В 1454 году, примерно в то же время, когда Николас Коперник-старший переехал в Торунь, жители этого города восстали против ордена. В первом сражении Тринадцатилетней войны главная крепость рыцарей была разрушена. Финальный аккорд прозвучал в 1466 году с подписанием Торуньского мира, который лишил орден западной половины владений в Старой Пруссии. С этих пор Торунь отошла Королевской Пруссии, официально присоединенной к Польскому королевству. Король Казимир IV временно занял рыцарский замок в Мариенбурге, но вскоре переехал в традиционную королевскую резиденцию — Вавельский замок в родном Кракове.

Рыцари отошли на восток, откуда продолжали досаждать своим польским соседям. Особенно их привлекала Вармия. Само ее географическое положение провоцировало нападения, поскольку этот маленький островок Королевской Пруссии располагался в окружении орденских земель, соединяясь с польской территорией только узким коридором. Епископ Ватценроде отражал агрессию ордена на протяжении двадцати лет, пока находился в расцвете сил. Но епископу Лузяньскому не хватало влияния, чтобы командовать, и он оказался слабым соперником молодому Альбрехту фон Гогенцоллерну, 37-му великому магистру рыцарей Тевтонского ордена.

Альбрехту было только двадцать лет, когда в 1511 году рыцари избрали его своим главой. Его готовили к церковной карьере, и он уже занимал пост каноника в соборе Кёльна. Кроме преданности католичеству, члены ордена очень высоко ценили его родителей: отец Альбрехта (Фридрих I, маркграф Бранденбург-Ансбахский) правил лакомым кусочком Священной Римской империи; его мать (польская принцесса София) была сестрой короля Сигизмунда. Альбрехт олицетворял самые смелые надежды рыцарей на возвращение прежнего величия, территорий и владычества над Пруссией. Он не обманул ожиданий и вживался в эту роль с большим рвением, привлекая на свою сторону союзников в Германии и Московии и готовясь к новой войне с Польшей.

Альбрехт Прусский, великий магистр рыцарей Тевтонского ордена

В середине июля 1516 года в городе Эльблонг, что неподалеку от Фрауэнбурга, тевтонские рыцари ограбили местного жителя и искалечили его руки. Вармийский капитул отправил в погоню за ними вооруженный отряд, который последовал за рыцарями в их часть Пруссии, где одного преступника удалось схватить и взять под стражу. Однако великий магистр Альбрехт потребовал возвращения своего подданного, а затем в отместку несколько раз приказывал напасть на Вармию. 22 июля Тидеман Гизе, сменивший Коперника на посту канцлера, записал жалобы каноников и передал их королю Сигизмунду вместе с отчаянной мольбой об обещанном покровительстве.

Тревожное состояние конфликта с рыцарями все еще сохранялось в ноябре, когда вармийский капитул поручил канонику Копернику управление обширными владениями на юге. Этот пост, поочередно занимаемый шестнадцатью канониками, ставил его обладателя намного выше остальных и обременял его новыми обязанностями.

Время и обычаи разделили епархию Вармии и ее девяносто тысяч жителей на девять областей. Епископ лично владел шестью из них, включая Гейльсберг, где располагался его дворец. Остальные три принадлежали общине капитула: Фрауэнбург на северном побережье (здесь находился официальный центр епархии и кафедральный собор), его близкий сосед Мельзак и Ольштын на самом юге. Между Мельзаком и Ольштыном раскинулись 150 ООО акров плодородных полей и пастбищ, кормивших вармийских каноников и ежегодно приносивших им приличный доход. Чтобы земля давала урожай, ее должны были обрабатывать крестьяне, на плечи которых ложился весь тяжелый сельскохозяйственный труд. Кстати говоря, эта кадровая проблема занимала Коперника все три года, что он пребывал на посту руководителя.

Сразу же после своего избрания он переехал из курии во Фрауэнбурге в южную резиденцию капитула. Он уже жил в брошенной крепости тевтонских рыцарей, когда служил своему дяде в Гейльсберге, а теперь оказался в замке Ольштын, в излучине реки Лыны. Новый пост он занял 11 ноября 1516 года, в день св. Мартина — первый день нового 1517 церковного года согласно церковному календарю.

Коперник обычно представляется нам одиноко читающим книги в аскетичной, почти монашеской келье или поднимающимся на какое-нибудь возвышение, чтобы изучать ночное небо, — но этот образ полностью разрушился в Ольштыне. Там Коперник оказался среди людей и принимал живое участие в их мирских заботах.

Крестьяне, оказавшиеся под его началом, жили в своих лачугах очень бедно и в постоянном страхе перед грабившими деревни рыцарями. Они платили капитулу одну прусскую марку в год за надел земли и право его возделывать, засевать и снимать урожай, хотя церковь в качестве ренты также взимала с них часть урожая.

В некотором смысле крестьянин владел своей землей, потому что мог ее продать кому-то или передать своим детям. Однако фактически всем распоряжался капитул, который записывал все обмены наделами и фиксировал их расположение в официальных бухгалтерских книгах. На чистом листе одной из таких книг новый администратор написал: «Сдача в наем поместий мною, Николаем Коперником, в 1517 году от Рождества Христова».

Долг позвал его сначала в Ионикендорф, где он одобрил передачу Мертену Кеслеру трех участков незанятой земли. Бывшего арендатора Иоахима повесили за воровство. Из-за своих преступлений (или последовавшего наказания) Иоахим не засеял землю, поэтому Коперник отложил уплату ренты Мертеном на целый год. Он также отметил несколько ценностей, доставшихся тому вместе с наделами: «Он получил одну корову, одну телку, топор и серп, а из зерна — мешок овса и ячменя для посевной, которую его предшественник пропустил». Коперник датировал свое описание «четвертым будним днем (имея в виду среду), 10 декабря 1515 года». После этого он написал: «Вдобавок я пообещал ему двух лошадей».

Коперник путешествовал верхом между 120 деревнями области, часто в сопровождении слуги Войцеха Шебульского или посыльного Иеронима. Их обоих он часто упоминал в бухгалтерской книге как свидетелей, однако каждое дело решал самостоятельно и говорил за весь капитул.

«Во владение Бартольда Фабера из Шоневальта переходят полтора надела, проданные ему Петером Преусом, который очень стар. Бартольд будет выплачивать господину полмарки в качестве ренты за половину надела. Что же касается оставшегося надела, капитул милостиво жалует одну марку вышеупомянутому Петеру пожизненно». Другими словами, Коперник позволил Бартольду Фаберу обокрасть капитул (господина), чтобы выплачивать престарелому Петеру Преусу ежегодную ренту на склоне лет. «После его смерти вся рента отойдет к господину. Сделано во второй будний день после четвертого воскресенья Великого поста (23 марта) 1517 года в присутствии моего слуги Войцеха, Иеронима и пр.».

Нечто похожее случилось, когда Альде Урбан, «старый и по факту, и по имени» и не имевший сыновей, вынужден был передать один из своих наделов и Коперник освободил его от платежей за остальные участки. В то же время Ян из Виндицы не получил такого послабления, когда вступил во владение четырьмя наделами. Очевидно, Коперник рассудил, что о Яне хорошо позаботился его дядя со стороны матери, Степан Копетц, работавший на этой земле до самой смерти и оставивший ему «4 лошади, 1 жеребенка, 6 свиней, 1 бочку свинины, 1 мешок ржи, 1 мешок муки, полмешка гороха, 4 мешка ячменя, 5 мешков овса, 1 большой чайник, 1 телегу, железные лемехи, 1 топор, 1 серп».