С начала XVIII века, вследствие реформ Петра I, хозяйство Ипатьевской обители постепенно пришло в упадок. Однако в 1744 году по решению Святейшего синода была учреждена Костромская епархия, и архиерейская резиденция разместилась в Ипатьевском монастыре, а Троицкий собор получил статус кафедрального. Таким образом, древняя обитель стала административным центром Костромской епархии, и в истории Ипатьевского монастыря начался новый период.

В монастыре возобновились ремонтно-восстановительные и строительные работы. В 1760–1762 гг. на месте сильно обветшавшей церкви Рождества Богородицы был возведен новый храм, а в подклете южной галереи Троицкого собора устроена «погребальная церковь во имя Лазарева Воскресения», которая впоследствии стала усыпальницей для почивших костромских архипастырей. В 1766 году, в преддверии визита императрицы Екатерины II, в северной стене Старого города были устроены новые ворота, получившие название Северных или Екатерининских.

В 1800–1811 гг. в монастыре разбивается Архиерейский сад. Через десять лет был расширен Архиерейский корпус, в несколько диссонирующем с древней монастырской архитектурой XVI–XVII вв. стиле классицизма оформляются его каменный третий этаж и восточный фасад.

Во второй четверти XIX века государь вновь посетил Ипатьевскую обитель и распорядился о реконструкции всех поврежденных зданий и о придании обители статуса «колыбели» царской семьи. С этого знаменательного во всех отношениях императорского визита представители династии Романовых стали постоянно бывать в Ипатьевском монастыре.

В 1913 году Кострома и Ипатьевский монастырь явились центром празднования 300-летнего юбилея Царственного Дома Романовых. Все семейство во главе с императором Николаем II, императрицей Марией Федоровной, наследником цесаревичем Алексеем, великими княжнами Ольгой, Татьяной, Марией и Анастасией, многочисленными родственниками – великими князьями и княгинями прибыло на празднование в Кострому. Древняя Ипатьевская обитель предстала перед собравшимися гостями во всем своем великолепии.

Но уже в 1919 году Ипатьевский монастырь был закрыт: наступил страшный богоборческий период. Большая часть монастырской ризницы была вывезена в Москву, остальное – отправлено на хранение в Костромской краеведческий музей. В монастыре разместили детский приют, военные казармы, стадион, танцплощадку, общежития для костромских текстильщиков.

В начале 1930-х годов был уничтожен храм Рождества Пресвятой Богородицы. Однако милостью Божией Ипатьевскую обитель миновала страшная участь полного разрушения.

В 1958 году советское правительство присвоило вконец обветшавшему монастырю статус музея-заповедника, было решено начать его восстановление, на которое ушло более 20 лет.

В 1991 году была зарегистрирована Свято-Троицкая Ипатьевская монашеская община, а в 1993 году в пользование монашеской общины была передана территория Нового города.

В 2002 году полностью сгорел главный экспонат музея деревянного зодчества внутри Нового города – церковь Спаса Преображения 1628 года постройки, привезенная из села Спас-Вежи.

С 2004 года в стенах Ипатьевского монастыря был возрожден Церковный историко-археологический музей Костромской епархии.

Ныне Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь является поистине уникальным объектом культурного наследия нашей страны, пережившим несколько смен политического режима, войны, упадок и расцвет, и, конечно, просто одним из красивейших монастырей России.

Возвышение всего рода Годуновых началось после того, как Соломония Сабурова, дочь Юрия Сабурова, стала женой великого князя Василия III. Это произошло в 1505 году. После этого Сабуровы, ближайшие родственники Соломонии, получили боярские чины, а Годуновых стали назначать воеводами главных полков во время военных походов Василия III. Они прекрасно проявляли себя в ведении военных действий, их успехи, зафиксированные в Разрядных книгах, в дальнейшем помогли Борису Годунову выйти победителем из нескольких местнических споров с представителями титулованной знати и занять довольно высокое место при дворе Ивана IV.

В середине XVI в. Годуновы представляли собой уже более многочисленный и разветвленный род: в третьем колене от Ивана Годуна уже насчитывалось 16 человек. Среди известных представителей можно назвать Ивана Ивановича Черемного, родного дяди Бориса Годунова, который в 1551 г. являлся одним из воевод Смоленска, считавшегося в то время одним из крупнейших городов и важным стратегическим пунктом. Также одним из воевод Смоленска был Михаил Васильевич Толстый, участвовавший в Полоцком походе 1563 г. и значившийся на Земском соборе 1566 г. как дворянин 1-й статьи. Примерно в 1561 г. Григорий Васильевич Годунов, известный как высоконравственный, набожный и хорошо образованный человек, был назначен дядькой царевича Федора, которому Григорий позднее, видимо, сосватал сестру Бориса Годунова Ирину.

Также добился успехов на службе при царском дворе еще один дядя Бориса Годунова, Дмитрий Иванович. Поначалу он входил во двор Юрия, брата царя, но после его смерти в 1564 г. попал в состав царского двора. В 1567 г. Дмитрий Иванович получил должность постельничего, благодаря которой он все время рядом находился с царем Иваном Грозным. Тогда же Дмитрий взял к себе на службу на должность стряпчего осиротевшего племянника Бориса, которому было в то время 15 лет. Очевидно, проворный молодой человек, помогавший одеваться и подносивший одежду, понравился царю Ивану, и он стал назначать его во время военных походов на должность рынды. В 70-е годы XVI в. Борису вместе с родственниками удалось выиграть местническую тяжбу с князем Ф. В. Сицким, с его родственником князем И. В. Сицким, князем П. И. Хворостиным, окольничим В. И. Умным-Колычевым, Р. Д. Бутурлиным, окольничим В. Ф. Воронцовым и другими представителями знати. Благодаря этому Годуновы основательно продвинулись по иерархической лестнице.

В 1573 г. окольничество было пожаловано Дмитрию Ивановичу Годунову и Степану Васильевичу Годунову, троюродному брату будущего царя Бориса, неоднократно участвовавшему в Ливонских походах. В 1577 г. Дмитрий Иванович стал боярином, Борис получил чин кравчего. Теперь его обязанностью было подавать государю напитки во время обеда. Возможно, это возвышение было связано с женитьбой Федора на Ирине Годуновой. В источниках дата этого события не зафиксирована.

В последний период правления Ивана Грозного продолжалась успешная служба представителей Годуновых. В 1580 г. Борис Федорович получил чин боярина. Степан Васильевич начал заниматься дипломатическими делами, а его брат Иван принимал участие в успешной обороне Пскова от Стефана Батория и за это получил чин окольничего. Годуновы неоднократно приглашались на царские свадьбы, исполняя почетные должности. Например, Дмитрий Иванович часто бывал боярином за столом, Борис – дружкой, остальные родственники – поезжанами, свечниками, каравайниками и т. д.

1584 год – год восшествия на престол Федора Ивановича – вознес всех Годуновых на небывалую высоту. Пятеро представителей рода становятся членами Боярской думы, а во время военных походов возглавляют главные полки: Борис Федорович – Большой, Степан Васильевич – Передовой, Иван Васильевич – Правой руки, Яков Михайлович – Разведывательный. Ситуацию в столице во время военных походов контролировали Дмитрий Иванович и Григорий Васильевич. Таким образом, царские родственники держали в своих руках все нити по управлению страной и обеспечивать успех царствованию Федора Ивановича.