Основную часть Волынского укрепления немцы зачистили на третий день боев. Некоторым защитникам удалось перебраться в Цитадель, и лишь единицы — группа Кислицкого — вырвались из кольца. Большинство погибли либо оказались в плену.

На Кобринском укреплении с момента военных действий возникло несколько участков обороны. На территории этого самого большого по площади укрепления находилось много складов, коновязей, артиллерийских парков. В казармах, а также в казематах земляного вала размещался личный состав, в Жилом городке — семьи начсостава. Кроме того, на острове стояли палатки приписного состава 44-го стрелкового и 33-го отдельного инженерного полков.

В первые часы войны через Северные ворота часть гарнизона прорвалась в пункты сбора. Командир 125-го стрелкового полка майор А.Э. Дулькейт под разрывами снарядов сумел вывести свои подразделения в район сосредоточения через Северо-Западные ворота. Прикрытие выхода из крепости, а затем оборону казармы 125-го стрелкового полка возглавил батальонный комиссар С.В. Дербенев. В Западном форту в бой вступила группа лейтенанта П.И. Давыдова.

В районе жилых домов начсостава, в корпусе № 5, не сумев пробиться в расположение своего полка, закрепилась группа командиров 125-го полка во главе с комбатом капитаном B.C. Шабловским. Здесь же нашли убежище женщины и дети, среди них жена старшины из 75-го разведывательного батальона С.И. Ноздрина: «Из дома в дом перебегали несколько раз. В последнем доме, где остановились, были военные и женщины. Военные находились на чердаках, оттуда вели стрельбу. Старшим был Шабловский, его все знали и слушали. Вооружены были пистолетами».

Из воспоминаний военврача 3-го ранга М.Н. Гаврилкина: «Капитан Шабловский хотел вывести оставшуюся группу военнослужащих из крепости, считал, что оборона бессмысленна. Попытались перебежать к Северным воротам, добежали до парка и были от Северных ворот обстреляны из пулемета. Повернули назад и вернулись в дом. Было их 20–25 человек. Поднялись на чердак. Там просидели до вечера. Из чердачного окна видели мост через Мухавец у Брестских ворот, заваленный трупами. Часа в 3–4 гитлеровские автоматчики попытались подойти к дому, но их обстреляли. Ночью в дом пробралась группа бойцов с гёрритории 125-го стрелкового полка».

Напряженный характер приобрели боевые действия в районе Восточных ворот, где сражались воины 98-го отдельного противотанкового дивизиона. Его командир капитан Н.И. Никитин, пытаясь вывести часть в район сосредоточения, отдал приказ грузить в тягачи и автомобили снаряды и секретные документы. Однако время было упущено. Когда колонна машин с прицепленными орудиями двинулась через Кобринские ворота, ее встретил сосредоточенный огонь пулеметов и противотанковых орудий 1-го батальона 130-го пехотного полка.

Заместитель командира батареи лейтенант B.C. Чесноков: «Когда мы сели в танкетки и только переехали ворота Восточного форта, как нас встретили немцы ураганным огнем противотанковой артиллерии. Первые машины загорелись, трем создали пробку. Попробовали ехать в объезд — некуда. Пришлось давать команду спасаться, занимать оборону в кювете и последним отходить обратно в свой форт».

Жена политрука Е.С. Костякова: «Прорваться из крепости удалось лишь одному тягачу, остальные были подбиты вместе с пушками сразу за воротами на горке. Бойцы, сидевшие на тягачах, почти все погибли. Я сама это видела, когда выходила из крепости».

В итоге получилось так, что уехал командир дивизиона, а большинство расчетов не смогли вырваться из огненного кольца. Начальник штаба лейтенант И.Ф. Акимочкин и старший политрук Н.В. Нестерчук, собрав оставшихся бойцов, организовали круговую оборону. Защитники оборудовали на валах и перед помещением штаба огневые позиции для 45-мм пушек и пулеметов, подвезли со склада боеприпасы.

