Однако у Санджара имелись и другие проблемы, среди которых необходимость воевать с мятежным вассалом Атсизом, правителем Хорезма. Хоть султан и победил, исходящая от Атсиза угроза не была устранена, и в 1139 г. хорезмшах смог захватить Бухару, убить назначенного Санджаром правителя и разрушить цитадель. Немного погодя он согласился на переговоры, заключил мир с Санджаром и подчинился ему. Вскоре Санджар отправился отражать вторжение неверных каракитаев с Дальнего Востока, однако в сентябре 1141 г. сельджуки оказались наголову разбиты в битве при Катване, в степи близ Самарканда. Целая страна упала в руки языческих правителей каракитаев, в тот же год оккупировавших Бухару.

Правитель каракитаев не стал менять существующее положение в Трансоксиане, поскольку один из караханидских правителей, Ибрагим ибн Мухаммед, занял место кагана в качестве вассала каракитаев. Однако Ибрагим погиб в битве с тюрками-карлуками под Бухарой в 1156 г. При каракитаях правители Караханидов продолжали осуществлять исполнительную власть, но они значительно утратили свое могущество. В Бухаре делами города руководили садры, хотя номинальными гражданскими правителями оставались Караханиды.

На раннем этапе правления каракитаев тюрки-огузы, от которых и произошли сельджуки, захватили Бухару и разрушили цитадель, хоть и владели городом недолгое время. Цитадель уже раньше была разрушена хорезмшахом, а затем вновь отстроена Алп-теги ном в начале правления каракитаев. Военная активность карлуков и огузов, как и других тюркских племен, свидетельствует о нестабильной ситуации в Трансоксиане и Хорасане. Огузы разграбили Мерв, Нишапур и другие города Хорасана, включая Балх в 1155 г., где учинили невероятные разрушения. В то же самое время на западе крестоносцы познакомились с «феодальной системой» мусульманских правителей, столь сходной с той, что существовала в Западной Европе, а также узнали о языческих правителях, завоевавших мусульманский Восток. Все это явилось отголоском поражения, нанесенного Санджару каракитаями.

Если подвести итог относящейся к Бухаре ситуации во второй половине XII в., то ее можно описать как целый ряд сражений между карлуками, хорезмшахом и каракитаями с союзными им правителями Караханидов. Несмотря на смену гражданских правителей, Бухарой продолжал управлять клан Али Бурхан. Мухаммед ибн Умар, сын убитого в 1141 г. имама, в некоторых источниках называется раисом – мэром Бухары, и он сотрудничал с Караханидами в деле окончательного разгрома карлуков в 1158 г. Более ранние конфликты между Караханидами и религиозными лидерами, по-видимому, были разрешены в последующие годы, возможно в той мере, в какой требовалось для объединения всех мусульман, находившихся под властью язычников-каракитаев. В этот период один из караханидских правителей, Масуд ибн Али, восстановил стены Бухары, но цитадель оставил разрушенной.

В 1182 г. войска хорезмшаха Токаша, после непродолжительной осады, захватили Бухару, и религиозные лидеры, как и большая часть населения, не выразили протеста против смены своего подданства с языческих хозяев на мусульманских. Однако хорезмийская власть долго не просуществовала, и вскоре караханидское правление под эгидой каракитаев было восстановлено. Следует упомянуть, что караханидские правители обосновались в Самарканде и теоретически Бухара находилась под юрисдикцией Самарканда. И все же могущество садров клана Али Бурхан непрерывно росло, до тех пор пока они не стали практически независимыми. Они собирали подати для правителей каракитаев, но нам неизвестно, отправляли ли они вначале налоги в Самарканд, через караханидских правителей, хотя позднее, по-видимому, подать шла напрямую Гиир-хану.

