Правительство могло бы использовать старицу Марфу (Марию) Угличскую для обличения самозванца. Но царица Мария Годунова и слышать не желала о ее возвращении в Москву.

Воеводы расставили заставы на всех дорогах и отдали приказ вешать гонцов Лжедмитрия без промедления. Тем не менее лазутчики продолжали проникать в столицу и доставлять «прелестные» листы.

Царь Федор предпринимал отчаянные усилия, чтобы удержать контроль за положением в столице. Казна раздала населению огромные суммы на помин души Бориса, на самом же деле — чтобы успокоить народ. Но щедрая милостыня не достигла цели.

Не видя иного выхода, царица Мария и ее сын срочно вызвали из армии в Москву руководителей Боярской думы Ф.И. Мстиславского и братьев Шуйских, чтобы прекратить беспорядки в столице. «…Князь Мстиславский был отозван из стана в Москву помочь молодому царю решать и вершить дела правления…» — полагал Конрад Буссов. За боярами под Кромы был послан жилец К. Карамышев. Подобная мера казалась вполне оправданной. Страх перед назревавшим выступлением низов побуждал бояр заботиться о порядке в столице и действовать в интересах династии, невзирая на собственные политические симпатии.

Когда толпа в очередной раз заполнила площадь перед Кремлевским дворцом, князь В.И. Шуйский вышел на крыльцо и долго увещевал народ одуматься и не требовать перемен, которые приведут к распаду царства и ниспровержению православия. Боярин поклялся самыми страшными клятвами, что царевича Дмитрия давно нет на свете, что он своими руками положил его в гроб в Угличе, а путивльский «вор» — это беглый монах и расстрига Отрепьев, подученный дьяволом и посланный в наказание за грехи.

Возвращение главных бояр в Москву и речи Шуйского внесли успокоение в умы. Волнения в столице на время утихли.

Почти сразу после смерти Бориса правительство осуществило смену высшего командования в армии под Кромами. Среди Годуновых и их родни не оказалось никого, кто мог бы взять на себя руководство военными действиями, и царь Федор поневоле должен был вверить свою судьбу людям, ничем не связанным с династией, кроме милостей умершего царя. Новым главнокомандующим в армию был назначен князь Михаил Петрович Катырев-Ростовский, его помощником — боярин Петр Федорович Басманов.

М.П. Катырев получил боярство одним из первых, сразу после коронации Бориса. Катырев ничем не успел проявить себя на военном поприще, и его назначение было продиктовано формальными местническими соображениями. До опричнины Катыревы-Ростовские занимали высокое положение в думе. На этом основании М.П. Катырев, получив боярство, пытался местничать с главой думы Ф.И. Мстиславским.

Наибольшие надежды Годуновы возлагали на П.Ф. Басманова. В столице Басманова знали как первого щеголя среди дворян и человека, популярного в народе. По словам современников-англичан, простой народ «считал его единственным своим защитником». Басманов сделал карьеру в считанные месяцы благодаря успешной обороне Новгорода-Северского. Царь Борис вызвал его ко двору, столица чествовала Басманова как героя. Из-за ран воевода не мог ехать верхом, и Борис выслал ему навстречу свой выезд. В царских санях Басманов проследовал через всю столицу в Кремль. Годунов пожаловал Басманову боярский чин, земли, 2000 рублей денег и множество подарков.

Старшим воеводой в Новгороде-Северском был боярин князь Н.Р. Трубецкой. Однако больше всего наград за оборону города получил не он, а Басманов. Услуги, оказанные Басмановым Годунову, носили особый характер. Старший воевода осуществлял общее военное руководство обороной крепости. Заслуга же Басманова состояла в том, что он своевременно обнаружил измену в гарнизоне Новгорода-Северского и железной рукой подавил мятеж.

После возвращения в Москву Басманов неоднократно просил царя отправить его в действующую армию. Но Борис неизменно отказывал ему, ссылаясь на то, что воевода еще не оправился от тяжелых ран. Невзирая на болезнь, Годунов надеялся сам возглавить летнюю кампанию против самозванца и обещал дать Басманову назначение в своей армии. Исаак Масса утверждал, что правительство решило послать Басманова в лагерь под Кромы еще при жизни Бориса, когда последний увидел, что измена ширится день ото дня, и заподозрил в предательстве самого Мстиславского. Басманов будто бы поклялся, что захватит «вора» или сам сложит голову.

По своему местническому положению Басманов никак не мог претендовать на руководство главными силами русской армии. Бояре, находившиеся в полках, были много старше его по рангу и службам. Правительство имело немало соглядатаев в лагере и своевременно получало сведения о «шатости» в людях. Басманову отводилась та же роль, которую он уже сыграл однажды при обороне Новгорода-Северского.

Явившись в лагерь под Кромы, Катырев и Басманов привели полки к присяге. Патриарх Иов по немощи не мог покинуть Москву, и поэтому церемонией присяги руководил Новгородский митрополит Исидор — второе в церковной иерархии лицо. Никто не оказал воеводам открытого неповиновения. Но, по свидетельству русских летописей, некоторые ратные люди в общей сутолоке уклонились от церемонии крестоцелования. В Москве церковное руководство оказало немалую помощь новому царю, но на действующую армию влияние духовенства не распространялось. Бояре поспешили выпроводить Исидора из лагеря под Кромами, едва закончилась присяга.

После смерти Бориса вопрос о единстве в думе и высшем военном командовании приобрел первостепенное политическое значение. В свое время Годунов, питавший особое доверие к бывшему опричнику князю Андрею Телятевскому, приставил его к Мстиславскому в качестве помощника. Попытка подчинить большой полк Телятевскому вызвала негодование многих воевод. После того как царевич Федор отозвал в Москву Ф.И. Мстиславского и В.И. Шуйского, большой полк фактически перешел в распоряжение Телятевского: «…воем же начальницы осташася князь Ондрей Телятевской…».

Вмешательство Семена Годунова, главы Сыскного ведомства, в дела Разрядного приказа привело к полной неразберихе в полках. После отъезда П.Ф. Басманова под Кромы Семен Годунов настоял на назначении князя А.А. Телятевского главным воеводой сторожевого полка, что доставило тому большие местнические преимущества. Новый главнокомандующий князь М.П. Катырев привез под Кромы одну роспись, а через три дня в лагерь прибыл гонец с новым Разрядом, не согласованным ни с Катыревым, ни с Басмановым. Разрядные дьяки утверждали, будто новый государь ничего не знал о втором Разряде. По их словам, «тое-де роспис, как бояром и воеводам велено быть по полком, послал Семен Годунов для зятя своево князя Ондрея Телятевского, а царевич-де князь Федор Борисович тое росписи не ведает».

Вмешательство Сыскного ведомства посеяло раздор среди воевод, на которых династия возлагала наибольшие надежды. П.Ф. Басманов с головой погрузился в местническую тяжбу с А.А. Телятевским. Воевода полка левой руки З.И. Сабуров отказался подчиняться М.П. Катыреву и отослал ему полковые списки «для того, не хотечи быть менши князя Ондрея Телятевского». К тому же второй воевода полка правой руки князь М.Ф. Кашин-Оболенский «бил челом на Петра Басманова в отечестве, и на съезд не ездил, и списков не взял».

В армии назревал заговор, и местнические распри способствовали его успеху. Душой заговора были братья Голицыны.