Степан Бандера вышел на свободу из Брестской крепости 13 сентября 1939 г., после нападения Германии на Польшу. По утверждению Бандеры, во время наступления немцев польские охранники оставили тюрьму и его камеру открыли заключённые. «На самом деле Бандеру освободили немцы, что подтверждают асы гитлеровских спецслужб Отто Скорцени, Вальтер Шелленберг, Эрвин Штольце и другие. Но националисты отрицают этот факт, так как он подтвердит тесное сотрудничество ОУН с нацистами. Германская разведка и ранее предпринимала попытки освободить Бандеру, который в секретной картотеке абвера значился под псевдонимом Серый. Оказывалось дипломатическое давление, готовился побег с участием десанта, план которого разрабатывал Шухевич».

Около двух недель Бандера находился в подполье на советской территории, где установил контакт с активистами ОУН, с которыми обсуждал планы по созданию сети ОУН на территории всей Украины и развёртыванию борьбы против советских властей. Опасаясь задержания сотрудниками НКВД, во второй половине октября 1939 г. Бандера пересёк советско-немецкую демаркационную линию и прибыл в Краков, где активно включился в деятельность ОУН. 3 июня 1940 г. в Кракове Степан Бандера женился на Ярославе Опаривськой.

В ОУН назревал раскол. В августе 1939 г. на II Большом сборе ОУН в Италии Андрей Мельник был провозглашён преемником убитого в Роттердаме лидера организации Евгения Коновальца. Однако часть делегатов съезда высказалась против избрания Мельника, отдав предпочтение Бандере. Точки зрения Мельника и Бандеры на стратегию ведения освободительной борьбы имели принципиальные различия. Бандера считал, что в борьбе необходимо рассчитывать в первую очередь на собственные силы, поскольку в независимости Украины, по его убеждению, никто не был заинтересован. Возможный союз с Германией он рассматривал как временный и выступал «за то, чтобы поставить немцев перед фактом — признать Украинское Самостоятельное Государство».

Мельник же считал, что ставку следует делать на нацистскую Германию, а вооружённое подполье создавать ни в коем случае не следует.

10 февраля 1940 г. Бандера созвал в Кракове некоторых лидеров ОУН Галиции и Прикарпатья и, объявив себя законным преемником Коновальца на посту главы организации, создал Революционный провод ОУН. В него вошли его ближайшие единомышленники: Ярослав Стецько, Степан Ленкавский, Николай Лебедь, Роман Шухевич и Василий Охримович. В апреле 1940 г. на встрече с Бандерой в одном из городов на севере Италии Мельник отверг предложение о разрыве связей с Германией. Он не согласился также сместить с ключевого поста в ОУН Ярослава Барановского, которого сторонники Бандеры обвиняли в некоторых неудачах ОУН. Произошёл исторический раскол ОУН на две фракции — ОУН(б) (бандеровцы) и ОУН(м) (мельниковцы). В апреле 1941 г. Революционный провод созвал так называемый Большой сбор ОУН, единогласно избравший Степана Бандеру проводником ОУН(б). Прогнозировавший скорый военный конфликт между СССР и нацистской Германией, Бандера начал подготовку к вооружённой борьбе украинских националистов против Москвы. ОУН(б) начала проводить организационную работу на украинских землях, сформировала три походные группы, организовала сеть территориальных подпольных организаций. В Киеве и Львове были сформированы руководящие центральные органы для предстоящих действий.

Перед самым началом Великой Отечественной войны Бандера инициировал создание Украинского национального комитета для консолидации борьбы всех подконтрольных ОУН(б) сил, а также создание Легиона украинских националистов в составе батальонов «Нахтигаль» и «Роланд», военнослужащие которых в будущем составили ядро Украинской повстанческой армии. 30 июня, в день захвата немцами Львова, в город вошли и бойцы батальона «Нахтигаль» во главе с Романом Шухевичем. В тот же день от лица руководства ОУН(б) Ярослав Стецько зачитал «Акт возрождения Украинского государства», сообщавший о создании «нового украинского государства на материнских украинских землях». В последующие несколько дней представители ОУН(б) сформировали исполнительный орган — Украинское государственное правление (УГП), организовали Национальное собрание, заручились поддержкой греко-католического духовенства, включая митрополита Галицкого Андрея (Шептицкого). Бандеры в это время на месте событий не было, он находился в Кракове.

После нападения Германии на СССР Бандера вместе с другими деятелями украинского националистического движения был арестован немецкими оккупационными властями за попытку провозглашения самостоятельного Украинского государства и помещён под стражу, а в январе 1942 г. отправлен в концлагерь Заксенхаузен.

Это подтвердил 29 мая 1945 г. на допросе в отделе контрразведки «СМЕРШ» 2-й гвардейской танковой армии высокопоставленный сотрудник абвера полковник Эрвин Штольце, который также охарактеризовал отношения Бандеры и Мельника.

Приведём фрагмент стенограммы допроса Эрвина Штольце: «…После окончания войны с Польшей Германия усиленно готовилась к войне против Советского Союза, и поэтому по линии абвера принимались меры по активизации подрывной деятельности, так как те мероприятия, которые проводились через Мельника и другую агентуру, казались недостаточными. В этих целях был завербован видный украинский националист Бандера Степан, освобождённый немцами из тюрьмы, где он содержался польскими властями за участие в террористическом акте против руководителей польского правительства. Кто вербовал Бандеру, я не помню, но последний на связи состоял у меня…Несмотря на то, что во время моей встречи с Мельником и Бандерой оба они обещали принять все меры к примирению, я лично пришёл к выводу, что это примирение не состоится из-за существенных различий между ними. Если Мельник спокойный, интеллигентный чиновник, то Бандера — карьерист, фанатик и бандит…С нападением Германии на Советский Союз Бандера активизировал националистическое движение в областях, оккупированных немцами, и привлёк на свою сторону особо активную часть украинских националистов, по сути, вытеснив Мельника из руководства. Обострение между Мельником и Бандерой дошло до предела…В августе 1941 г. Канарис поручил мне прекратить связь с Бандерой и, наоборот, во главе националистов удержать Мельника… Вскоре после прекращения связи с Бандерой он был арестован за попытку сформировать украинское правительство во Львове. Для разрыва связи с Бандерой был использован факт, что последний в 1940 г., получив от абвера большую сумму денег для финансирования созданного подполья в целях организации подрывной деятельности, пытался их присвоить и перевёл в один из швейцарских банков, откуда они нами были изъяты и снова возвращены Бандере… Причём такой же факт имел место и с Мельником… Допросили Начальник ОКР «СМЕРШ» 2 гв. ТА гвардии подполковник Шевченко. Начальник 2-го отдела ОКР «СМЕРШ» 2 гв. ТА гвардии майор Воротилов через переводчика гвардии капитана Зайцева».

Из показаний Эрвина Штольце следовало, что «в августе 1941 г. Бандера был арестован и содержался под домашним арестом на даче в пригороде Берлина». В концлагере Заксенхаузен Бандера также находился в привилегированном положении. Он содержался в одиночной камере специального блока «А» для «политических персон». Немцы обеспечили Бандере особые условия содержания и хорошее довольствие. Ему разрешали свидания с женой, которая с их трёхмесячной дочкой переехала из Кракова в Берлин поближе к мужу. Известно, что в блок «А» немцы помещали высокопоставленных членов европейских правительств, известных политиков, которых обменивали на своих пленных. Там же находились и наиболее ценные коллаборационисты, из тех, кто сотрудничал с гитлеровцами, но временно оказался не у дел.