Садры из рода Али Бурхан, державшие в своих руках и религиозную, и светскую власть в Бухаре, стали очень богаты. Один автор, Мухаммед аль-Насави, примерно в 1205 г. в своей биографии последнего хорезмшаха говорит о богатстве садра Бурхана аль-Дина Ахмеда ибн Абд аль-Азиза: «Когда узнавали, что он был главным священником Бухары, то могли решить, будто он подобен другим главным священникам такого высокого ранга и что должен владеть обширными владениями и богатыми поместьями… Но ситуация была совсем не такой; скорее его можно было сравнить лишь с могущественнейшим из повелителей и сильнейшим из царей, поскольку в его подчинении и под его ответственностью находилось шесть тысяч факихов [студентов-богословов и судей]». Богатство и великолепие этого садра не снискали ему любви в Багдаде, когда он совершал паломничество в Мекку в 1207 г., хотя о нем и говорили как о щедром человеке. Взаимоотношения между садрами Бухары и караханидскими правителями в источниках не освещаются, но можно предположить, что власть находилась в руках первых, тогда как последние правили лишь номинально.

Чеканившиеся в Бухаре монеты с именем западного караханидского правителя, Ибрагима ибн Хусейна, датируемые с 1201 г., указывают на по меньшей мере номинальное правление здесь каракитаев. Вскоре после этого правителем Самарканда стал сын Ибрагима Усман-хана, но, по всей видимости, Бухара не находилась под его контролем, поскольку там не обнаружено монет его чеканки. Вместо этого мы узнаем о человеке из простонародья по имени Санджар, сыне торговца щитами, захватившем светскую власть. Несколько источников сообщают, будто он неуважительно относился к представителям высшего сословия, и, вероятно, это относилось и к Али Бурхану. Они пожаловались правителю каракитаев на Санджара, присвоившего себе титул царя, однако у Гиир-хана не было возможности вмешаться. И тогда они обратились к хорезмшаху.

Тогдашний хорезмшах, Мухаммед ибн Такаш, в 1209 г. взял Бухару и покончил с Маликом Санджаром, как его называли (малик – арабский монархический титул; в отличие от других титулов арабских монархов, таких как эмир или султан, непереводимых на иностранные языки, титул малик обычно переводят как «царь». – Пер.). Однако хорезмшах не восстановил властные полномочия садра Мухаммеда ибн Ахмеда ибн Абда аль-Азиза, а предпочел отправить его пленником в Хорезм. Главой ханафитских судей он назначил чужеземца, Маджа аль-Дина аль-Фарави, тогда как гражданское и военное управление было передано ставленнику хорезмшаха. Хорезмийцы двинулись на Самарканд и захватили его, а позднее разгромили каракитаев. Однако мусульманское правление хорезмийцев оказалось ничуть не лучше, чем власть неверных каракитаев, если судить по их взаимоотношениям с жителями Самарканда. В 1212 г. последние истребили всех хорезмийцев, которых смогли найти, но вскоре появился хорезмшах со своей армией и после непродолжительной осады захватил и разграбил город. Караханидского правителя, Усмана, казнили вместе со всей семьей. Таков был конец династии Караханидов в Трансоксиане, в то время как каракитаи сменили их во всех других местах.

Хорезмийское правление долго не продлилось ни в Бухаре, ни где-либо еще, поскольку столкновение с монгольскими преемниками каракитаев и прочих правителей положило конец Хорезмийской династии и означало конец мусульманского правления во всей Средней Азии и Иране. В марте 1220 г. армия Чингисхана появилась у ворот Бухары. После длительной осады цитадели, когда против ее защитников монголы заставили сражаться жителей города, армия Чингисхана одержала победу. Большая часть города была сожжена, а население подверглось ужасающей резне, хотя и не такой поголовной, как в других местах. Завоевание монголами Бухары означало конец эпохи. Бухара быстро оправилась, однако причиненный монголами ущерб оставил глубокие незаживающие шрамы на лице Средней Азии и Ирана. Потрясение от завоевания неверными большей части востока исламского мира должно было остаться в памяти многих поколений мусульман. Что касается Бухары, то ее средневековые достижения оборвались в 1220 г.