Офицер — непосредственный начальник солдата или матроса, а также представители высшего командного состава занимали в воспитании и жизни воина наиважнейшее место. Идеология Синто представляла воинского начальника как лицо, занимающее промежуточное место между императором и солдатом, и учила фанатичной преданности офицеру, как императору. Офицер, по императорскому рескрипту, считался исполнителем его «божественной» воли в армии и человеком, относящимся к своим подчиненным подобно тому, как император относится к народу, то есть по-отечески. Приказ командира приравнивался к приказу императора, невыполнение его расценивалось как неподчинение воле императора.

Воспитание в подобном духе обусловило слепое исполнение любого приказа. Войны, которые вела Япония, дают множество наглядных примеров такого воспитания. В периодической печати стран Тихоокеанского бассейна в 1970–1980-х годах неоднократно сообщалось, что японские солдаты «продолжают выполнять неотмененные приказы своих начальников военных лет, ведя боевые действия» на занятых ими во время Второй мировой войны островах Тихого океана. Например, в январе 1972 года на острове Гуам был обнаружен скрывавшийся там 27 лет сержант императорской армии Ёкои Сёити, не знавший, что Япония уже капитулировала в войне. В начале 1980-х годов на острове Велья-Лавелья (Соломоновы острова), по словам местного населения, еще скрывались японские солдаты, продолжавшие «выполнять свой долг» после много лет назад закончившейся войны. В связи с этим Министерство здравоохранения и социального обеспечения Японии снарядило специальную экспедицию для отыскания этих военнослужащих.

Самым показательным случаем является история младшего лейтенанта Онода Хиро, который в течение почти 30 лет (до 1974 года) скрывался в джунглях филиппинского острова Лубанг, продолжая вместе с тремя своими подчиненными вести «партизанскую войну против американцев». В 1944 году двадцатидвухлетнему Онода его командир майор Танигути отдал приказ остаться в горах острова после отступления японских войск с тем, чтобы вести там диверсионную борьбу против врага. «Мы временно отступаем. Вы остаетесь, чтобы ставить мины и взрывать склады. Я запрещаю вам совершать самоубийство или сдаваться в плен. Может пройти три, четыре или пять лет, но я за вами вернусь. Этот приказ могу отменить только я и никто другой», — сказал Танигути. Шли годы. Один солдат сошел с ума и попал в руки властей. Двое других были убиты в перестрелках с полицейскими патрулями. Онода остался один. Однажды совершенно случайно на него наткнулся японский исследователь-энтомотолог Судзуки Норио, занимавшийся в джунглях ловлей насекомых. Судзуки рассказал Онода, что война давно уже закончилась и страны Тихого океана живут в мире. Онода не поверил соотечественнику и заявил, что только его командир может отменить приказ о ведении боевых действий. Вернувшись в Японию, Судзуки приложил все силы для того, чтобы найти майора. Используя материалы военных архивов, он с большим трудом разыскал Танигути, и они вместе прибыли в джунгли Филиппин. Танигути, одетый в военную форму, приказал Онода прекратить боевые действия и сдаться местным властям. В Японии милитаристски настроенными деятелями Онода был объявлен «истинным носителем японского духа и традиций», «преданным императору и стране офицером», олицетворением всех «добродетелей» былых лет.

Сообщения о скрывающихся после окончания войны на Филиппинах солдатах императорской армии, поступают в Японию даже в наши дни. В мае 2005 года в прессе появились известия о двух японских военнослужащих 30-й дивизии (Ямакава Ёсио и Накаути Цудзуки) якобы до сих пор прячущихся в джунглях острова Минданао. Скорее всего, эта информация маловероятна, так как обоим солдатам сейчас должно быть уже далеко за 80 лет.

Особым содержанием идеологии Синто наполнялось понятие священности войн, проводившихся под знаменами императорской армии. Как уже отмечалось, первые же солдаты, погибшие за государя во время переворота Мэйдзи, объявлялись божествами. Расчет был верным. Человек, захваченный религиозной идеей, знающий, что он после смерти превратится в бога, умирает легче. И эта практика расширялась по мере роста японской экспансии в Восточной Азии. Все большее число воинов, отдавших жизнь во имя «процветания Японии» и за священную императорскую особу, причислялись к сонму богов, и души их якобы поселялись в храме Ясукуни. При этом моральный облик и образ жизни, который люди вели до начала службы в императорской армии, не имели никакого значения. В газетах Японии 1930-х годов по этому поводу писалось следующее: «Каким бы преступником и негодяем ни был японский подданный, становясь под боевые знамена, он освобождается от всех грехов. Япония воюет во имя императора, и ее войны — святые войны. Те, кто погиб в них со словами “да здравствует император”, были ли они хорошими или плохими людьми, тем самым становятся богами». На практике такая мораль снимала с солдат всякую ответственность за содеянное и способствовала оправданию военных преступлений.

Укрепление позиций государственного Синто, сопровождавшееся финансовой поддержкой государства, обусловило поспешное признание возвысившейся религии буддийским духовенством в качестве главенствующей в стране. Антиподом Синто не стало и христианство в форме католицизма, искоренявшееся в феодальной Японии и вновь распространившееся среди части населения с падением власти военного правительства. В 1859 году католицизм возобновил свою деятельность. В 1873 году антихристианские эдикты сёгуната Токугава новым правительством Мэйдзи были отменены. В 1904 году в Японию официально прибыли доминиканцы, а в 1907 — вновь иезуиты.

После «открытия» Японии на островах начали активизироваться протестантские миссии. Сначала прибыли американские, а затем и английские протестанты. В начале XX века в Японии было около 1000 протестантских миссий.

Сближение Синто и христианства особенно проявилось в предвоенные годы, когда к «Антикоминтерновскому пакту», заключенному между гитлеровской Германией и Японией, в ноябре 1937 года примкнула фашистская Италия. В 1940 году все неяпонские епископы были заменены японскими. Перед Второй мировой войной вследствие националистической и милитаристской пропаганды была крайне затруднена деятельность протестантских миссий. Тем не менее, священнослужители буддийской и христианской церквей Японии практически примкнули к служителям Синто в пропаганде священности императорской власти и способствовали возникновению фанатизма у верующих независимо от их вероисповедания. Это означало, что в государстве главным было другое — религиозная поддержка экспансионистской внешней политики. И духовенство оправдывало возложенное на него доверие во всех войнах. Оно не только с легкостью причисляло к числу божеств убитых в сражениях солдат, но и освящало поступающую в войска новую военную технику и устанавливаемые памятники и честь погибших героев, производило всевозможное обслуживание личного состава в действующей армии, организовывало сбор средств для помощи фронту, служило молебны о победе.

Одновременно с укреплением власти императора, представлявшего интересы буржуазии, помещиков и крупных монополий, воспитанием народа на идеях превосходства японской нации и «японского духа» в буржуазно-помещичьей монархической Японии постоянно и в возрастающем масштабе происходили усиление роли армии в политическом руководстве страной и милитаризация экономики.