После расправы над атаманом разбойников Хлопком в 1603 г. пытки и казни превратились в повседневное явление. Взбунтовавшиеся холопы, посадские люди, крестьяне не могли рассчитывать на снисхождение. Государство старалось виселицами оградить себя от мятежников. В наиболее жестоких формах террор применялся в отношении низов. Власти вполне оценили опасность, когда в лагере самозванца появились комарицкие мужики. В наказание за «воровство» Комарицкая волость была подвергнута неслыханному погрому.

Преследования дворян были менее жестокими. И московский самодержец, и самозванец понимали, что верх возьмет тот, кто сможет привлечь на свою сторону дворянское сословие.

Крайние меры применялись лишь к перебежчикам и к посланцам «вора», подстрекавшим народ к мятежу. Их вешали без суда на первом попавшемся дереве.

Сыскное ведомство вновь выдвинулось на авансцену. Его глава Семен Годунов, как толковали, настаивал на казни заподозренных в измене членов Боярской думы. Но Борис отверг его советы.

Борис безмерно возвысил род Годуновых. Но этот род не дал государству талантливых и популярных деятелей, кроме самого Бориса. В критический момент сын Бориса не смог найти помощи и опоры у многочисленных Годуновых, носивших высокие титулы и занимавших почетные места в Боярской думе.

Прежде деятельный и энергичный, царь Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда правитель охотно благотворил сирым и убогим, помогал им найти справедливость, давал управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался народу, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками.

Фатальные неудачи порождали в царе подозрительность, столь чуждую ему в лучшие времена. Круг лиц, всю жизнь поддерживавших его своими советами и помощью, стремительно сужался. Годунов «полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает…» — писал в 1600 г. польский дипломат из Москвы. Однажды Борис пригласил астролога из Ливонии. В небе тогда появилась яркая комета, и царь просил колдуна составить ему гороскоп. Звездочет посоветовал ему «хорошенько открыть глаза и поглядеть, кому же он оказывает доверие, крепко стеречь рубежи».

Годунов велел привести во дворец знаменитую в столице юродивую Алену. Та предсказала ему близкую кончину. Другая ведунья, Дарьица, уже после смерти Бориса призналась, что ворожила ему во дворце. Прорицательница, по ее собственным словам, нагадала, что «Борису Федоровичу быти на царстве немногое время».

Польские послы записали молву об одном из предсказаний волхвов. Пугая царя близким падением, колдуны советовали ему на время покинуть государство: «коли б на час сступил з земли Московской, а сын его Федор царем ся именовал, тогда б под титлом его то царство здержалось…» Поверив кудесникам, Годунов велел объявить повсюду о своей смерти. Предварительно он опоил зельем двойника и выставил его гроб на всеобщее обозрение. Вслед за тем Борис взял много золота и «дорогих чепей» и уплыл в Англию под видом торгового человека. Даже дети царя не догадывались об обмане.

Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили некоторые странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость и даже скаредность в мелочах.

Живя отшельником в Кремлевском дворце, он временами покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты и запечатаны ли входы в дворцовые погреба и в кладовые со съестными припасами. Скупость, по наблюдению англичан, стала одной, притом не самой последней, из причин его падения.

Многие признаки в поведении Бориса указывали на его преждевременно наступившее одряхление. Принимая посла английского короля Якова I, царь впал в слезливый тон, когда речь зашла об умершей королеве Елизавете I.

Государь тревожился за будущее сына и держал его при себе неотступно, «при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия». Придворные из числа ученых иноземцев пытались убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако монарх неизменно отклонял такие советы, «говоря, что „один сын — все равно что ни одного сына“, и он не может и на миг расстаться с ним».

В конце жизни Годунова томили воспоминания об угличской драме. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, он по временам впадал в сомнение, «почти лишался рассудка и не знал, верить ли тому, что Дмитрий жив или что он умер».

Терзаемый страхом перед самозванцем, Годунов не раз засылал в его лагерь тайных убийц. Позже он приказал привезти в Москву мать Дмитрия и выпытывал у нее правду: жив ли царевич или его давно нет на свете?

Предчувствуя близкий конец, Борис мучительно размышлял над тем, может ли он рассчитывать на спасение в будущей жизни. За разрешением своих сомнений он обращался то к православным богословам, то к ученым иноземцам. Царь просил, чтобы они, невзирая на различие веры, «за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед государь нередко приходил к мысли, что для него «в будущей жизни нет блаженства».

Под влиянием неудач и тяжелой болезни Годунов все чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.

13 апреля 1605 г. царь Борис скончался. Недруги распространяли всякого рода небылицы по поводу его смерти.

Согласно одной версии, Борис будто бы принял яд ввиду безвыходности своего положения. По другой версии, он упал с трона во время посольского приема.

Осведомленные современники описывали кончину монарха совсем иначе: «…царю Борису вставши из-за стола после кушанья, и внезапу прииде на него болезнь люта, и едва успе поновитись и постричи, в два часа в той же болезни и скончась». Согласно «Хронографу», Годунов умер после обеда: «по отшествии стола того, мало времени минувшю, царь же в постельной храмине сидящу, и внезапу случися ему смерть». Самодержец умер скоропостижно, и монахи лишь «успели запасными дары причастити» умирающего.

Члены английского посольства описали последние часы Бориса со слов лечивших его медиков. По обыкновению, врачи находились при царской особе в течение всего обеда. Годунов любил плотно поесть и допускал излишества в еде. Доктора посчитали его хороший аппетит признаком улучшения здоровья и разъехались из дворца. Но через два часа после обеда царь внезапно почувствовал дурноту. Перейдя в спальные хоромы, он лег в постель и велел позвать врачей. Доктора не поспели на вызов. До их приезда у Бориса отнялся язык, и он умер.

Стоявшие подле умирающего бояре спросили, не желает ли он, чтобы дума в его присутствии присягнула наследнику. Царь, дрожа всем телом, успел промолвить: «Как Богу угодно и всему народу». Видимо, Борис Годунов понимал, что без соборного избрания его несовершеннолетний сын не удержит корону на голове.

Близкий к царскому двору Яков Маржарет передает, что Годунов скончался от апоплексического удара.