Епископ Ватценроде зачал в Торуни внебрачного сына, но своим законным наследником он считал талантливого младшего племянника. Проведя Коперника через несколько церковных санов, он сделал его врачом и личным секретарем епископа, так что в будущем юношу ждал безграничный карьерный рост, однако он, казалось, этого совсем не жаждал. Его мысли были далеки от вопросов власти, о чем свидетельствуют записи, которые Коперник вел в годы работы у епископа. В них описываются положения Марса, Юпитера и Сатурна во время парада планет в созвездии Рака в 1504 году, а также лунное затмение, случившееся 2 июня 1509 года.

Французский ученый-универсал Пьер Гассенди, спустя более ста лет после смерти астронома (в 1654 году) написавший первую дошедшую до нас биографию Коперника, отмечал, что тот лечил бедняков совершенно бесплатно. Хотя в этом легко и соблазнительно усмотреть широту души, у вармийских крестьян, скорее всего, попросту не было денег, чтобы ему заплатить, да он и не нуждался в их грошах. Помимо жалованья, полагавшегося ему как канонику, Коперник на протяжении тридцати пяти лет получал дополнительный доход от синекуры в церкви Святого Креста во Вроцлаве. Кроме того, кафедральный капитул Вармии выплачивал ему ежегодную премию за медицинскую помощь епископу, когда у того появлялись жалобы. Согласно архивным записям, когда в 1507 году епископ Ватценроде заболел, племянник успешно его вылечил.

Коперник публично выразил благодарность дяде, посвятив ему свою первую работу со словами «О, преподобный правитель и отец нашей земли». Представленный таким образом текст был отнюдь не великой теорией Коперника, а переводом писем некоего константинопольского моралиста VII века с греческого на латынь. Коперник обнаружил 85 наставительных, пасторальных и любовных писем Феофилакта Симокатты в библиотеке капитула в книге под названием «Эпистолографы». Эти послания читаются скорее как басни и поучения, нежели письма, но, по собственному выражению Коперника, они понравились ему потому, что «Феофилакт так перемешал веселье с серьезностью и игривость со строгостью, что всякий читатель сможет выбрать из этих писем то, которое ему понравится больше всех, словно цветок в саду».

Одно из писем касалось обязанностей дяди перед племянником: «Среди кобыл есть правило, которое мне кажется очень мудрым. Более того, я возношу хвалу их глубокой доброте. Но что же это за правило? Если они видят, что жеребенку не досталось сосца, а мать его далеко, любая из них готова его покормить. Ибо они не забывают свой род и с этой единственной целью, без всякого злого умысла, вскармливают их, будто собственных детей…

А теперь я обращаюсь к вам. Вы отвергаете сына своего брата, когда тот стучится во все двери, одетый в жалкое тряпье. Ваши чувства имеют меньше смысла, чем чувства зверей. Вы кормите чужих собак, ведь как иначе назвать льстецов, что окружают вас? Они кажутся совершенно преданными, пока вы, грешники, набиваете их животы едой! И все же они вечно гавкают на вас, даже еще рыгая после недавней попойки. А все потому, что льстецы — это порода, которая долго помнит вред и скоро забывает милость. Поэтому… позаботьтесь, наконец, о своем племяннике. Иначе совесть ваша станет вашим заклятым врагом, который будет точить свой меч слезами природы».

К счастью для Коперника, его дядя Лукаш безо всяких назиданий протягивал ему щедрую руку помощи.

Беспокоясь о том, как будут восприняты эротические письма, Коперник, как он утверждает, очистил их от непристойностей ради епископа. «Как врачи обычно подслащивают горькие пилюли, чтобы пациентам проще было их проглотить, — писал он в посвящении, — так и эти любовные письма были исправлены подобным образом». Тем не менее в них упоминаются похоть, плотские желания, безумная страсть, проституция, неверность, аборт и детоубийство.

В 1509 году друг Коперника, Вавжинец Корвин (пользовавшийся псевдонимом Лаврентий Корвин) отвез рукопись этой небольшой книги в Краков для печати. В те годы ни в Вармии, ни даже в Торуни не было ни одного печатного станка. Корвин также написал вступительный стих к произведению. В своих строках он описывал характер епископа как «известный благочестием» и «почитаемый за строгий нрав» (это позволяет предположить, что Ватценроде, возможно, проявлял щедрость без особой личной теплоты). Что же до «ученого, переводившего сей труд», то Корвин знал, что тому были присущи и более возвышенные стремления: «Он обсуждает быстрый ход Луны и движения ее брата, а также звезд и блуждающих планет — прекрасных созданий Всевышнего — и знает, как найти скрытые причины явлений при помощи чудесных принципов».

Коперник уже тогда начал переосмысливать расположение небесных сфер. Более того, вся его затея с самостоятельным изучением греческого (и практика с наставительными, пасторальными и любовными письмами Феофилакта Симокатты) кажется подготовкой к изучению работ греческих астрономов и сверке с греко-египетским календарем, который бы позволил правильно датировать их античные наблюдения.

В середине 1510-х годов Коперник каким-то образом дал понять епископу Вармийскому, что не стремится стать его преемником, после чего покинул дворец. Поселившись рядом с собором во Фрауэнбурге, он перестал сопровождать дядю в дипломатических миссиях и даже не поехал вместе с ним в Краков в феврале 1512 года на свадьбу короля Сигизмунда и коронацию новой королевы — молодой венгерской аристократки Барбары Запольяи. Епископ Ватценроде наверняка сожалел об отсутствии племянника на этих празднествах, особенно по пути назад, когда у него случилась лихорадка. Он остановился в Торуни, надеясь отдохнуть там, прежде чем продолжить путь до Гейльсберга, но его состояние только ухудшалось. Он умер через три дня, 29 марта, в возрасте шестидесяти четырех лет.

Последнее письмо Феофилакта касалось смерти и ее уроков живым. «Прогуляйся меж надгробий, — советовал он тому, кого отягощали печали, — и ты познаешь, что высшие радости человека в конце пути обретают легкость пыли».

В 1510 году, когда Коперник в возрасте тридцати семи лет занял пост каноника Вармийского во Фрауэнбурге, кафедральный капитул выделил ему дом (курию) за крепостными стенами, а также двух слуг и трех лошадей, которые полагались ему по чину. От этого влиятельного капитула зависели жизни не только его каноников, но и обитателей окрестных деревень на сотни миль вокруг, не говоря уже о множестве крестьян, которые обрабатывали тысячи акров церковных земель, приносивших доход каноникам. Коперник отвечал за определенный алтарь в нефе собора — четвертый справа от главного алтаря, посвященный святому Вацлаву. Не имея духовного сана, Коперник не мог служить мессу, впрочем, не могли этого делать ни его брат, ни большинство других каноников, которые также являлись политическими назначенцами, а не священниками.

Но встречались и исключения. Коперник был знаком с одним каноником по имени Тидеман Гизе, который был на семь лет младше его, но уже имел духовный сан. Гизе происходил из известного рода города Данцига, где позже служил в церкви Петра и Павла. С Коперником его связывал неугасимый интерес к астрономии, который, возможно, появился одновременно с их дружбой. Гизе почти наверняка был первым, с кем Коперник поделился своими тайными знаниями об устройстве космоса. Можно предположить, что сначала реакция священника на эти неортодоксальные идеи была в лучшем случае скептической, но со временем он согласился с ними и даже поощрял Коперника, убеждая его распространять свою теорию.