Отношения самого Сташинского с чекистским ведомством также становились натянутыми. Он узнал, что его корреспонденция перехватывается, а их небольшая квартира оборудована микрофонами. Сташинский сказал об этом своему руководителю, который объяснил наличие микрофонов тем, что квартиру раньше «использовали для других целей».

Вскоре после этого разговора подготовка Сташинского была прекращена. Ему объяснили, что преподаватель уехал в командировку и что уроки немецкого языка вскоре возобновятся. Однако и другие занятия с ним не проводились, ему было приказано ждать. Жизнь молодых супругов в Москве была некомфортной из-за материальных проблем, неустроенности и постоянного контроля со стороны КГБ, где вскоре стало известно, что под влиянием жены Сташинский во многом пересмотрел свои взгляды и стал чуть ли не большим антикоммунистом, чем Инге. Поэтому руководство приняло решение отказаться от его использования за рубежом.

В сентябре 1960 г. Богдан доложил куратору, что его жена беременна. Ей предложили сделать аборт. Инге, придя в бешенство от такого предложения, говорила мужу, что «Москве мы как люди не нужны». Впоследствии Сташинский утверждал, что именно это обстоятельство наряду с прослушиванием квартиры, перехватом почты и пренебрежением к его личной жизни убедило его в том, что он стал простым орудием — к тому же ненужным.

3 декабря 1960 г. Сташинского вызвали на собеседование с генералом КГБ, представившимся ему Владимиром Яковлевичем. Генерал без всяких предисловий объяснил Сташинскому, что он должен жить в Москве и выезд из СССР ему не будет разрешён по крайней мере в течение семи лет. Он не сможет бывать даже в Восточном Берлине, хотя его жена может отправиться туда, когда захочет. Генерал сказал Сташинскому, что источник в западногерманской разведке сообщил о проводимом на Западе следствии в связи со смертью Ребета и Бандеры, и о том, что он «засветился» при выполнении задания. КГБ не оставит его без помощи, пояснил генерал, он будет получать прежний оклад (2500 рублей), пока не найдёт работу.

В январе 1961 г. Инге выехала к родителям в Восточный Берлин, где 31 марта родила мальчика. Сташинскому, несмотря на его просьбы, руководство КГБ выехать в ГДР не разрешило. Руководитель аппарата КГБ в ГДР, бывший начальник нелегальной разведки генерал-майор A.M. Коротков на рапорте о выезде Сташинского в Берлин наложил следующую резолюцию: «Сташинского на Запад выпускать нельзя. Следует создать ему все условия для жизни, построить дачу в любой части Советского Союза по его желанию».

В начале августа Инге собралась возвращаться в Россию с новорождённым сыном. За день до отъезда она оставила ребёнка у соседки. Когда мальчика кормили, он захлебнулся и погиб. Охваченная горем мать известила супруга о случившемся. Сташинский подал рапорт с просьбой о разрешении выехать в Берлин на похороны сына. Выезд разрешили и в сопровождении куратора Юрия Николаевича Александрова Сташинского доставили в Берлин на военно-транспортном самолёте. Он был обязан ночевать вместе с женой на объекте КГБ в Карлхорсте и регулярно отмечаться у своего куратора. За женой и за ним было установлено наружное наблюдение. Под влиянием смерти сына Сташинский признался жене, что является боевиком-убийцей. Признание не изменило их намерения бежать на Запад.

В субботу 12 августа машина КГБ привезла Сташинского с женой в дом её родителей в Дальгове, чтобы завершить приготовления к завтрашним похоронам. Полдня они провели в доме родителей, откуда несколько раз выходили в универмаг, чтобы заказать цветы и сделать кое-какие покупки. В четыре часа дня Сташинский, его жена и её пятнадцатилетний брат Фриц вышли через чёрный ход дома и незамеченными прошли в центр Дальгова. Там они взяли такси до станции Фридрихштрассе в Восточном Берлине. Фриц Поль не захотел идти с ними на Запад, Сташинский дал ему триста марок и отправил домой. Супруги сели в поезд, следующий в западный сектор Берлина, и хотя восточногерманская полиция проверяла документы у пассажиров, до их вагона проверяющие не дошли. Около восьми часов вечера они сошли с поезда на первой остановке в Западном Берлине, на такси приехали к тёте Инге и попросили отвезти их в полицию. Когда Богдан и Инге Сташинские входили в помещение полицейского участка, в Берлине наступила ночь. На следующий день, 13 августа, Восточный Берлин был на двадцать восемь лет отделён от Западного Берлина сплошной стеной, исключающей возможность побега.

