Началом конца недолгого правления Дмитрия стало появление в Москве польского войска и невесты «царя» Марины Мнишек. Для москвичей поляки были, прежде всего, иноверцами. И сразу же возродились слухи, что Дмитрий перекрестит всех в латинскую веру и введет в обиход «польские непотребства». В православные церкви иноверцам входить было строго запрещено, но поляки любопытствовали и входили. Они вели жизнь, к которой привыкли, говорили на своем языке – все это не нравилось москвичам. Довершением «безобразий» стала свадьба Дмитрия, коронация Марины и последующее шумное празднование. Народ был возмущен и тем, что Марину венчали «некрещеной» (то есть она осталась католичкой), и тем, что Дмитрий ради праздника устроил бал, то есть еще одно «непотребство», и тем, конечно, что гости перепились и шатались по Москве, «творя бесчинства».

Свадьба состоялась 8 мая 1606 года, пир с балом – 9-го, а 17 мая Шуйский поднял москвичей на восстание. Сделал он это обманом, собрав на Красной площади толпу и объявив, что, дескать, «литва» идет убивать царя. Толпа тут же отреагировала, бросилась бить поляков и прочих иностранцев, а заговорщики Шуйского ворвались во дворец Дмитрия. Он отчаянно защищался, но вынужден был выпрыгнуть в окно, упал неудачно и оказался в руках стрельцов. Те сначала пробовали его спасти, но им быстро объяснили, что он – не настоящий царь. Стрельцы потребовали удостоверения этого от Марии Нагой, и гонец от нее принес подтверждение: царь – самозваный. Тогда Дмитрия отдали на растерзание, а потом его изуродованное тело выставили напоказ на московском рынке – с дудкой, засунутой в рот, и карнавальной маской на вспоротом животе. Через три дня его захоронили на кладбище для неопознанных лиц. Тут же пошли слухи, что мертвый царевич вылезает из-под земли и ходит по Москве, кочует по разным кладбищам с двумя голубками на плечах. Это было нежелательно: самозванец начал превращаться в святого. Тогда тело выкопали, сожгли, а собранным прахом выстрелили из пушки в сторону Польши.

19 мая, через два дня после московской резни, новым царем был избран Василий Шуйский. Марина, венчанная на царство под именем Марии Юрьевны, должна была погибнуть во время восстания, но ее не узнали среди придворных фрейлин, а, когда встал вопрос, что делать с живой царицей, бояре воспротивились ее казни. Смерть ей заменили ссылкой в Ярославль, куда и отправили вместе с отцом – Шуйский решил, что нелюбимая в народе панночка угрозы его власти не представляет. Сразу же, взойдя на трон, он изменил «показания по угличскому делу» в третий раз – объявил, что свергнутый Дмитрий был самозванцем, а реального царевича убил Борис Годунов. Кости «невинно убиенного младенца Димитрия» в срочном порядке перевезли из Углича в Москву. Народ покорно присягнул новому царю.

Василий дал крестное целование, что будет править справедливо, но по стране сразу же пошли местные бунты. Сначала пламя восстания охватило весь юг. Туда, в Путивль, еще при Дмитрии Басманов отправил князя Шаховского. Теперь, узнав о московских событиях, Шаховской объявил, что царя нельзя так просто убить, он, как и в Угличе, снова спасся, бежал в Польшу и скоро снова придет. И народ этому поверил. Шаховской призвал идти на Москву и свергнуть узурпатора Шуйского, но стали ждать спасенного Дмитрия. Тут выяснилось, что в Польше есть один беглец, но фамилия у него – Молчанов. Волнения улеглись. На время. Шаховской не сдавался и писал указы от имени Дмитрия. Скоро к нему явился отличный союзник – Иван Болотников, бежавший только что из турецкого плена и называвший себя воеводой царя Дмитрия, а также присоединились отряды сотника Истомы Пашкова, рязанского воеводы Григория Сунбулова, дворянина Прокопия Ляпунова. Все это самостийно собравшееся войско двинулось на Москву.

Шуйский отправил сражаться с ними своих воевод, но восставшие взяли их в плен. Царь послал новое войско со Скопиным-Шуйским во главе, и тому удалось обещаниями переманить на свою сторону Истому Пашкова, но Болотников дрался из последних сил, и только численный перевес противников заставил его людей разбежаться. Скопин-Шуйский с победой вернулся в Москву.

Но победа была иллюзорной. По словам современников, страна «утопала в пучине крамол, и волны стремились за волнами: рушились одне, поднимались другие». Восставшие снова собрались и взяли Тулу. В октябре они стали лагерем в селе Коломенском, потом осадили Москву. От стен Москвы восставших удалось отбить, лишь посеяв между ними раздор и переманив отряды Ляпунова. К декабрю ослабленное потерей людей Ляпунова войско отогнали к Калуге, оборона которой длилась до мая 1607 года. Потеряв Калугу, восставшие укрепились в Туле. Тула просидела в осаде четыре с половиной месяца – ни постоянные штурмы, ни присутствие самого Шуйского делу не помогали. Только после того, как осаждавшие перегородили плотиной речку Углу и город стало затапливать, штурм принес результат – Тула сдалась. Вождей восстания взяли в плен: Илейку Муромца повесили, князя Шаховского насильно постригли в монахи, а Болотникова сослали в Каргополь.

Но пока Москва была отвлечена на «тульское сидение», на юге появился атаман Заруцкий – он вел на трон «счастливо спасшегося царя Димитрия», известного нам под именем Лжедмитрий Второй. Этот Дмитрий обещал вернуть себе московский престол. Вблизи Москвы, в Калуге снова вспыхнуло восстание, на этот раз по глупости самого Шуйского, который отправил, чтобы выбить восставших из Калуги, тех самых донских казаков, которых захватили в Туле. Казачье войско и восставшая Калуга благополучно соединились. В декабре Лжедмитрий Второй взял Орел и остался там на зимовку. В мае1608 года воеводы Шуйского были разбиты под Болховом. И скоро Москва оказалась в кольце восстания, а под ее стенами в селе Тушино разбил свой лагерь Лжедмитрий. В июне Шуйскому пришлось отпустить из столицы пленных поляков, которые там сидели с мая 1606 года. Марину тем временем тоже отправили на родину. Везли через Смоленск, и по пути к границе ее захватил отряд Зборовского, который послал отец Марины Юрий (Ежи) Мнишек. Зборовский объявил о чудесном спасении Дмитрия, и Марину повезли в Тушино. Там ей предъявили самозванца, и она, боясь расправы, признала в нем своего мужа. В Тушино, ободренные вестью о чудесном спасении царя, стали стекаться новые повстанцы.

Страна теперь разделилась на два лагеря: одни были за Дмитрия, другие за Шуйского, и последние оказались в меньшинстве. В самой Москве Шуйского пытались свести с трона, но требовалось согласие всей Русской земли, так что попытки оставили. Пробовали его убить, но неудачно. В 1609 году Шуйский запросил помощи у шведов и получил в помощь корпус Якоба Делагарди. А со стороны Польши к Москве двинулось польское войско Сигизмунда с намерением посадить на трон королевича Владислава. Сигизмунд осадил Смоленск и собирался идти на Тушино. Лжедмитрий, узнав об этом, тут же бежал, переодевшись мужиком, Марину захватил Сапега и увез в Дмитров. Тушинцы тут же переметнулись на сторону поляков.