В северо-восточной части главного вала в районе Северных ворот в течение двух дней сражался отряд бойцов и командиров из разных подразделений под руководством командира 44-го стрелкового полка майора П.М. Гаврилова. Пробравшись в крепость в первый час артиллерийского налета, он не сумел вывести свой полк и возглавил оборону на этом участке. Энергичный майор подчинил себе разрозненные группы и, разбив их на три роты численностью более ста человек в каждой, приказал занять позиции по линии главного вала и Западного форта. Встретив командира 18-го отдельного батальона связи капитана К.Ф. Касаткина, назначил его начальником штаба. Узнав, что в Восточном форту скопилось много людей, Гаврилов и Касаткин отправились туда. В форту находилась часть 393-го отдельного зенитно-артиллерийского дивизиона, транспортная рота 333-го стрелкового полка, учебная батарея 98-го противотанкового дивизиона, воины других подразделений — всего около 100 человек. Здесь же укрылись семьи командиров. Пятьдесят бойцов Гаврилов отправил на защиту валов, полсотни оставил в резерве, при себе оставил двух пограничников и быстро провел ревизию доставшегося «хозяйства». Обнаружились счетверенный зенитный пулемет на втором этаже внутренней казармы, радиостанция, телефонные аппараты, продовольственный склад с ледником, а главное — боеприпасы:

«От бойцов 333-го сп узнал, где склад боепитания. Дверь железная, не взломать. Приказал пробить стену. Стали оттуда доставать оружие и боеприпасы. Много было — без счета. На полк полагалось три боекомплекта. Это на каждого бойца 360 патронов (120 б/к), от 6 до 10 гранат. А у нас батальон примерно в 500 человек. Да еще ежедневно 20–30 человек выходило из строя. Счетверенному пулемету дал в первую очередь. Сразу стало легче на душе».

У подножия внешнего вала находились позиции двух зенитных орудий, несколько западнее были установлены две противотанковые пушки, расчетами которых командовал лейтенант П.Г. Макаров;

П.М. Гаврилов: «Сделали лестницу над санчастью, ведущую на внешний вал. Я перелез через вал к зенитчикам — было по 60 снарядов на орудие. Приказал бить прямой наводкой по танкам, если появятся».

В конюшнях укрепления содержалось до 200 лошадей, доставивших немало хлопот гарнизону.

Командный пункт обосновали в контрэскарповой галерее. Здесь же развернули лазарет во главе с военфельдшером Р.И. Абакумовой. Была проведена телефонная связь между подразделениями. В земляных валах, окружавших форт, отрыли окопы, установили пулеметные точки, счетверенную пулеметную установку перенесли на гребень внутреннего вала, чтобы обеспечить круговой обстрел. Комиссаром форта назначили политрука пулеметной роты 333-го стрелкового полка С.С. Скрипника, начальником снабжения — лейтенанта А.Д. Домиенко.

Все атаки противника в первый день были отражены. На второй день немцы полностью овладели главным валом, домами начсостава и плотно блокировали Восточный форт. Основная масса бойцов группы Гаврилова перешла в казематы внешнего вала форта. С этого момента немецкие громкоговорители непрерывно передавали призывы сдаться, но эти предложения неизменно отклонялись.

В Цитадели, самом крупном узле сопротивления, к концу дня 22 июня определилось командование отдельных участков обороны. В западной части, в районе Тереспольских ворот, ее возглавили начальник 9-й погранзаставы лейтенант A.M. Кижеватов, лейтенанты из 333-го стрелкового полка А.Е. Потапов и A.C. Санин, старший лейтенант Н.Г. Семенов. Воинами 132-го батальона командовал младший сержант К.А. Новиков. Группу красноармейцев, занявших оборону в башне у Тереспольских ворот, возглавил лейтенант А.Ф. Наганов. К северу от расположения 333-го полка, в казематах оборонительной казармы, сражались бойцы 44-го стрелкового полка под командованием помощника командира полка по хозяйственной части капитана И.Н. Зубачева, старших лейтенантов А.И. Семененко, В.И. Бытко. На стыке с ними у Брестских ворот сражались воины 455-го стрелкового полка под командованием начальника химической службы лейтенанта A.A. Виноградова и политрука П.П. Кошкарова. В казарме 33-го отдельного инженерного полка боевыми действиями руководил помощник начальника штаба полка старший лейтенант Н.Ф. Щербаков, в районе Белого дворца — лейтенант А.М. Ногай, «человек с железной волей и какой-то сатанинской выдержкой», и рядовой А.К. Шугуров.