В особый блок «А», например, поместили сына Сталина Якова. Через несколько лет после смерти Иосифа Сталина лондонская «Таймс» описала условия, в которых его сын содержался вместе с племянником Молотова и ещё четырьмя британскими лётчиками: «Помещение было просторное, с гостиной, двумя спальнями и двумя уборными». Но русские и англичане не поладили. После одного из унизительных для Якова скандалов он бросился на лагерное ограждение, караульный застрелил его, после чего он был поражён ещё и электрическим током, пропущенным по колючей проволоке. При жизни Иосифа Сталина англичане и американцы тщательно скрывали причины гибели Якова во избежание ухудшения отношений СССР и Англии.

Можно предположить, что Бандера, Стецько, а позднее помещённые туда же Мельник с женой и истинный создатель УПА Бульба-Боровец, жили не в худших условиях, чем те, которые описаны в «Таймс». Причин бросаться на колючую проволоку у них не было. Они находились под опекой Международного Красного Креста, свободно перемещались по территории лагеря, питались по эсэсовскому рациону, получали от родственников продовольственные посылки и деньги. Бульба-Боровец вспоминал: «В депозите мы имели деньги, и у нас была возможность покупать "Винницкую махорку"».

На расстоянии 200 метров от Заксенхаузена находился замок Фриденталь, а в нём — школа агентурно-диверсионных кадров ОУН(б). Через инструктора школы Бандера отдавал приказы подчинённым, и немцы этому не препятствовали. Связь ОУН с вермахтом, хотя и не так активно, как ранее, продолжалась. Через супругу, приходившую к нему на свидания, Бандера поддерживал связь и с Романом Шухевичем, фактически возглавлявшим ОУН(б) в его отсутствие, но активно влиять на процесс создания повстанческой армии, начавшийся в октябре 1942 г., будучи в концлагере, он не мог.

Однако командование и бойцы УПА, как и многих других националистических формирований, связывали свою борьбу с именем Бандеры. Немцы в официальных документах и донесениях применяли к украинским повстанцам термин «движение Бандеры» (нем. — Banderabewegung), а в советской терминологии появились понятия «бандеровщина» и «бандеровцы».

С 21 по 25 августа 1943 г. на территории Козовского района Тернопольской области УССР проходил III Большой сбор ОУН. В ходе Сбора было принято решение отказаться от должности проводника и создать Бюро провода, в которое вошли Роман Шухевич, Ростислав Волошин и Дмитрий Маевский. После гибели последних Шухевич стал единолично руководить проводом. Бандеру, находившегося в заключении, в состав Бюро провода не избрали даже Почётным Главой, что, по словам Василия Кука, было обусловлено соображениями безопасности — это могло бы «ускорить его физическую ликвидацию».

Поражения на фронтах сражений и активность УПА в тылах советских войск заставили немецкое руководство пересмотреть своё отношение к украинскому национализму. 25 сентября 1944 г. из Заксенхаузена было выпущено на свободу несколько сотен заключённых-украинцев, включая Бандеру и Мельника.

По свидетельству начальника разведки ЗЧ ОУН Степана Мудрика-Мечника, после освобождения Бандера на некоторое время задержался в Берлине. В ответ на предложение о сотрудничестве со стороны немцев Бандера выдвинул условие — признать «Акт возрождения…» и обеспечить создание украинской армии как вооружённых сил отдельного государства, не зависимых от Третьего рейха. Немецкая сторона не пошла на признание независимости Украины, и соглашение с Бандерой, таким образом, достигнуто не было.

По другой версии, изложенной начальником секретного подразделения «Абвер-2» Эрвином Штольце, Бандера был завербован абвером и в дальнейшем фигурировал в картотеке абвера под кличкой «Серый».

После выхода на свободу Бандера инициировал организационное оформление образованного ещё в 1943 г. Антибольшевистского блока народов (АБН) — координационного центра антикоммунистических политических организаций эмигрантов из СССР и других стран соцлагеря. Во главе АБН встал его ближайший единомышленник Ярослав Стецько.

Вскоре после освобождения Бандеры Роман Шухевич, ранее де-факто возглавлявший ОУН(б), заявил, что ему тяжело руководить ОУН и УПА одновременно, и высказал мнение, что руководство над организацией следует вновь передать Бандере. В феврале 1945 г. он созвал очередную конференцию ОУН(б), на которой предложил избрать Степана Бандеру главой организации. Инициатива Шухевича была поддержана: Бандера встал во главе организации, а Ярослав Стецько стал его заместителем.

Со второй половины 1940-х гг. Бандера сотрудничал с британскими спецслужбами и оказывал им помощь в подборе и подготовке шпионов для засылки в СССР. Благодаря связям с англичанами Бандере удалось вызволить жену и троих детей из советской зоны оккупации. Их под фамилией Поппель сначала поселили в лагере для беженцев, затем в небольшом лесном доме и, наконец, в 1954 г. перевезли в Мюнхен, где с начала 1950-х гг. жил Бандера. По воспоминаниям современников, в Мюнхене семье Степана Бандеры жилось нелегко. «Бандеры жили в очень маленьком помещении, — вспоминала Ярослава Стецько. — У них были две комнатки и кухонька, а всё-таки было пять человек. Но очень всё чисто было».

Тяжёлое материальное положение и проблемы со здоровьем усугубляла политическая атмосфера, в которой Бандера был вынужден действовать. В 1946 г. в ОУН(б) назрел внутренний раскол, инициаторами которого стали молодые «реформисты» Зиновий Матла и Лев Ребет. 1 февраля 1954 г. на очередной конференции ЗЧ ОУН этот раскол произошёл и появилась ОУН(з) — «за границей».

Положение Бандеры серьёзно осложнялось и тем, что на него началась настоящая охота агентов советских спецслужб. Для предотвращения возможных покушений СБ ОУН(б) выделила своему лидеру усиленную охрану, которой во взаимодействии с немецкой криминальной полицией удалось предотвратить несколько попыток убийства Бандеры. По данным Руслана Частая, в 1947 г. служба безопасности предотвратила убийство Бандеры завербованным киевским МГБ Ярославом Морозом, а в 1948 году — разоблачила агента МГБ Владимира Стельмащука, прибывшего в Мюнхен по заданию варшавского отдела МГБ.

Осенью 1952 г. покушение на лидера ОУН(б), которое готовили агенты МГБ — немцы Легуд и Леман, было предотвращено благодаря информации западных разведок, передавших сведения о готовящемся убийстве немецкой полиции. В 1953 г. СБ ОУН(б) была предотвращена попытка покушения на Бандеру со стороны Степана Либгольца.

В 1959 г. немецкая криминальная полиция арестовала человека по фамилии Винцик, который несколько раз появлялся в Мюнхене и интересовался детьми Степана Бандеры. В том же году СБ получила информацию, что новое покушение на Бандеру уже подготовлено и может состояться в любой момент. Руководство ОУН(б) пришло к выводу, что лидеру организации необходимо хотя бы временно покинуть Мюнхен. Поначалу Бандера отказывался уезжать из города, но позднее согласился с мнением своих сторонников. Организацией его отъезда занялся начальник разведки ЗЧ ОУН Степан Мудрик-Мечник. По словам Мудрика, он неоднократно предупреждал Бандеру об опасности, но вождь не верил в серьёзность его предупреждений: «Багато років, у мене перед очима проходив перебіг засідання Проводу ОУН, на якому я попереджував про небезпеку, говорив гостріше, ніж того вимагав етикет, але марно. І все життя, згадуючи Провідника, мені мимоволі приходила думка, що в серйозність попередження Бандера повірив в останні секунди свого життя».