Утром 13 августа сотрудники КГБ, присутствующие на похоронах сына Богдана и Инге Сташинских, недоумевали по поводу отсутствия родителей. Вечером 13 августа, когда стало ясно, что Сташинский перебежал на Запад, сотрудники, знавшие о его причастности к убийствам Ребета и Бандеры, пришли в ужас. Для установления местонахождения перебежчика 16 августа в Западный Берлин к зданию военной комендатуры США были направлены два оперативника КГБ, но ничего заслуживающего внимания не узнали. Куратор Сташинского Александров сразу же был отозван в Москву и арестован. Его уволили из КГБ без пенсии и выходного пособия. Пострадали и другие сотрудники. Бежавший на Запад через четыре месяца после Сташинского сотрудник КГБ Анатолий Голицын сообщил, что по этому делу как минимум семнадцать сотрудников КГБ были уволены или разжалованы.

Западногерманские полицейские передали беглецов американским разведчикам. Сначала полицейским, а затем американцам Сташинский заявил, что является агентом КГБ и лично ликвидировал Ребета и Бандеру. Ему поверили только после того, как он предъявил захваченные с собой документы, в том числе и приказ о его награждении. На Западе развернулась громкая антисоветская компания, а 8-15 октября 1962 г. в Карлсруэ состоялся судебный процесс над Сташинским. Учитывая признание и раскаяние подсудимого, суд приговорил его лишь к восьми годам тюремного заключения за соучастие в убийстве. Судья заявил, что главным виновником является советское правительство, которое узаконило политические убийства, а Сташинский являлся лишь исполнителем преступных приказов. Отсидев четыре года, Сташинский попал под амнистию и вышел на свободу, дальнейшая его судьба неизвестна. По версии историка советских органов госбезопасности Бориса Володарского, после освобождения Сташинского из заключения ему сделали пластическую операцию, выдали новый паспорт и переправили в ЮАР, «где он живёт под чужим именем и поныне».

По версии Дмитрия Прохорова, Сташинский в конце 1966 г. вышел на свободу, «с помощью американцев сменил фамилию и документы и вместе с Инге выехал в США…где, возможно, находится до сих пор, скрываясь от мести как оуновцев, так и КГБ».

Советское руководство до самого последнего момента отрицало свою причастность к убийствам Ребета и Бандеры. После широкой международной огласки, которую получил суд над Сташинским, в Политбюро ЦК КПСС решили отказаться от практики применения политических убийств за пределами социалистического лагеря. Этому решению способствовали также громкие политические скандалы, произошедшие в 1954 и 1955 гг. после измены чекистов, направленных на Запад для ликвидации политических противников Кремля.

В 1954 г. в Москве по санкции Г. Маленкова и Н. Хрущёва было принято решение об убийстве руководителей НТС Георгия Околовича, Александра Трушновича и Владимира Поремского. Убийство Околовича было поручено награждённому орденом Отечественной войны 1-й степени капитану госбезопасности Николаю Хохлову. Прибывший для выполнения задания в ФРГ Николай Хохлов 18 февраля 1954 г. явился на квартиру к Георгию Сергеевичу Околовичу и сообщил ему о своём задании. 22 апреля 1954 г. Хохлов выступил в Бонне на международной пресс-конференции, где рассказал о плане ликвидации Околовича, назвал имена сообщников и продемонстрировал специально изготовленное орудие убийства — пистолет в виде портсигара. Перед многочисленными журналистами Хохлов и Околович пожали друг другу руки. Дело получило широкую международную огласку. 15 сентября 1957 г., в последний день конференции издательства «Посев», была совершена попытка отравления раскаявшегося киллера. В ресторане Хохлову подсыпали яд в чашку кофе. Врачи установили, что в качестве яда предположительно использовались радиоактивные изотопы таллия или полония. Хохлова удалось спасти после нескольких недель борьбы врачей за его жизнь.