем северную столицу и только страх перед пресловутым «общественным мнением» помешал ей возвратить первопрестольной функции столицы. Князя Юсупова назначили на должность Московского вице-губернатора, и уже через год он представил Анне Иоанновне подробное «доношение о разных преобразованиях по Московской губернии», которое, кстати, получило Высочайшее утверждение, хотя, как предполагают многие отечественные реформы, подкрепления деньгами в большом количестве ожидать не стоило.

В 1740 году Бориса Григорьевича пожаловали в Тайные Советники, а также назначили Московским губернатором. Императрица Анна Иоанновна чувствовала по отношению к Юсупову большое доверие, не такое, как к его сестре Прасковье, которую считала колдуньей. Князю поручались задания очень непростого свойства. Так, императрицу сильно волновал важный государственный вопрос о том, кто первым упоминается во время католической службы – она или римский папа. Для получения информации об этом Николай Борисович обратился к своей хитрости. Такой ответ дал он Анне Иоанновне: «…Сего 14 числа, как о получении Высочайшего указа, так и о поручении той комиссии Иностранной Коллегии переводчику Ивану Меркурьеву… оный переводчик мне объявил, что он в той Католицкой церкви во время Божественной службы бывал и присмотреть никак не мог, ибо молитвы во время священнослужения произносят тайно по их обыкновению, а не вслух, однако тем временем спознался с тутошними патерами, а один патер из оных и в его доме насупротив затем был и обедал, и тако через частое свидание по многим разговорам причину подал о разности служения между Греческой и католицкой церквами, так и о молитвах… и сверх того тот патер сам собою показал, что они здесь в церкви во время священнослужения, в приношаемых к Богу молитвах, произносят вначале Папу, яко Викария Господа Иисуса Христа, а потом Вашего Императорского Величества Высочайшее Имя, прежде, нежели Римского Цесаря, понеже де обретаются во Всероссийской империи…». Природная смекалка и похвальное остроумие не редко помогало князю в решении довольно деликатных вопросов.

Смерть Анны Иоанновны, очередные дворцовые перевороты, появление на русском престоле дочери Петра Великого Елизаветы Петровны не усугубили личное положение осторожного и хитрого Бориса Григорьевича. «Прекрасную Елизавету» князь Юсупов и его сестра Прасковья хорошо знали еще с детских лет. Он даже одно время симпатизировал юной цесаревне, но в эпоху Бирона об этом знакомстве вспоминать не рекомендовалось. Очевидно, что Борис Григорьевич не вызывал антипатии у новой императрицы, но доверять ему, довольно «видному» деятелю правления Анны Иоанновны, Елизавета Петровна смогла лишь спустя определенное время своего царствования. Должность Московского губернатора от князя ушла, но зато в 1742 году Борис Григорьевич наконец-то смог применить свои обширные морские познания.

Согласно новому царскому указу он был назначен на пост Главного Директора Ладожского канала. Эта должность была, безусловно, ответственной, но не очень-то заметной. Также эта работа требовала затраты немалых сил. В ответственности и исполнительности Юсупова сомневаться не приходилось. Он провел и тщательно исследовал состояние водных путей Российской империи. После чего он обратился к императрице с информацией о прогнозируемых экономических выгодах, которые могут дать строительство гидротехнических сооружений на Среднерусской равнине. Князь предлагал соединить системой каналов Ладожское озеро с Волгой и Окой. Но, к сожалению, «портом пяти морей» Москва с помощью каналов стала только в двадцатом веке. Впрочем, модель великолепного маяка на память о грандиозных планах восемнадцатого столетия дошла и до наших дней. Интересовался князь не только судоходством. Императрица Елизавета Петровна довольно часто прибегала за помощью к Юсупову, привлекая его к многочисленным судебным разбирательствам и процессам над чиновниками. Особенно интересной оказалась работа следственной комиссии по делу «советника Академии наук И. Д. Шумахера, обвиненного в непорядочности и в казнокрадстве. Нельзя не упомянуть, что Юсупов заступался за великого русского ученого М. В. Ломоносова, которого обвиняли в излишнем пристрастии к горячительным напиткам. Позднее князь Николай Борисович-младший, правнук Бориса Григорьевича, был вынужден оправдываться перед потомством за своего прадеда из-за применявшихся на практике не совсем «гуманных и демократичных» методов лечения великого ученого…

В 1744 и 1748 годах князя Юсупова ожидала новая должность присутствующего в Санкт-Петербургской Сенатской конторе, которая при частых отъездах императрицы в Москву имела немало текущих государственных дел и вопросов, требующих незамедлительного решения. Елизавета Петровна, как и Анна Иоанновна, тоже очень любила Москву, иногда даже помышляла навсегда сюда переехать, но, будучи дочерью основателя новой столицы, на этот шаг не могла осмелиться. А после ее смерти последующие правители к Петербургу привыкли и переехать в Москву больше не пытались. За них это сделали большевики.

В 1744 году Борис Григорьевич удостоился чина Действительного Тайного Советника, а вскоре был назначен Президентом Коммерц-коллегии. Таким образом, благорасположение царицы можно было считать восстановленным. Являясь высшим государственным чиновником, Борис Григорьевич с особой кропотливостью и тщательностью вникал в дела Коммерц-коллегии, искал пути увеличения казенных доходов от промышленности. В частности, он интересовался улучшением качества отечественного сукна, которое использовали в довольно большом количестве для обмундирования армии. Этот вопрос в 1746 году князь обсуждал с иностранцем Раушертом, который на тот момент арендовал Ряшскую суконную фабрику в Прилуцком уезде Полтавской губернии. В 1754 году фабрику пожаловали князю «в вечное владение», но с обязательным выполнением условия непременной поставки определенного количества сукна для нужд армии.

В 1750 году князь Юсупов, 55-летний мужчина, почти старик по меркам того скоротечного времени, получил очередное назначение. На этот раз он стал Главным Директором Шляхетского Сухопутного Кадетского корпуса. Также он присутствовал в Правительствующем Сенате.

В 1751 году за многолетнюю службу во благо Отечества князь Борис Григорьевич был удостоен высшего ордена Российской империи – Святого Апостола Андрея Первозванного. Этот почетный акт символизировал собой фактическое окончание активной государственной службы князя. Ведь Сенат, и Кадетский корпус считались чем-то вроде мест с почетной пенсией. Здесь можно было служить, и не особенно вникать в дела, но Юсупов этого делать, конечно же, не умел, да и не любил.

Есть основание для предположения, что императрица Елизавета Петровна при помощи такого высокого награждения отметила еще и важное событие в жизни почтенного князя. Ведь именно в тот год родился долгожданный наследник рода Юсуповых, впоследствии признанный глава русской аристократии на рубеже веков – блистательный князь Николай Борисович, которому, также как и его отцу, впоследствии пожалуют орден Святого Апостола Андрея Первозванного, так же, как и все остальные ордена, и русские и иностранные.

Около десяти лет отец занимался вопросами воспитания и образования единственного и любимого сына. В этом ему немало помогали преподаватели Кадетского корпуса. Кстати, внешне сын был очень похож на свою красавицу-мать, а по одной примете – это первый признак счастливой жизни. Для Юсуповых тема примет всегда была трепетной, а иной раз верной и судьбоносной.