Лойя Джиргой (ELJ), а затем Конституционной Лойя Джиргой (CLJ). Ни у одного из этих органов власти не имелось четких определений, но общее понимание заключалось в том, что делегаты ELJ будут выбраны в соответствии с временными процедурами, подходящими для страны, только выходящей из войны, в то время как CLJ будет максимально соответствовать прежним законам, определяющим Лойя Джиргу. Временное правительство должно было действовать в течение шести месяцев, в течение которых оно назначило бы Независимую комиссию для созыва Чрезвычайной Лойя Джирги. Задачей ELJ будет выбор «переходного» правительства. Переходное правительство, которое таким образом будет создано в Афганистане, окажется более представительным, чем временный орган, образованный в Бонне, поскольку в состав ELJ войдут все те, кто, по словам Брахими, «по той или иной причине не смог присутствовать в Бонне». Брахими и ООН понимали, что речь идет о талибах, но США и другие страны не желали этого принимать.

Объединенный фронт неохотно дал согласие на созыв Лойя Джирги, поскольку у них не было в запасе альтернативного процесса, который они могли бы предложить, но они опасались, что элиты старого режима будут манипулировать собранием представителей, чтобы восстановить прежнюю систему. Римская группа прибыла в Бонн, ожидая, что страну в переходный период возглавит Захир-шах. Будучи не в состоянии достичь своей максимальной цели, они предложили ему возглавить ELJ. После сильного сопротивления со стороны Объединенного фронта собрание, наконец, согласилось с тем, что Чрезвычайная Лойя Джирга будет «открыта» Захир-шахом в качестве символа исторической преемственности.

Роль короля оказалась также предметом ряда других споров. Поскольку у Объединенного фронта не было альтернативного предложения, конференция согласилась с тем, что правовой основой для нового правительства будут применимые части конституции 1964 года, последней, которая широко признавалась законной. Однако это была монархическая конституция, и наряду с возвращением Захир-шаха, которому предстояло играть в ELJ определенную роль, Ирану было трудно ее принять. По настоянию иранского посланника Джавада Зарифа в соглашении было указано, что конституция 1964 года будет применяться за исключением «тех положений, которые касаются монархии, а также исполнительных и законодательных органов». Объединенный фронт также потребовал, чтобы в преамбуле соглашения было указано: его целью является установление республиканской формы правления. Римская группа, которая не хотела исключать восстановление монархии, выступила против этого. Брахими решил этот вопрос, сказав, что, поскольку в Афганистане нет короля, формулировки, касающиеся этого вопроса, не нужны.

Переходное правительство, избранное на ELJ, должно было назначить конституционную комиссию и в течение восемнадцати месяцев созвать CLJ для принятия конституции. По настоянию США и Ирана соглашение требовало, чтобы переходное правительство провело «свободные и справедливые выборы» для образования «полностью представительного правительства» в течение двух лет после ELJ, то есть примерно через шесть месяцев после принятия конституции. Поскольку форма правления (президентская, парламентская или смешанная) еще не была определена, в соглашении не было указано, какие именно выборы должны состояться.

Стороны также разошлись во мнениях по поводу преобразования вооруженных группировок в силы безопасности. ООН разработала образец статьи о разоружении, демобилизации и реинтеграции (РДР) вооруженных групп. Командиры, входящие в делегацию Объединенного фронта, выступили против любого упоминания о разоружении, называя его постыдным. Вместо этого соглашение предусматривало «реорганизацию» этих сил по мере надобности под «командованием и контролем» временного органа власти.

Чтобы защитить новое правительство и политический процесс от давления со стороны вооруженных групп, в Приложении I к соглашению содержался призыв к Совету Безопасности ООН поручить многонациональным силам обеспечение безопасности Кабула и прилегающих районов. МНС (Многонациональные силы), позже названные Международными силами содействия безопасности (МССБ), также должны были обучать новые силы безопасности афганского правительства. Согласно тому же Приложению, все военные группы должны были уйти из Кабула и любого другого района, в котором могут быть развернуты силы, имеющие мандат ООН, с тем чтобы безопасность полностью обеспечивали политически нейтральные МССБ. Этого так и не произошло, и вместе с полицией и разведывательным аппаратом, которые также контролировал Наблюдательный совет Севера, войска Фахима оставались доминирующими в Кабуле афганскими вооруженными силами. В Приложении предусматривалось, что МССБ будут действовать также в других «городских центрах и иных районах». Однако госсекретарь Рамсфелд наложил на это положение вето, поскольку не хотел, чтобы альтернативные силы безопасности находились в том же боевом пространстве, что и его подвижные контртеррористические силы. Он смягчился в 2003 г., когда в связи с войной в Ираке потребовалось дополнить войска США другими силами НАТО.

Разработанная ООН статья, запрещающая временному органу объявлять амнистию за военные преступления или преступления против человечности, встретила противодействие со стороны присутствующих командиров и – через спутниковый телефон – тех, кто находился на местах, в Афганистане. Полевые командиры Объединенного фронта восстали против того, что услышали, – что ООН направит войска в Афганистан, разоружит их и будет судить за военные преступления. Исключение статьи об амнистии и добавление пункта о благодарности «моджахедам» за их жертвы позволили им остаться в числе сторонников конференции.

Структура и состав временного органа были наиболее спорными вопросами, поскольку они определяли первоначальное распределение властных полномочий. Политическая легитимность нового правительства должна была частично зависеть от убеждения неталибского большинства пуштунов в том, что свержение прежних правителей и захват Кабула таджикскими вооруженными силами послужат национальным, а не этническим целям. Соглашение о временном главе государства-пуштуне помогло бы избежать видимости этнической победы таджиков. По словам его соратников, перед своей смертью Масуд пришел к такому же выводу. В Бонне Карзай был кандидатом от Объединенного фронта, ООН и США. Однако в его собственной римской группе у него было мало поддержки.

В знак уважения к бывшему королю в Боннском соглашении не совсем точно указывалось, что Захир-шах отклонил просьбу участников возглавить правительство. Захир-шах согласился с этим заявлением и не проявил склонности к власти или политике, несмотря на амбиции других членов его семьи. Римская группа утверждала, что, поскольку они были представителями бывшего короля, они имели право выбирать лидера. Участники конференции согласились с тем, что римская группа может назначить лидера, который будет утвержден, если ни одна другая группа не будет против него возражать. Римская группа проголосовала за то, чтобы главой временного органа стал лидер ее делегации в Бонне Абдул Саттар Сират, что противоречило бы стратегии ООН, Объединенного фронта и США по обеспечению хотя бы символического пуштунского лидерства (Сират, бывший главный судья, по разным данным, является узбеком или таджиком). Когда Брахими поинтересовался мнением Объединенного фронта, Кануни сказал, что не может возражать, потому что Сират женат на двоюродной сестре его жены. Таким образом право наложить вето на кандидатуру Сирата было предоставлено Хамиду Гайлани, главе пешаварской группы. В результате