Смерть монарха дала новый импульс гражданской войне в России.

Бояре и духовенство нарекли царевича Федора Борисовича на царство через три дня после кончины Бориса. Записи в книгах Разрядного приказа наводят на мысль о том, что в этом акте участвовали все чины, обычно входившие в состав Земского собора. «Того же месяца апреля, — значится в Разрядах, — патриарх Иев Московский и всеа Русии, и митрополиты, и архиепископы, и епископы, и со всем освященным собором вселенским, да бояре и окольничие, и дворяне и стольники и стряпчие, и князи, и дети боярские, и дьяки и гости, и торговые люди, и все ратные и черные люди всем Московским царством и всеми городами, опричь Чернигова и Путивля, нарекли на Московское государство государем царевича князя Федора Борисовича всеа Русии».

Разрядные записи находят аналогию в епископских посланиях, разосланных по городам сразу после наречения Федора. Отцы церкви подробно описывали, как патриарх с Освященным собором, весь царский синклит — Боярская дума, гости и торговые люди и «всенародное множество Российского государства» просили царицу Марию Григорьевну, чтобы она «была на царстве по-прежнему», а сына великого государя царевича князя Федора благословила «быти царем и самодержцем всей Русской земли». Царевич не презрел «слез и моления» чинов и по благословению и приказу отца «произволил» быть царем.

В действительности наречению царевича Федора не предшествовали ни «моления» чинов Земского собора, ни шествия «всенародного множества».

После своего избрания Борис Годунов сделал сына соправителем и приказал именовать его государем царевичем «всеа Руси». Царевич самостоятельно сносился с иноземными дворами. Очевидно, сам Борис позаботился о том, чтобы заблаговременно подготовить всю процедуру передачи власти наследнику. В обращении патриарха к народу было сказано, что царь Борис, умирая, после себя приказал на царство сына и благословил его крестами, которыми «венчаютца на царство», после чего Федор Борисович «з божьей помощью на своих государствах сел». Патриарх с освященным собором благословили нового царя, а члены Боярской думы, дворяне, дети боярские, приказные люди, гости и всех сотен торговые люди в присутствии патриарха принесли присягу на верность Федору Борисовичу.

Очевидцы свидетельствуют, что именно так все и произошло. Бояре, дворяне, купцы и простой народ были вызваны в Кремль и приведены там к присяге.

Вслед за тем царица Мария и царь Федор Борисович разослали в города наказ, повелев созвать в церкви дворян, служилых людей, посадских людей, пашенных крестьян и всяких «черных» людей и привести их к присяге по специальной записи. Приказные люди записывали имена присягнувших в особые книги, которые надлежало затем отправить в Москву.

В главных городах — Новгороде, Пскове, Казани, Астрахани, в городах Замосковья, Поморья и Сибири присяга прошла без затруднений. Составленные там книги были спешно присланы в столицу. В царском архиве хранилась «свяска, а в ней записи целовальные… после царя Бориса царице Марье и царевичу Федору всяким людем по чином, и записи шертовальные по чином иноземцом». Православные целовали крест, иноверцев приводили к шерти.

Текст подкрестной записи царя Федора полностью повторял текст, составленный при воцарении Бориса Годунова. Он содержал непомерно длинный перечень обязательств, ограждавших безопасность царской семьи. Подданные обещали над царицей и ее детьми «в еде и питье, ни в платье, ни в ином чем лиха никакого не учинить и их не испортить, и зелья лихого и коренья не давать»; «и людей своих с ведовством и со всяким лихим зельем и с кореньев не посылать, и ведунов не добывать на царское лихо»; когда государь куда пойдет, «на следу его всяким ведовским мечтанием не испортить и ведовством по ветру никакого лиха не насылать».

Проекты возведения на трон Симеона Бекбулатовича давно утратили актуальность. Тем не менее советники Федора упомянули его имя в тексте присяги, запретив подданным всякие сношения с ним. Реальная угроза династии исходила от самозванца. Но пояснения насчет самозванца в «целовальной записи» были краткими и маловразумительными. Подданные клятвенно обязывались «к вору, который называется князем Дмитрием Углицким, не приставать и с ним и с его советники ни с кем не ссылатись ни на какое лихо и не изменити и не отъехати…».

Текст присяги отразил замешательство, царившее среди властителей Кремля. Длительное время церковь предавала анафеме зловредного еретика Гришку Отрепьева. Затем все узнали, что в Путивле «царевич» выставил на всеобщее обозрение колдуна Гришку Отрепьева. Чудовские монахи, посланные для обличения Расстриги перед жителями Путивля, прислали царю Борису письмо, подтверждавшее истинность сына Грозного. В Москве не могли сразу разобраться в новых мистификациях самозванца и не знали, что думать. Вместо того чтобы следовать раз принятой линии обличения «вора», царица и ее советники решили вовсе не упоминать в «записи» имени Отрепьева. Составители присяги сделали худшее, что могли. Они свели на нет все достижения официальной пропаганды. Присяга не только не внесла успокоения в умы, а усилила брожение.

Династия Годуновых имела мало шансов на то, чтобы уцелеть в обстановке кризиса и гражданской войны. Федор получил превосходное для своего времени образование, но в 16 лет ему недоставало политической опытности и самостоятельности. Царица Мария Григорьевна была фигурой крайне непопулярной. Знать и население столицы не забыли массовых избиений и казней, в свое время организованных ее отцом — опричным палачом Малютой Скуратовым. По Москве ходила молва о крайней жестокости царицы.

Борис наводнил Боярскую думу своими родственниками. Но к началу 1605 г. все наиболее значительные деятели из рода Годуновых сошли со сцены, а оставшиеся не пользовались никаким авторитетом, несмотря на свои блистательные титулы. В трудный час подле Федора не оказалось никого, кто мог бы твердой рукой поддержать пошатнувшуюся власть.

Прошло несколько дней после присяги, и бессилие правительства перед началом глубокого кризиса обнаружилось с полной очевидностью. Крушению власти немало способствовало то, что в решающий момент у царя не оказалось достаточных военных сил: в течение многих месяцев царь Борис отправлял в действующую армию всех способных носить оружие, включая стольников, жильцов (дворцовую охрану), конюхов и псарей.

Еще при жизни царь Борис стал жертвой политической клеветы. Его обвиняли в убийстве последних членов законной династии, включая царя Ивана, царя Федора и царевича Дмитрия. Клевета подготовила почву для торжества сторонников Лжедмитрия. По Москве распространялись самые невероятные слухи. Упорно толковали, будто Борис сам наложил на себя руки в страхе перед «сыном Грозного».

Волнения в Москве нарастали с каждым днем. Следуя традиции, новый царь объявил о прощении всех преступников и опальных. Однако амнистия не распространялась на политических противников Годунова. Столица не желала мириться с такой несправедливостью. Как записал очевидец, «народ становился все бесчинней, большими толпами сбегался ко дворцу, крича о знатных боярах, бывших при Борисе в немилости и ссылке, другие кричали о матери Дмитрия, старой царице, что ее надобно посадить у городских ворот, дабы каждый мог услышать от нее, жив ли еще ее сын или нет». Власти были вынуждены уступить требованиям народа. Они вернули в столицу Б.Я. Бельского, находившегося в ссылке в деревне, удельного князя И.М. Воротынского, бывшего в опале и изгнании, и других лиц. В лице Бельского династия приобрела опаснейшего противника, великого мастера политических интриг, озлобленного преследованиями со стороны царя Бориса.