Организационные изменения латинской церкви в Святой земле были вызваны скорее политическими потребностями, чем пастырскими. Это имело следствием перенос традиционной границы между двумя восточными патриархатами – Антиохии и Иерусалима. В Антиохийский патриархат со времен Античности входило большое архиепископство Тира, чья территория простиралась от Акры на юге до Тартуса на севере и который имел семь викарных епископов. Его церковная традиция противоречила новому политическому устройству, с тех пор как в состав королевства вошел город Тир. Под давлением королей Иерусалима, которые не могли согласиться с тем, что часть их королевства, включая два его самых больших порта Акру и Тир, управляется из патриаршей резиденции в Антиохии, Святой престол потребовал, чтобы границы патриархатов совпадали с границами государства. Так митрополичья кафедра Тира была включена в Иерусалимский патриархат, но лишилась при этом своих викарных епископов вне границ королевства. Это стало официальной политикой Рима, что каждая новая завоеванная иерусалимскими королями территория должна была подчиняться юрисдикции Иерусалимского патриархата. Тем не менее не так легко было покончить со старыми традициями. Часто Антиохия выдвигала вновь свои старые требования, митрополиты Тира не всегда сохраняли лояльность, и вопрос окончательно был решен в пользу Иерусалима только сто лет спустя после завоевания Святой земли – в 1206 г.

Другой аспект организации церкви касался митрополичьих кафедр и епархий. В начале XIII в. Жак де Витри писал: «Есть также много других городов в Земле обетованной, в которых еще до прихода западной церкви были свои епископы, представлявшие сирийскую и греческую церкви. Однако по причине их большого количества и бедности латиняне переводили многие церкви и многие города в подчинение одному кафедральному городу, чтобы не умалялось достоинство епископа».

Так, Назарет, место Благовещения Богородицы, стал центром епархии (1109) вместо Бейсана (Скифополиса). Вслед за ним в 1110 г. последовал Вифлеем с храмом Рождества Богородицы. Довольно странно, что греки не имели в этих городах епископских кафедр, хотя в каждом из них проживало много христиан и здесь были их святыни. Как бы то ни было, стало неизбежным, что внимание пришельцев с Запада привлекут такие места, как Вифлеем и Назарет. Они считали, что великие святыни христианства должны занимать почетные места в церковной иерархии.

Несмотря на эти изменения, вызванные политическими и духовными потребностями, лишь с большим допущением можно утверждать, что в основе церковной организации лежали приоритеты королевства. В таком важном городе, как Яффа, так и не была учреждена епархиальная кафедра, как и в подобном ей Наблусе. С другой стороны, небольшой город Хеврон стал резиденцией епископа, в то время как в Акре, самом большом городе крестоносцев, так и не была создана митрополичья кафедра.

Подобные случаи были и в Европе, где древние города, имевшие славное прошлое, часто не давали новым и большим городским центрам занять достойное место в церковной иерархии. Однако есть существенная разница между Европой и Латинским королевством. Средневековая Европа, родившаяся в эпоху нашествия варваров, развивалась в русле своих традиций без значительных потрясений. Крестоносцы, хотя и не полностью свободные от влияния ранней Византии (Восточной Римской империи), пошли по пути организационных изменений структуры общества. Давление традиций и сиюминутные интересы помешали в полной мере адаптировать церковные учреждения к демографической обстановке в стране.

Территория собственно Иерусалимского королевства делилась в церковном отношении на четыре епархии: Иерусалимскую, возглавляемую патриархом и четырьмя архиепископами, и епархии Кесарии, Назарета, Тира и Трансиорданской Петры (с 1168 г.). Помимо митрополичьих кафедр, патриарх имел викарных епископов в Лидде-Рамле, Вифлееме и Хевроне.

История епархий Вифлеема и Хеврона довольно интересна. Вифлеем стал приоратом каноников храма Гроба Господня, Аскалон должен был стать епархией. Но Аскалон был захвачен крестоносцами только в 1153 г., и потому они посчитали, что Вифлеем с его святынями должен стоять выше, чем простой приорат. Таким образом, в 1110 г. город получил своего собственного епископа, ставшего викарием патриарха. Аскалон, присоединенный к королевству довольно поздно, так и не обрел епископа и находился в зависимости от епископа Вифлеема. Так же развивались события и в Хевроне. В 1119 г. «открытие» гробниц патриархов дало право городу поднять свой статус с приората до епископии. Интересный факт: в Яффу так и не был поставлен епископ, и она зависела от каноников храма Гроба Господня. Это можно объяснить тем фактом, что первоначально Яффа наряду с Иерусалимом была обещана в качестве вотчины патриарху.

Для того чтобы картина Иерусалимской епархии стала полной, заметим, что настоятели храма и монастырей горы Сион и Елеонской (Масличной) горы были также викариями патриарха Иерусалимского. С географической точки зрения непосредственная юрисдикция патриарха распространялась на все древние Филистею и Иудею вплоть до Самарии.

Кесарийская архиепископия, зажатая между Иерусалимской патриархией и митрополией Назарета, имела всего одного викария, епископа Севастии (Самария). Достаточно странно, что Хайфа, расположенная поблизости от Акры, также входила в юрисдикцию Кесарии. К северу находилась архиепископия Назарета, где была торжественно учреждена в 1108 г. митрополичья кафедра для всей Галилеи. Прежде она находилась в Бейсане (Скифополисе), который при крестоносцах стал небольшим городским поселением. Как мы уже говорили, Назарет должен был состязаться за свой статус с монастырем Преображения на горе Фавор. Выйдя из спора победителем, Назарет все равно должен был отдавать половину доходов епархии монастырю. Митрополит Назарета имел викария – епископа Тиверии. Этот город, будучи столицей Галилеи, так и не стал ее церковным центром.

Митрополит Тира имел викарных епископов Бейрута, Сидона и Банияса (древняя Кесария Филиппова), и в него входила епархия Акры, самое последнее приобретение крестоносцев.

Архиепископ Петры в Заиорданье имел своего викария – греческого настоятеля монастыря Святой Екатерины на Синае, но он был чисто номинальной фигурой, поскольку власть крестоносцев на полуострове была непостоянной.

Епархия была на удивление мала. Несомненно, большое число кафедр имеют древние традиции (одних епископов, занимавших кафедры, в землях, захваченных крестоносцами, насчитывается более ста человек), но они также отражают сложившееся новое общество. От латинского духовенства редко требовалось исполнение пастырских обязанностей вне пределов городских стен и замков, поскольку подавляющее большинство европейского населения проживало именно в городах. Поэтому официальные границы епархий не имели большого значения. Вся деятельность духовенства сосредоточивалась в городах, и величина последних, а также численность в них латинского населения определяли значимость кафедры. Отдаленные сельские районы, населенные мусульманами и восточными христианами, имели второстепенное значение. Поэтому величина епархии не определяла социальное и имущественное положение латинских прелатов. Основной доход они имели с приходских церквей, пожертвований от нескончаемого потока паломников и, прежде всего, от городской собственности и земельных владений, дарений князей и знати. Возможно, что эти доходы были более значимыми, чем земельная десятина франкских владетелей маноров.