Баязид, заняв примиренческую позицию, предложил Джему значительные доходы государства Караман, которым тот управлял, если брат добровольно удалится в Иерусалим. «Империя, — утверждал Баязид, — это невеста, которая не может быть поделена между соперниками». Но Джем предпочел искать покровительства у рыцарей ордена святого Иоанна Иерусалимского, госпитальеров на Родосе, где его принял с императорскими почестями Великий магистр д’Обюссон. Позднее был подписан договор, согласно которому Баязид выплачивал рыцарям ордена ежегодную сумму сорок пять тысяч золотых монет, столь долго, сколько его брат будет находиться под их опекой.

Хотя Джем вначале не полностью осознавал это, забота рыцарей о нем по существу была политической по своим мотивам. В руках христианского мира он был драгоценным заложником против османской агрессии. Его покровители, сначала во Франции, а затем в Ватикане и Риме, были на самом деле его тюремщиками, желавшими его использовать, выжидающими подходящего момента, чтобы спустить этого «брата Турка» с цепи на своего, теперь уже общего страшного врага. Он явился, чтобы быть использованным в качестве пешки в дипломатических интригах соперничавших христианских правителей. В конце концов он внезапно скончался в Неаполе, возможно отравленный, во что многие не без основания верили, папой Борджиа, назло королю франков и с молчаливого согласия его брата султана, который мог при необходимости сослаться на закон о братоубийстве как на правовое обоснование любого подобного преступления.

При всех своих миролюбивых намерениях Баязид, как до, так и после смерти Джема, оказался втянутым в маневры европейской дипломатии. В практику европейских государств вошло использование друг против друга в Италии угрозы османской поддержки. Османская империя была теперь фактором, с которым следовало считаться не только на суше, но и на Средиземном море. Баязид, исполненный решимости положить конец всем авантюрам крестоносцев, продолжал наращивать турецкий флот, как это вначале делал его отец. Стремясь с помощью программы массового строительства кораблей достичь господства своего флота на Средиземном море, он использовал флот для возобновления войны с Венецией, когда его наземные и морские силы последовательно овладели Лепанто, Модоном, Короном и Наварино в Греции. Баязид предложил помощь Милану и Неаполю, от монарха которых надеялся добиться уступки Отранто. Но пока Баязид не решился пересечь Адриатику, поскольку Венеция могла рассчитывать на военно-морскую поддержку французов, испанцев и португальцев.

В 1503 году между султаном, венецианцами и этими различными союзниками был подписан мирный договор, который главным образом подтвердил существующий статус-кво. Но война снизила морскую мощь Венеции к выгоде турецкого флота, который после этого стал осуществлять активные рейды не только на восточные, но и на западные берега Средиземноморья. Здесь их приветствовали, как «морских гази», мусульмане Испании и Северной Африки. В то же время Баязид в больших масштабах поощрял торговую и экономическую экспансию своей империи, выгодно торгуя с купцами итальянских государств и поощряя иммиграцию в свои владения новых групп евреев, которых в конце XV века изгоняли из Испании.

В это времен у турок возникли проблемы в Азии с туркоманскими кочевниками — беспокойными племенами, которые с незапамятных времен скитались по пограничным областям Анатолии. Теперь они, благодаря подстрекательству из-за сирийской и персидской границ, постоянно бунтовали против центральной власти. В ходе шести последовательных ежегодных военных операций османы сражались за господство над ними против сил мамлюкского султана в Сирии, и мир был достигнут только ценой османских пограничных уступок мамлюкам.

Недовольство туркоманов возникло из-за введения по мере развития империи власти централизованной администрации, которая стремилась установить над ними контроль и обложить налогом, ограничив их прежнюю племенную автономию и защищая оседлое сельскохозяйственное население от их разрушительных набегов. Носившие красные шапки и известные с тех пор как кызылбаши, или «красноголовые», они были религиозными еретиками. В пограничных регионах Персии их всячески поддерживало духовное и политическое руководство Исмаила, нового правителя, который в 1502 году провозгласил себя персидским шахом. Унаследовав амбиции Узун-Гасана и племенные связи «белобаранных», Исмаил последовал его примеру, ища союза с Венецией, и сам возглавлял набеги на османскую территорию. Тем временем мятежные силы кызылбашей, действуя от его имени, дошли до стен Бурсы, где в сражении погиб великий визирь Баязида Али-паша. Исмаил утверждал, что является прямым потомком Пророка по линии зятя Мухаммеда — Али, и провозгласил официальной религией государства шиизм — ветвь ислама, которая поддерживала законность претензий Али на халифат и к которой (с ее мистицизмом и созерцательностью) народ Персии был особенно привязан. В отличие от шиизма суннитский ислам, который поддерживал претензии рода Омейядов и который был господствующей верой исламского общества, с тех пор стал именоваться ортодоксальным.

Исмаил приобрел известность как великий суфи, а его неортодоксальные верования завоевали широкую поддержку во всей Восточной и Южной Анатолии. Сам Баязид, склонный к мистике, продемонстрировал некоторую симпатию к философским доктринам суфизма. Но ему пришлось отказаться от него, когда суфизм стал использоваться иностранным монархом в качестве инструмента политической подрывной деятельности в его собственных границах. Османские армии выступили против Исмаила, хотя и не вынудили его принять сражение. Но его приход к власти не мог не стать причиной нового конфликта в Османской династии, на этот раз имеющего религиозный характер. Из троих остававшихся в живых сыновей султана — все они управляли провинциями — младший, Селим, был самым энергичным и воинственным, не похожим на отца, но напоминающим деда, Завоевателя. Любимцем Баязида был его второй сын, Ахмед, таланты которого лежали скорее в области управления.

Селим, знавший, что здоровье Баязида слабое, и исполненный решимости претендовать на трон, нанес визит в Стамбул, где заручился поддержкой янычар, ныне недовольных военной бездеятельностью Баязида и вытекающей из этого невозможностью для них пользоваться материальными плодами завоеваний. Однако пока еще Баязид оказался в состоянии помешать младшему сыну и продолжал при поддержке чиновников действовать в пользу Ахмеда. Селим бежал в Крым, где губернатором был его сын Сулейман, будущий великий султан. Здесь он собрал новую армию, обошел с севера Черное море и захватил Адрианополь. Тем временем Ахмед в Анатолии стал еретиком, облачился в красную шапку кызылбашей и собрал войско, чтобы взять Бурсу. Тем самым он пожертвовал поддержкой отца. Селим, договорившись с янычарами, направился с отрядом к Стамбулу, и там Баязид согласился отречься от престола в его пользу. После передачи младшему сыну имперского скипетра смещенный султан попросил разрешения удалиться на родину, в Димотику, но скончался по пути, возможно, был отравлен по приказу сына.

Так началось правление Селима I, Селима Явуза, или Беспощадного, как его стали называть. Его первым действием после восшествия на трон было удушение с помощью шнурка двоих его братьев. Он расширил принцип братоубийства, распространив его также на пятерых своих племянников-сирот, мальчиков пяти лет от роду и старше. Они все были задушены с помощью шнурка, а Селим слушал их крики, находясь в соседней комнате. Обеспечив таким чудовищным методом себе полную власть дома, Селим направил вооруженные силы на восток — в Азию, на какое-то время оставив Европу в покое.