Меж «зачинщиками» оказались два вечевых чина – всегородные старосты Семен Меньшиков и Иван Подрез. Челобититься с посадскими ходили и большие люди, но, услышав про перепись имен, они тут же бежали прочь. Однако на площади возмущенный народ (большей частью это были стрельцы) орал, что не даст возить хлеб из города и Собакину того не позволит. Собакину пришлось не вывозить хлеб. Даже ночью по городу ходили вооруженные отряды и караулили, чтобы власти не открыли житницы. А из Москвы в Псков уже ехал швед Нумменс и вез с собой 20 000 рублей, выплаченных ему из казны согласно договоренности. И когда 28 февраля народ собрался у земской избы, дозорщики сообщили, что Нумменс едет на немецкий двор. Люди бросились его перехватывать, изловили у городской стены. Одни думали забить, другие – утопить в проруби, третьи стали расспрашивать его о планах и услышали, что он желает повидаться с Емельяновым. Тут толпа взревела: и немца пытать, и Федора! Нумменса оттащили к всегородней избе, донага раздели и обыскали. Казну отняли и поставили при ней охрану. Обыскали и повозку с вещами, из коробов с товаром натрясли две шапки писем, сложили в коробку и запечатали городскими печатями. Послали и за Емельяновым, но тот скрылся: казну и царскую грамоту отдала им жена. Архиепископ и воевода пробовали усмирить толпу, но их уговоры не подействовали. Двор Емельянова разграбили, а Нумменса под охраной доставили в Снетогорский монастырь и там заперли.

1 марта Нумменса допрашивали на площади перед всем народом, а потом переводчик зачитывал грамоты, которые вез с собой швед. После этого «розыска» воевода Собакин потерял над городом власть и свои донесения в Москву слал теперь тайно. Управлять городом стала земская изба. Но городские ключи Собакин отдавать отказался. Восстание набирало силу. Между посадским людом и псковской знатью вспыхивали ссоры. Мятежники понимали, что рано или поздно усмирять недовольных пришлют московское войско, но поклялись, что в город это войско не войдет. 9 марта из Пскова в Москву выехала делегация, которая везла челобитные и жалобы на воеводу Собакина и купца Емельянова. Однако в эту делегацию попали негативно настроенные к восстанию доносчики, их задачей было ускорить усмирение горожан.

Москва решила послать в Псков окольничего Волконского и дьяка Дохтурова – для сыска, чтения царских грамот и вынесения смертных приговоров. Занятно, но в этих грамотах безвозмездная выемка псковского хлеба в уплату шведского долга выставлялась как величайшая милость платить государевы убытки. Толку от приезда Волконского и Дохтурова не было никакого. Напротив, 17 марта, нисколько не стесняясь, горожане потребовали от архиепископа выдать его человека Михаила Турова, который помог бежать Емельянову, а когда тот отказался – просто посадили архиепископа на цепь (!!!) и держали так целый час. У Макария был еще один грех: он сообщил в Новгород о челобитчиках от восставших, назвал их поименно, и князь Хилков всех их перековал и пытал. В Новгороде как раз только что стали собирать хлеб на выдачу шведам, и на торговой площади зачитали указ об ограничении отпуска хлеба в одни руки, так что моментально и там вспыхнул бунт. И новгородцы надеялись на помощь довольно сильной крепости Псков.

Новгородский бунт начался хитроумно спланированным обманом: некто Волков сказал немецким купцам, что их идут арестовывать, и лучше им бежать из города. Немцы поверили и хотели уехать, но Волков сообщил в земскую избу, что немцы бегут, потому что состоят в дружбе с боярином Морозовым, и новгородцы пошли бить и хватать немцев. Хилков пробовал мятежников образумить, но толпа ему не поверила. 17 марта перед разъяренной толпой явился митрополит Никон, будущий патриарх, и проклял восставших. Не помогло. Через два дня толпа едва не разнесла дом воеводы Хилкова, тот бросился спасаться в дом архиерея. Толпа стала штурмовать запертые наглухо двери Софийского дома, вышибла их, как тараном, бревном, ворвалась в келью митрополита и схватила его, несмотря ни на уговоры, ни на увещевания, ни на проклятия. Никона порядком избили, бросили в сани и отвезли в дом архиерея, где он ожидал скорой смерти и даже соборовался.

Стойкость Никона немного отрезвила восставших, и они отправили гонца в Москву с жалобой на Хилкова, который-де отдает их хлеб в Швецию, а горожан морит голодом, и на митрополита за самовольное проклятие. В апреле из Москвы прислали военный отряд Ивана Хованского, и начался розыск. Новгородцы предпочли смириться, а Хованский взял шестерых главарей, которые были казнены, а остальных велел сечь кнутом и отправить в ссылку.

Но в Пскове с получением известия о новгородском усмирении покоя не наступило. Горожане там чинили свой розыск – и над архиепископом Макарием, и над воеводой Собакиным, которому не дали бежать из города, и над новым воеводой Львовым, и над присланным вести московский розыск Волконским. Прежние «умеренные» старосты были смещены, на их место избрали стрельца Демидова и Мошницына, разделявших надежды восставших. Демидов фактически стал вождем восстания. Он изъял у Собакина городские ключи и городские запасы, а нового воеводу заставил передать народу порох и оружие. От имени города по всей округе были разосланы письма с призывом поддержать восставших и приходить к ним для соединения. Заволновались окрестные волости, там стали жечь дома землевладельцев и убивать наиболее жестоких из них. О подавлении восстания новгородцев думали так: новгородцы поверили и пропали, а псковичей не обманут. Никон пробовал взывать к вере, послал к псковичам гонца – того заковали в железа и бросили в тюрьму. В Псков прислали с царскими грамотами и новгородской депутацией Андрея Сонина – их выпроводили из города с негодованием и не дали коней, путь от Пскова до Новгорода Сонин со товарищи проделали пешком.

19 мая от царя пришел наконец-то ответ на челобитную. Ответ был пространным, но сводился к нескольким словам: выдайте вождей восстания, не то ждите прихода войска. Царь собирался послать Хованского, отряд в 300 человек, Пронского и Трубецкого, 2 приказа стрельцов в 3200 человек и еще 1000 человек из Сумерской волости, Тороща и Великих Лук. Но стрельцы были ненадежны, Трубецкой воевал против крымцев, так что царь отправил усмирять Псков одного Хованского. Тот послал в мятежный город двенадцать своих людей с приказом немедленно сдать Псков, но к нему, и то через неделю, вернулись двое – и рассказали, что остальные брошены в тюрьму. Когда Хованский подошел к стенам Пскова и стал лагерем у Снетогорского монастыря, псковичи тут же совершили набег и отбили шесть подвод, некоторые – с добром самого князя. Через два дня горожане обстреляли его из пушек. Князь надеялся на подход дворянских отрядов, но по всей Псковской земле действовали шайки «шишей» (разбойников), которые грабили проезжих и сжигали богатые дома. Никакого подкрепления Хованский не получил. Взять Псков можно было только осадой, да и то долгой. Надежда была лишь на разлад среди горожан. Москва пробовала использовать псковского челобитчика казака Синякина, но когда он вернулся в Псков и стал говорить о сдаче города и царской милости, то получил множественные побои и тюрьму.